Taksonomi (biyoloji): Revizyonlar arasındaki fark
| [kontrol edilmiş revizyon] | [kontrol edilmiş revizyon] |
İçerik silindi İçerik eklendi
Değişiklik özeti yok Etiketler: Görsel Düzenleyici Anlam ayrımı bağlantıları |
"Taxonomy (biology)" sayfasının çevrilmesiyle oluşturuldu. Etiketler: İçerik Çevirmeni [Çevirmeni 2] |
||
| 1. satır: | 1. satır: | ||
{{Evrimsel biyoloji}} |
|||
{{Diğer anlamı|Bilimsel sınıflandırma (anlam ayrımı)|Taksonomi}}{{biyolojik sınıflandırma}} |
|||
'''Taksonomi,''' ([[Grekçe]] ''ταξινομία'' "taksinomia") biyolojide sınıflandırma bilimidir.<ref>{{Web kaynağı |url=http://edem.todaie.gov.tr/by/tr/sozluk23-Siniflandirma_Bilimi_Taxonomy.html |başlık=Sınıflandırma Bilimi - (Taxonomy) |erişimtarihi=15 Mayıs 2012 |arşivtarihi=4 Aralık 2012 |arşivengelli=evet |arşivurl=https://web.archive.org/web/20121204191756/http://edem.todaie.gov.tr/by/tr/sozluk23-Siniflandirma_Bilimi_Taxonomy.html |ölüurl=evet |yayıncı=BilgiYönet Portalı, TODAİE}}</ref> Canlıların sınıflandırılması ve bu sınıflandırmada kullanılan kural ve prensipleri içerir. Taksonomi terimi Antik Yunanca'da "''taksis"'' (düzenleme) ve "''nomos"'' (yasa) sözcüklerinin birleşmesinden türetilmiştir.<ref>Yılmaz, İrfan, Taksonomik Zooloji Prensip ve Metotları, 9 Eylül Üniversitesi, İzmir, 1997.</ref> |
|||
Deney tekniklerinin artması ve gelişmesiyle sistematik ve sınıflandırmadaki çalışmalar da arttı. Evrim teorisiyle birlikte "biyolojik tür" kavramı, "kemotaksonomi", "immunotaksonomi" ve "sayısal taksonomi" gibi taksonominin alt kolları oluşmuştur.<ref name=":0">Önder, Feyzi, Taksonomi İlkeleri (Ders Kitabı), Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi Yayınları No:530, I. Basım.</ref> |
|||
[[Biyoloji|Biyolojide]] '''taksonomi''' ([[Grekçe|Eski Yunanca]] τάξις ([[Taktizm|''taksis'']]) '<nowiki/>''düzenleme''<nowiki/>' ve -''νομία'' (-''nomia'') '''[[Bilimsel yöntem|yöntem]]''<nowiki/>'), ortak özelliklere dayalı olarak biyolojik [[Canlı|organizma]] gruplarını adlandırma, tanımlama ([[Sınırlandırma (taksonomi)|sınırlandırma]]) ve sınıflandırma bilimsel çalışmasıdır. Organizmalar [[Takson|taksonlar]] halinde gruplandırılır ve bu gruplara [[Taksonomik seviye|taksonomik bir seviye]] verilir; belirli bir seviyedeki gruplar daha yüksek rütbeli daha kapsayıcı bir grup oluşturmak için toplanabilir, böylece taksonomik bir hiyerarşi oluşturulur. Modern kullanımdaki başlıca sıralamalar [[üst âlem]], [[Âlem (biyoloji)|âlem]], [[şube]], [[Sınıf (biyoloji)|sınıf]], [[Takım (biyoloji)|takım]], [[familya]], [[cins]] ve [[Tür|türdür]]. İsveçli botanikçi [[Carl Linnaeus]], organizmaları kategorize etmek için [[Linnaeus sistemi|Linnaean taksonomisi]] olarak bilinen sıralı bir sistem ve organizmaları adlandırmak için [[ikili adlandırma]] geliştirdiği için mevcut taksonomi sisteminin kurucusu olarak kabul edilir. |
|||
== Taksonominin tarihi == |
|||
