1884 yılında Gelibolu'da doğdu. Orta öğrenimini Gelibolu'da tamamladıktan sonra ailesiyle birlikte Selanik'e yerleşmiş, bir süre "Hukuk Mektebine" devam ettiyse de bitirememiştir. Önce Kavala'da bir avukatın yanında kâtiplik etmiş, ardından Selanik'te avukatlık yapan Manyasizade Refik Bey'in yazıhanesine kâtip olarak girmiş, Refik Bey daha sonra İstanbul'a gelince, o da birlikte gelip İstanbul'a yerleşmiştir. İsak Varon'un ilk müzik bilgilerini aldığı kişi de gene amatör bir müzisyen olan ve kanun çalan Refik Bey'dir. Refik Bey'in ölümü ürerine Selanik'e geri dönen Varon burada Pathé, Polydor ve Sahibinin Sesiplak şirketlerinde yöneticilik yapmış, ardından takrar İstanbul'a gelmiştir. İstanbul'da bir yandan sigortacılık yaparken, diğer yandan plak şirketlerindeki yöneticiliklerini sürdürü. İş dünyasından hiçbir zaman kopmadı ancak beste ve müzik eğitmenliği çalışmalarına hayatı boyunca devam etti. 23 Şubat 1962 tarihinde İstanbul’da öldü.
