Trabzonspor 2008-09 sezonunun son haftalarında teknik direktör Ersun Yanal'ın takımdan gönderilmesiyle son 5 maçına PAF takım antrenörü Ahmet Özen ile çıktı. Bu süreçte de yönetim detaylı bir şekilde yeni teknik direktör arayışına girdi. Sezon sonunda ligi 65 puanla 3. sırada tamamlayan Karadeniz temsilcisi bu sonuçla UEFA Avrupa Ligi'ne de katılmaya hak kazandı. Yönetim antrenör konusunda Alberto Zaccheroni, Vahid Halilhodžić, Sven-Göran Eriksson ile Şenol Güneş ve Samet Aybaba gibi isimlerle görüştü. Uzun süre Şenol Güneş'i ikna etme etmeye çalışan yönetim, FC Seoul'un Güneş'i bırakmaması nedeniyle bu transferden vazgeçildi.[1] Daha sonra Samet Aybaba'yla prensipte anlaşılmasına rağmen yönetimden bu isme sıcak bakmayanlar çıktığı ve bununla birlikte taraftarlardan gelen olumsuz tepkiler üzerine Aybaba'dan da vazgeçildi.[2] Bu olaydan sonra Başkan Sadri Şener de kulübü olağanüstü kongreye götürme kararı aldı.[2]
Yerli teknik direktör arayışından netice alamayan Trabzonspor, rotasını yabancı antrenörlere çevirdi.[2] Kulüp yönetimi takımın başına Belçikalı teknik direktör Hugo Broos'un getirildiğini 23 Haziran 2009'da düzenlediği imza töreniyle kamuoyuna duyurdu.[3]
Trabzonspor ilk kamp çalışmasını 27 Haziran - 9 Temmuz 2009 tarihleri arasında Isparta Davraz'da gerçekleştirdi.[4] Kamp sırasında Hüseyin Çimşir'in takımdan ayrılmasıyla boşalan kaptanlık görevine teknik direktörün isteği ve yönetim kurulunun onayıyla Egemen Korkmaz getirildi.[5] 14 günlük kamp çalışmasından sonra 15 Temmuz'da yurt dışı kampı için Hollanda'nın güneyindeki Mierlo kasabasına gidildi.[6] Bordo mavililer Hollanda kampındaki ilk ciddi sınavı Belçika Jupiler Ligi şampiyonu Standard Liege karşısında verdi. Liege, Gustavo Colman'ın attığı tek golle 1-0 mağlup edilirken, bu maçta İbrahim Yattara sağ ayak bileğinden sakatlandı.[7][8] Trabzonspor, Hollanda kampındaki 3. hazırlık maçında SC Heerenveen ile karşı karşıya geldi ve bu karşılaşmadan 2-2'lik eşitlikle ayrıldı.[9] Son ciddi sınavını Alman kulübü VfL Bochum karşısında veren Karadeniz temsilcisi rakibini Colman'ın penaltıdan attığı golle 1-0 mağlup etti.[10]
Trabzonspor 13 gün süren kampın ardından 27 Temmuz'da yurda döndü. Sezonun açılış maçında daha önce Hollanda'da karşılaştığı MVV Maastricht ile Hüseyin Avni Aker Stadı'nda bir maç daha yapan Trabzonspor, bu karşılaşmadan 6-0'lık farklı bir galibiyetle ayrıldı.[11] Sezon öncesinde kurumsal anlamda da önemli çalışmalar yapan kulüp, eski futbolcusu Ünal Karaman'ı sportif direktörlük görevine getirirken, Metin Kazancıoğlu kulüp genel sekreterliğine getirildi.[12] Ayrıca Trabzonspor Üniversitesi’nin kurulması için çalışmalara hız verilirken, GSM şirketi Avea'nın desteği ile taraftarlara yönelik olarak hazırlanan TrabzonCell’in de tanıtımı yapıldı.[13]
^Profesyonel Futbol Disiplin Kurulu'nun 15 Eylül 2009'da yaptığı toplantı sonucunda Ankaraspor A.Ş.'nin MKE Ankaragücü ile arasındaki ilişkinin müsabakaların ve ligin dürüstlüğünü, kamuoyunun ligin dürüstlüğüne ilişkin algısını zedeleyecek nitelikte olması nedeniyle bir alt lige düşürülmesine karar verildi. Tüm rakipleri 3-0 hükmen galip ilan edildi. [15]
2009-10 sezonu Türkiye Kupası, iki eleme turundan sonra belirlenen 20 takımın oluşturduğu 4 grup halinde oynandı. Tek maç üzerinden oynanan grup maçlarından sonra ilk dört sırayı alan takımlar çeyrek finale kaldılar. Trabzonspor doğrudan B grubunda yer almıştır. Trabzonspor 16 Kasım 2009 tarihinde İstanbul'daki kura çekimine seri başı olarak katılmıştır. B grubu takımları: Ankaragücü, Denizli Belediyespor, Galatasaray, Orduspor. Grup maçlarını ikinci sırada tamamlayan Trabzonspor, Şanlıurfa'da oynanan Türkiye Kupası finalinde rakibi Fenerbahçe'yi 3-1'lik skorla geçerek sekizinci defa Türkiye Kupası şampiyonu olmuştur.
Trabzonspor'lu futbolcular 2009-10 sezonunda oynamış olduğu maçlarda; toplam 88 sarı ve 3 kırmızı kart gördüler. (Ligde 61 sarı, 1 kırmızı. Türkiye Kupası'nda 23 sarı, 1 kırmızı. Avrupa Kupaları'nda 4 sarı, 1 kırmızı). Engin Baytar; Süper Lig'de 7 sarı kart, Türkiye Kupası'nda 2 sarı ve 1 kırmızı kart, Avrupa Kupaları'nda 1 kırmızı kart (toplam 9S, 2K) görerek Trabzonspor'un en hırçın futbolcusu olmuştur.