[[Asurlular|Asur]] uygarlığındaki bazı filozoflar köpekgiller ve atgiller olarak bir gruplama yapmışlardır. Eski Yunan’da ise [[Hippocrates]] hayvan isimlerini saymıştır. Yapılan ayrımlar sistematik olmayıp sadece grup şeklindedir. Sınıflandırmanın kurucusu olarak bilinen kişi [[Aristoteles]] (M.Ö. 384-322)’dir. 500 civarında hayvanı tanımladığı bilinir. Hayvanları kırmızı kanlı ve kırmızı kansız hayvanlar olmak üzere ikiye ayırmıştır. Kanlı olan grupta [[memeliler]], [[kuş]]lar, [[sürüngenler]], [[amfibiler]] ve [[balıklar]] bulunur. Kansız grupta ise [[Yumuşakçalar|yumuşaklar]], yumuşak kabuklular, kertikliler ve sert kabuklular yer alır.<ref name="9kongre">IX. Ulusal Biyoloji Kongresi / Genel Biyoloji Numerik Taksonomi ve Kantitatif Ekoloji Paneli Bildirileri Cilt:1, Cumhuriyet Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Biyoloji Bölümü.</ref> |
|||
Biyolojik sistematiğin teori, veri ve analitik teknolojisindeki ilerlemelerle Linnaean sistemi, hem yaşayan hem de soyu tükenmiş organizmalar arasındaki [[Evrim|evrimsel]] ilişkileri yansıtmayı amaçlayan modern bir biyolojik sınıflandırma sistemine dönüşmüştür. |
|||
[[Aristoteles]]’ten yaklaşık 2000 yıl kadar geçen bir sürede onun anlayışı çok fazla değişmeden kullanılmaya devam etmiştir. İslam dünyasında bilim anlamında altın çağını yaşadığı yüzyıllarda hayvanlar üzerinde kitaplar yazılmış, özelliklerin bahsedilmiş ve tasvirleri yapılmıştır. |
|||
== Tanım == |
|||
Rönesans döneminde [[Ulisse Aldrovandi|Aldrovandi]] (1522-1605) bu konuda çalışma yapanlar arasındadır. Bitkiler, hayvanlar ve mineraller hakkında alfabetik bir sıralama yapmıştır. [[Conrad Gesner]] (1516 -1565) ''[[Historiae animalium (Gessner)|Historiae Animalium]]'' adlı eserinde dört ayaklı hayvanlar, yumurtlayan dört ayaklı hayvanlar, kuşlar, balıklar, su hayvanları, yılanlar olarak alfabetik sıralama yapmıştır. Bu sıralamayı Aristoteles düşüncesi dışında yapmamıştır. |
|||
Taksonominin tam tanımı kaynaktan kaynağa değişir, ancak disiplinin özü kalır: organizma gruplarının kavranması, adlandırılması ve sınıflandırılması.<ref name="Wilkins2011">{{Cite web|url=http://evolvingthoughts.net/2011/02/what-is-systematics-and-what-is-taxonomy/|title=What is systematics and what is taxonomy?|access-date=21 August 2016|archive-date=27 August 2016|archive-url=https://web.archive.org/web/20160827124330/http://evolvingthoughts.net/2011/02/what-is-systematics-and-what-is-taxonomy/|date=5 February 2011|first=J. S.|last=Wilkins|url-status=live}}</ref> Referans noktası olarak, taksonominin güncel tanımları aşağıda sunulmuştur: |
|||
# Bireyleri türler halinde gruplama, türleri daha büyük gruplar halinde düzenleme ve bu gruplara isim verme, böylece bir sınıflandırma üretme teorisi ve uygulaması.<ref name="Judd">{{Cite book|title=Plant Systematics: A Phylogenetic Approach|chapter=Taxonomy|date=2007|location=Sunderland|publisher=Sinauer Associates|edition=3rd|first2=C. S.|first3=E. A.|first4=P. F.|first5=M. J.|last2=Campbell|last3=Kellogg|last4=Stevens|last5=Donoghue|first1=W. S.|last1=Judd}}</ref> |
|||
