Her ne kadar birkaç modern ninjutsu okulunu temsil eden bir uluslararası dövüş sanatları organizasyonu olsa da, bu stillerin tarihî soyu tartışmalıdır. Bazı okullar sanatın tek gerçek varisi olduğunu iddia etmekte fakat ninjutsu, modernleştirilmiş dövüş sanatları judo ya da karate gibi merkezileşmiş değildir. "Togakure-ryū"nun 16. yüzyıldan beri en eski ninjutsu kaydı olduğu tahmin edilmektedir.
^{{Kitap kaynağı|soyadı1=Hayes|ad1=Stephen K.|başlık=The Ninja and Their Secret Fighting Art|tarih=1990|yayıncı=Tuttle|yer=Rutland, Vermont|isbn=0804816565|basım=17.17
Mol, Serge (2008). Invisible Armor: An Introduction to the Esoteric Dimension of Japan's Classical Warrior Arts. Belgium: Eibusha. ISBN978-90-8133610-9.