Fenerbahçe Voleybol Takımı 1998-99 sezonunda Türkiye Erkekler Voleybol Ligi'nde mücadele etti. Normal sezonu sekizinci sırada bitiren takım play-off çeyrek finalinde Netaş'a elendi. Türkiye Kupası'nda ise Erdemirspor'a elendi.
Türkiye Millî Olimpiyat Komitesi'nin 90. yılı kuruluş etkinlikleri çerçevesinde düzenlenen Olimpizm Kupası'nda yeni sayı ve set kuralları (setleri 25 sayıya ulaşanların kazanması) Türkiye'de ilk kez uygulandı. Turnuvada Fenerbahçe ikinci oldu.
Normal sezonu ilk dört sırada bitiren takımlar doğrudan çeyrek finale kalırken, beşincilik ve on ikincilik arasında yer alan takımlar birinci turda karşılaştılar. Klasmanda sekizinci sırada yer alan Fenerbahçe dokuzuncu Marmara Koleji ile eşleşti. İki takım da normal sezonda birbirlerine karşı birer galibiyet aldıkları için seri 1-1 başladı. Sarı-lacivertliler iki maçı da kazanarak seride 3-1'lik üstünlük sağladı ve çeyrek finalde normal sezonun lideri Netaş ile karşılaştı. Seriye 1-0 geride başlayan Fenerbahçe iki maçta da yenilerek 3-0 ile elendi.