[[John Ray]] (1627-1705) sınıflandırmada temel ve değişmeyen birimin tür olduğunu söylemiştir. Bunu ''[[Historia Plantarum]] ''adlı eserinde vurgulamıştır. Balık, yılan, kuş ve dört ayaklı hayvanlar, bitkiler hakkında eserler yazmıştır. Tek ve çift çenekliler arasındaki ayrımı yapmıştır. Böcekler üzerine yaptığı çalışmalarıyla öncü olmuştur. ''[[Historia Insectorum]]'' adlı kitabı yayınlamıştır. Sınıflandırmayı, canlıların yapısına ait bütün özelliklerine dayandırarak yapmıştır. |
|||
# Tanımlama, [[adlandırma]] ve sınıflandırmayı kapsayan bir bilim alanı (ve [[Sistematik|sistematiğin]] önemli bir bileşeni)<ref name="Simpson">{{Cite book|title=Plant Systematics|chapter=Chapter 1 Plant Systematics: an Overview|date=2010|publisher=Academic Press|edition=2nd|first=Michael G.|last=Simpson|isbn=9780123743800}}</ref> |
|||
# Sınıflandırma bilimi, biyolojide organizmaların bir sınıflandırma içinde düzenlenmesi<ref>{{cite book|title=Dictionary of the Fungi|chapter=Taxonomy|date=2008|publisher=CABI|edition=10th|editor-last1=Kirk|editor-first1=P. M.|editor-last2=Cannon|editor-first2=P. F.|editor-last3=Minter|editor-first3=D. W.|editor-last4=Stalpers|editor-first4=J. A.}}</ref> |
|||
# "Canlı organizmalara uygulanan sınıflandırma bilimi, türlerin oluşum yollarının incelenmesi vb. dahil"<ref>{{Cite book|title=The Wordsworth Dictionary of Science and Technology|date=1988|publisher=W. R. Chambers Ltd. and Cambridge University Press|editor-first=P. M. B.|editor-last=Walker}}</ref> |
|||
# "Sınıflandırma amacıyla bir organizmanın özelliklerinin analizi"<ref name="Henderson">{{Cite book|url=https://books.google.com/books?id=-PLgy6DWe0wC|title=Henderson's Dictionary Of Biology|date=2005|publisher=Pearson/Prentice Hall|first=E.|last=Lawrence|isbn=9780131273849}}</ref> |
|||
# "Sistematik, daha kapsayıcı bir alan olan taksonominin sınıflandırma ve isimlerine dönüştürülebilecek bir model sağlamak için [[Filogenetik ağacı|filogeniyi]] inceler" (arzu edilen ancak alışılmadık bir tanım olarak listelenmiştir)<ref>{{Cite journal|title=Taxonomic triage and the poverty of phylogeny|date=2004|issue=1444|pages=571–583|journal=[[Philosophical Transactions of the Royal Society]]|volume=359: Taxonomy for the twenty-first century|first=Quentin D.|last=Wheeler|pmc=1693342|pmid=15253345|doi=10.1098/rstb.2003.1452|editor2-first=S.|editor2-last=Knapp|editor1-first=H. C. J.|editor1-last=Godfray|author-link=Quentin D. Wheeler}}</ref> |
|||
Çeşitli tanımlar ya taksonomiyi sistematiğin bir alt alanı olarak konumlandırmakta (tanım 2), ya bu ilişkiyi tersine çevirmekte (tanım 6) ya da iki terimi eşanlamlı olarak değerlendirmektedir. Biyolojik isimlendirmenin taksonominin bir parçası mı (tanım 1 ve 2) yoksa taksonomi dışındaki sistematiğin bir parçası mı olduğu konusunda bazı anlaşmazlıklar vardır.<ref name="Herbarium">{{Cite web|url=http://herbarium.usu.edu:80/teaching/4420/botnom.htm|title=Nomenclature, Names, and Taxonomy|archive-date=23 November 2016|archive-url=https://web.archive.org/web/20161123030604/http://herbarium.usu.edu/teaching/4420/botnom.htm|date=2005|website=Intermountain Herbarium|publisher=Utah State University|url-status=dead}}</ref><ref name="Laurin 2023 Advent">{{cite book|url=https://www.taylorfrancis.com/books/mono/10.1201/9781003092827/advent-phylocode-michel-laurin|title=The