Şablon:Biyolojik veritabanı bilgi kutusu/belge

Biyolojik bir veritabanını tanımlamak için kullanılan bilgi kutusu. Her veritabanı için, veritabanının hala kullanımda olup olmadığını, bir web servisinin veya sql erişiminin mevcut olup olmadığını, belirli bir organizmaya özgü olup olmadığını vb. bilmek istiyoruz.

Lütfen maddenin altına Kategori:Biyolojik veritabanları eklemeyi unutmayın.

Alanlar

İçerik

• başlık: başlık, örneğin FusariumDB
• açıklama: kısa açıklama örn: Fusarium için siber altyapı
• kapsam: Şunlardan biri olabilir : Nükleotid Dizisi, RNA dizisi, Protein dizisi, Yapı, Genomik (omurgasız), Metabolik ve Sinyal Yolları, İnsan ve diğer Omurgalı Genomları, İnsan Genleri ve Hastalıkları, Mikroarray Verileri ve diğer Gen İfadeleri, Proteomik Kaynaklar, Diğer Moleküler Biyoloji, Organel, Bitki, İmmünolojik...
• organizma: bu veritabanına özgü bir veya daha fazla organizma

İletişim

• merkez: araştırma merkezi. örn. NCBI
• laboratuvar: laboratuvar
• yazar: bu veritabanının yazar(lar)ı
• alıntı: veritabanını tanımlayan bir makalenin birincil alıntısı (alternatif olarak PubMed ID için pmid= kullanın, ancak ikisini birden kullanmayın)
• pmid: Veritabanını tanımlayan bir makale için PMID (alternatif olarak alıntı= kullanın, ancak ikisini birden kullanmayın)
• yayıntarihi: yayın tarihi

Erişim

• standart: MI'lar, Veri formatları, Terminolojiler
• format: Veri formatları
• sql: veritabanı genel bir SQL sunucusu olarak mevcutsa (belgelere işaret eden bir URL olabilir)
• webhizmeti: bu veritabanı için bir web hizmeti varsa (WSDL dosyasına işaret eden bir URL olabilir)
• sparql: eğer varsa sparql uç noktası(ları)
• indirme: indirme alanı, FTP sitesi...

Araçlar

• webuygulaması: Web uygulama(ları)
• bağımsız: Bağımsız araç(lar)

Diğer

• sürümleme: Sürümleme politikası/geçmiş dosyalara erişim
• lisans: veri için lisans
• sıklık: Veri yayınlama sıklığı
• kürasyon: Kürasyon politikası
• sürüm: yayınlanan sürüm
• yer imi: Bu veritabanındaki varlığa yer imi koyabilir misiniz (http GET yöntemi)

Model

{{Biyolojik veritabanı bilgi kutusu
|başlık        = 
|logo          = 
|açıklama      = 
|kapsam        = 
|organizma     = 
|merkez        = 
|laboratuvar   = 
|yazar         = 
|alıntı        = 
|yayıntarihi   = 
|standart      = 
|format        = 
|url           = 
|indirme       = 
|webhizmeti    = 
|sql           = 
|sparql        = 
|webuygulaması = 
|bağımsız      = 
|lisans        = 
|sürümleme     = 
|sıklık        = 
|kürasyon      = 
|yerimi        = 
|sürüm         = 
}}

Örnek

GenBank

İçerik
Açıklama	GenBank, NIH genetik dizi veritabanı
Yakalanan veri türleri	Nükleotid Dizisi, Protein dizisi
Organizmalar	hepsi
İletişim
Araştırma merkezi	NCBI
Birincil alıntı	PMID 21071399
Erişim
Veri formatı	XML ASN.1 Genbank formatı
İnternet sitesi	NCBI
İndirme bağlantısı	ncbi ftp
Web hizmeti bağlantısı	eutils soap
Araçlar
Web	BLAST
Bağımsız	BLAST
Diğer
Lisans	Kamu malı-ABD Hükûmeti
Yer imi konulabilir varlıklar	evet

{{Biyolojik veritabanı bilgi kutusu
| başlık = [[GenBank]]
| yazar =
| merkez = [[National Center for Biotechnology Information|NCBI]]
| organizma = hepsi
| açıklama = GenBank, NIH genetik dizi veritabanı
| kapsam = Nükleotid Dizisi, Protein dizisi
| url = [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ NCBI]
| indirme = [ftp://ftp.ncbi.nih.gov/ ncbi ftp]
| webhizmeti = [http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/ eutils]<br/>[http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/soap/v2.0/eutils.wsdl soap]
| lisans = Kamu malı-ABD Hükûmeti
| pmid = 21071399
| logo = [[File:US-NLM-NCBI-Logo.svg|60px]]
| bağımsız=[[BLAST]]
| webuygulaması=[[BLAST]]
| format= [[XML]]<br/>[[ASN.1]]<br/>Genbank formatı
| yerimi= evet
}}

