Kemankeş Mustafa Paşa tarafından 1053 (1643) yılında idam edildiğine göre cami bu tarihten önce bir kilisenin yerine yapılmıştır. Kapının üzerindeki ayetin 1186 (1771) tarihi caminin ihyasını göstermektedir. Ceneviz idaresi sırasında yapılan San Antonio Kilisesi 1606 yılında Hristiyanlardan alınmış bir sure sonra kalıntısı üstünde Sadrazam Kemankeş Mustafa Paşa tarafından kendi adıyla anılan bir cami yapılmıştır. Cami fevkni ve tek kubbeli olup, dört yanında yarım kubbeler mevcuttur. Minberi ahşaptır. Minaresi harap olduğu için yenilenmemiştir. Camiye merdivenle çıkılmaktadır. Cami 220 m2 alan üzerine kuruludur. Caminin altında dükkanlar vardır. Avlu kapısının yanındaki mektebin altında İsmail Efendi Vakfına ait 1145 (1732) tarihli bir çeşme bulunmaktadır.