Advent of PhyloCode: The Continuing Evolution of Biological Nomenclature|date=3 August 2023|pages=xv + 209|location=Boca Raton, Florida|publisher=CRC Press|isbn=9781003092827|doi=10.1201/9781003092827|first1=Michel|last1=Laurin}}</ref> Örneğin, tanım 6, isimlendirmeyi taksonominin dışına yerleştiren aşağıdaki sistematik tanımı ile eşleştirilmiştir:<ref name="Henderson">{{Cite book|url=https://books.google.com/books?id=-PLgy6DWe0wC|title=Henderson's Dictionary Of Biology|date=2005|publisher=Pearson/Prentice Hall|first=E.|last=Lawrence|isbn=9780131273849}}</ref> |
|||
[[Carolus Linnaeus]] (1707-1778) türlerin özel olarak yaratıldığını, zaman ve mekâna bağlı değişmediğini, sayılarının artmadığına inanmıştır. Her türün belli bir tip tanımının olduğunu düşünmüştür. Belirli tipe uymayanları varietus adı altında bir grupta ayırmıştır. ''[[Species Plantarum]]'' adlı eserinde 8000 kadar bitki türü için ilk defa ikili isimlendirme tekniğini kullanmıştır. Bu teknik türün belirlenmesinde pratik ve kolay olduğu için kullanımı kısa sürede yaygınlaşmıştır. Birinci isim canlının ismi, ikinci isim ise canlının türünü ifade eder. |
|||
* ''Sistematik'': "Canlıların doğal ilişkilerine göre sınıflandırılması, varyasyon ve taksonların evriminin incelenmesi de dahil olmak üzere organizmaların tanımlanması, taksonomisi ve isimlendirilmesi çalışması". |
|||
[[Jean Baptiste Lamarck]] (1741-1829) bitki ve hayvan örneklerinin bilgili uzmanlar tarafından sınıflandırılması gerektiğini söylemiştir. Müze koleksiyonculuğu kavramını ilk defa ortaya atmıştır. Omurgasızların temel organ ve yapılarını incelemiştir. |
|||
1970 yılında Michener ve arkadaşları "sistematik biyoloji" ve "taksonomi"yi (sıklıkla karıştırılan ve birbirinin yerine kullanılan terimler) birbirleriyle ilişkili olarak aşağıdaki şekilde tanımlamıştır:<ref>{{cite book|title=Systematics In Support of Biological Research|date=1970|location=Washington, DC|publisher=Division of Biology and Agriculture, National Research Council|first2=John O.|first3=Richard S.|first4=Peter H.|first5=Curtis W.|first6=Donald S.|first7=G. W.|last2=Corliss|last3=Cowan|last4=Raven|last5=Sabrosky|last6=Squires|last7=Wharton|first1=Charles D.|last1=Michener}}</ref><blockquote>Sistematik biyoloji (bundan sonra sadece sistematik olarak anılacaktır) (a) organizmalara bilimsel isimler veren, (b) onları tanımlayan, (c) koleksiyonlarını koruyan, (d) organizmalar için sınıflandırmalar, tanımlanmaları için anahtarlar ve dağılımları hakkında veriler sağlayan, (e) evrimsel geçmişlerini araştıran ve (f) çevresel adaptasyonlarını dikkate alan bir alandır. Bu, uzun bir geçmişi olan ve son yıllarda özellikle teorik içerik açısından kayda değer bir rönesans yaşayan bir alandır. Teorik materyalin bir kısmı evrimsel alanlarla ilgilidir (yukarıdaki e ve f konuları), geri kalanı ise özellikle sınıflandırma sorunuyla ilgilidir. Taksonomi, Sistematiğin yukarıdaki (a)'dan (d)'ye kadar olan konularla ilgili bölümüdür.