XSLT ile hızlı üretim

Aşağıdaki XSLT stil sayfası https://gist.github.com/768553 bir PubMed makalesinden bir taslak oluşturmak için kullanılabilir.

xsltproc ile örnek

$ xsltproc --novalid \
>     pubmed4biodb.xsl \
>     "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pubmed&id=19846593&retmode=xml"

{{Biyolojik veritabanı bilgi kutusu
|başlık = REBASE-- DNA kısıtlaması ve modifikasyonu için bir veritabanı: enzimler, genler ve genomlar.
|logo =[[File:Database.png]]
|açıklama = REBASE-- DNA kısıtlaması ve modifikasyonu için bir veritabanı: enzimler, genler ve genomlar.
|kapsam =
|organizma =
|merkez =
|laboratuvar = New England Biolabs, Inc, 240 County Road, Ipswich, MA 01938, USA.
|yazar = Richard J Roberts
|pmid = 19846593
(...)

İzleme kategorisi

• Kategori:Hatalı biçimlendirilmiş pmid ile biyolojik veritabanı bilgi kutusu kullanan sayfalar (0)

Biyolojik veri tabanları için bilgi kutusu

Şablon parametreleri[Şablon veriyi değiştir]

Bu şablon, parametrelerin blok biçimlendirmesini tercih eder.

Parametre		Açıklama	Tür	Durum
box_width	box_width	açıklama yok	Bilinmiyor	isteğe bağlı
Ad	başlık ad	açıklama yok	Bilinmiyor	isteğe bağlı
logo	logo	açıklama yok	Bilinmiyor	isteğe bağlı
logo_boyut	logo_boyut	açıklama yok	Bilinmiyor	isteğe bağlı
logo_dik	logo_dik	açıklama yok	Bilinmiyor	isteğe bağlı
logo_alt	logo_alt	açıklama yok	Bilinmiyor	isteğe bağlı
logo_altyazı	logo_altyazı	açıklama yok	Bilinmiyor	isteğe bağlı
ekrangörüntüsü	ekrangörüntüsü	açıklama yok	Bilinmiyor	isteğe bağlı
daraltılabilir	daraltılabilir	açıklama yok	Bilinmiyor	isteğe bağlı
resim_boyutu	resim_boyutu	açıklama yok	Bilinmiyor	isteğe bağlı
alt	alt	açıklama yok	Bilinmiyor	isteğe bağlı
altyazı	altyazı	açıklama yok	Bilinmiyor	isteğe bağlı
Açıklama	açıklama	açıklama yok Örnek Kısa bir açıklama	Bilinmiyor	isteğe bağlı
Kapsam	kapsam	açıklama yok	Bilinmiyor	isteğe bağlı
organizma	organizma	açıklama yok	Bilinmiyor	isteğe bağlı
merkez	merkez	açıklama yok	Bilinmiyor	isteğe bağlı
laboratuvar	laboratuvar	açıklama yok	Bilinmiyor	isteğe bağlı
yazar	yazar	açıklama yok	Bilinmiyor	isteğe bağlı
alıntı	alıntı	açıklama yok	Bilinmiyor	isteğe bağlı
pmid	pmid	açıklama yok	Bilinmiyor	isteğe bağlı
yayıntarihi	yayıntarihi	açıklama yok	Bilinmiyor	isteğe bağlı
standart	standart	açıklama yok	Bilinmiyor	isteğe bağlı
format	format	açıklama yok	Bilinmiyor	isteğe bağlı
url	url	açıklama yok	Bilinmiyor	isteğe bağlı
indirme	indirme	açıklama yok	Bilinmiyor	isteğe bağlı
webhizmeti	webhizmeti	açıklama yok	Bilinmiyor	isteğe bağlı
sql	sql	açıklama yok	Bilinmiyor	isteğe bağlı
sparql	sparql	açıklama yok	Bilinmiyor	isteğe bağlı
webuygulaması	webuygulaması	açıklama yok	Bilinmiyor	isteğe bağlı
bağımsız	bağımsız	açıklama yok	Bilinmiyor	isteğe bağlı
lisans	lisans	açıklama yok	Bilinmiyor	isteğe bağlı
sürümleme	sürümleme	açıklama yok	Bilinmiyor	isteğe bağlı
sıklık	sıklık	açıklama yok	Bilinmiyor	isteğe bağlı
sürüm	sürüm	açıklama yok	Bilinmiyor	isteğe bağlı
kürasyon	kürasyon	açıklama yok	Bilinmiyor	isteğe bağlı
yerimi	yerimi	açıklama yok	Bilinmiyor	isteğe bağlı