</blockquote>Taksonomi, sistematik biyoloji, [[sistematik]], bilimsel sınıflandırma, biyolojik sınıflandırma ve [[filogenetik]] gibi bir dizi terim zaman zaman örtüşen anlamlara sahip olmuştur - bazen aynı, bazen biraz farklı, ancak her zaman ilişkili ve kesişen.<ref name="Wilkins2011">{{Cite web|url=http://evolvingthoughts.net/2011/02/what-is-systematics-and-what-is-taxonomy/|title=What is systematics and what is taxonomy?|access-date=21 August 2016|archive-date=27 August 2016|archive-url=https://web.archive.org/web/20160827124330/http://evolvingthoughts.net/2011/02/what-is-systematics-and-what-is-taxonomy/|date=5 February 2011|first=J. S.|last=Wilkins|url-status=live}}</ref><ref name="Small19892">{{Cite journal|title=Systematics of Biological Systematics (Or, Taxonomy of Taxonomy)|date=1989|issue=3|pages=335–356|journal=Taxon|volume=38|first=Ernest|last=Small|doi=10.2307/1222265|jstor=1222265}}</ref> Burada "taksonomi"nin en geniş anlamı kullanılmaktadır. Terimin kendisi 1813 yılında [[Augustin Pyramus de Candolle|de Candolle]] tarafından ''[[Théorie Élémentaire de la Botanique|Théorie Elémentaire de la Botanique]]'' adlı eserinde tanıtılmıştır.<ref>{{Cite book|url=https://books.google.com/books?id=In_Lv8iMt24C&pg=PA20|title=Plant systematics: An integrated approach|date=2004|page=20|publisher=Science Publishers|via=Google Books|first=Gurcharan|last=Singh|isbn=9781578083510}}</ref> [[John Lindley]] 1830 yılında sistematiğin erken bir tanımını yapmıştır, ancak "sistematik" terimini kullanmak yerine "sistematik botanik" terimini kullanmıştır.<ref>{{cite web|url=http://evolvingthoughts.net/2011/02/what-is-systematics-and-what-is-taxonomy/|title=What is systematics and what is taxonomy?|archive-date=27 August 2016|archive-url=https://web.archive.org/web/20160827124330/http://evolvingthoughts.net/2011/02/what-is-systematics-and-what-is-taxonomy/|work=EvolvingThoughts.net|first=J. S.|last=Wilkins}}</ref> Avrupalılar biyoçeşitliliğin bir bütün olarak incelenmesi için "sistematik" ve "biyosistematik" terimlerini kullanma eğilimindeyken, Kuzey Amerikalılar "taksonomi" terimini daha sık kullanma eğilimindedir.<ref>{{cite book|title=Invertebrates|date=2003|page=27|location=Sunderland, Massachusetts|publisher=Sinauer Associates|edition=2nd|first2=G. J.|last2=Brusca|first1=R. C.|last1=Brusca}}</ref> Bununla birlikte, taksonomi ve özellikle [[alfa taksonomi]], daha spesifik olarak organizmaların tanımlanması, tanımlanması ve adlandırılması (yani isimlendirme) iken,<ref name="Fortey">{{Cite book|title=Dry Store Room No. 1: The Secret Life of the Natural History Museum|date=2008|location=London|publisher=Harper Perennial|first=Richard|last=Fortey|isbn=9780007209897|author-link=Richard Fortey}}</ref> "sınıflandırma" organizmaları diğer organizmalarla ilişkilerini gösteren hiyerarşik gruplar içine yerleştirmeye odaklanır. |
|||
[[Georges Cuvier]] (1769-1832) karşılaştırmalı anatomi ve paleontolojinin temellerini atmıştır. Hayvan vücudundaki her organın anatomik yapısı ile bütün diğer organlar arasında fonksiyonel bir bağlantı olduğunu söylemiştir. Bu yapı ve fonksiyonel özellikler çevreyle etkileşme sonucu oluşmuştur. Türlerin yaratılışlarının bugüne kadar değişmediğini söylemiştir. Buna delil olarak hayvan gruplarını birbirinden ayıran anatomik özelliklerini göstermiştir. ''Le Regne Animal Distrubie Dapres Son Organisation'' adlı eserinde hayvanları anatomik olarak dört gruba ayırmıştır. Bu gruplar, omurgalılar, yumuşakçalar, eklemliler ve ışınlılardır. Embranchment adıyla sistematik bir kategori kullanmıştır. |
|||
=== Monograf ve taksonomik revizyon === |
|||
[[Charles Darwin]] (1809-1882)’in evrim teorisi doğrultusunda doğal seleksiyon adıyla yeni bir düşünce hızla yayılmış ve taksonomiyi etkilemiştir. Türlerin sabit olmadığı, doğal grupların mevcut olduğu, türleri ayırmada fizyolojik durumun dikkate alınması gerektiği, varyasyon sonucu değişik vücut yapılarını ve adaptasyonların olduğu anlayışları ortaya çıkmıştır. |
|||
'''Taksonomik revizyon''' veya '''taksonomik inceleme''', belirli bir [[Takson|taksonun]] varyasyon modellerinin yeni bir analizidir. Bu analiz, [[Morfoloji (biyoloji)|morfolojik]], [[Anatomi|anatomik]], [[Palinoloji|palinolojik]], [[Biyokimya|biyokimyasal]] ve [[genetik]] gibi mevcut çeşitli karakter türlerinin herhangi bir kombinasyonu temelinde gerçekleştirilebilir. Bir [[Monografi#Biyoloji|monograf]] veya tam revizyon, belirli bir zamanda verilen bilgiler için bir takson için ve tüm dünya için kapsamlı bir revizyondur. Diğer (kısmi) revizyonlar, mevcut karakter setlerinden yalnızca bazılarını kullanmaları veya sınırlı bir uzamsal kapsama sahip olmaları anlamında kısıtlı olabilir. Bir revizyon, incelenmekte olan takson içindeki alttakslar arasındaki ilişkilerde bir uyum veya yeni anlayışlarla sonuçlanır; bu da bu alttaksların sınıflandırılmasında bir değişikliğe, yeni alttaksların tanımlanmasına veya önceki alttaksların birleştirilmesine yol açabilir.<ref>{{Cite journal|title=Towards Defining a Taxonomic Revision Methodology|date=1992|issue=4|pages=653–660|journal=Taxon|volume=41|first=Nigel|last=Maxted|doi=10.2307/1222391|jstor=1222391}}</ref> |
|||
=== Taksonomik karakterler === |
|||
[[Ernst Mayr]] (1904-2005), modern sentetik evrim teorisinin kurucularından kabul edilir. Bu teori gen değişimi, genlerin yeniden düzenlenmesinde biyolojik süreçleri, kromozom yapıları ve fonksiyonel değişiklikleri ve üremeyi topluluğun fertleriyle sınırlayan mekanizma ve seleksiyonu teşkil eder. ''Systhematics and Origin of Species'' ve ''Animal Species and Evolution'' adlı eserleriyle popülasyona bağlı tür değişimini geliştirmiştir. |
|||
Taksonomik karakterler, taksonlar arasındaki ilişkilerin ([[Filogenetik ağacı|filogeni]]) çıkarıldığı kanıtları sağlamak için kullanılabilen taksonomik özelliklerdir.<ref name="Hennig 1965">{{cite journal|url=https://doi.org/10.1146/annurev.en.10.010165.000525|title=Phylogenetic Systematics|date=January 1965|issue=1|pages=97–116|journal=Annual Review of Entomology|volume=10|issn=0066-4170|doi=10.1146/annurev.en.10.010165.000525|first1=Willi|last1=Hennig}}</ref><ref>{{cite book|title=Principles of Systematic Zoology|date=1991|page=159|location=New York|publisher=McGraw-Hill|first=Ernst|last=Mayr|author-link=Ernst Mayr}}</ref> Taksonomik karakter türleri şunları içerir:<ref>Mayr, Ernst (1991), p. 162.</ref> |
|||
{{div col|colwidth=35em}} |
|||
== Tanımlama ve adlandırma == |
|||
* [[Morfoloji (biyoloji)|Morfolojik]] karakterler |
|||
[[Carolus Linnaeus|Linnaeus]] tarafından türlere iki parçalı adlar verilmesi, günümüzde kullanılan adlandırma sistemlerinin başlangıcı kabul edilir. Zamanla ayrıntılarda ortaya çıkan farklılıkları gidermek ve bilimsel adların uluslararası kabul görmüş kurallarını oluşturmak üzere 19.yy'ın ortalarından itibaren çeşitli kurumlar tarafından yönergeler oluşturuldu. Bugün için bunların başlıcaları şunlardır: |
|||
** Genel dış [[Morfoloji (biyoloji)|morfoloji]] |
|||
* Uluslararası [[Su yosunları]], [[Mantarlar]] ve [[Bitki]]ler Adlandırma Yasası (International Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants – ICN), Temmuz 2011'de kabul edilerek daha önceki 'Uluslararası Botanik Adlandırma Yasası'nın (International Code of Botanical Nomenclature, ICBN) ve daha da eski Uluslararası Botanik Adlandırma Kuralları'nın (International Rules of Botanical Nomenclature) yerini almıştır.<ref name="ICN">{{Web kaynağı |url=http://www.iapt-taxon.org/nomen/main.php |başlık=International Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants (Melbourne Code), Adopted by the Eighteenth International Botanical Congress Melbourne, Australia, July 2011 |erişimtarihi=24 Mart 2015 |arşivtarihi=15 Kasım 2015 |arşivurl=https://web.archive.org/web/20151115102503/http://www.iapt-taxon.org/nomen/main.php |ölüurl=hayır |yayıncı=International Association for Plant Taxonomy |yıl=2011}}</ref> |
|||
** Özel yapılar (örneğin, [[Cinsel organ|genitalya]]) |
|||
* Uluslararası Zoolojik Adlandırma Yasası (International Code of Zoological Nomenclature – ICZN)<ref name="ICZN">{{Web kaynağı |url=http://www.nhm.ac.uk/hosted-sites/iczn/code/ |başlık=International Code of Zoological Nomenclature |erişimtarihi=24 Mart 2015 |arşivtarihi=26 Aralık 2015 |arşivurl=https://web.archive.org/web/20151226171112/http://www.nhm.ac.uk/hosted-sites/iczn/code/ |ölüurl=hayır |yayıncı=International Commission on Zoological Nomenclature |yıl=1999}}</ref> |
|||
** İç morfoloji ([[anatomi]]) |
|||
* Uluslararası Bakteri Adlandırma Yasası (International Code of Nomenclature of Bacteria – ICNB)<ref>{{Web kaynağı |url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK8808/ |başlık=International Code of Nomenclature of Bacteria: Bacteriological Code |erişimtarihi=24 Mart 2015 |arşivtarihi=5 Nisan 2016 |arşivurl=https://web.archive.org/web/20160405160801/http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK8808/ |ölüurl=hayır |yayıncı=ICSB |yıl=1990}}</ref> |
|||
** [[Embriyoloji]] |
|||
* Uluslararası Kültivar Adlandırma Yasası (International Code of Nomenclature for Cultivated Plants – ICNCP)<ref>{{Web kaynağı |url=http://www.ishs.org/sci/icracpco.htm |başlık=International Code of Nomenclature for Cultivated Plants "Cultivated Plant Code" or ICNCP |erişimtarihi=24 Mart 2015 |arşivtarihi=12 Aralık 2015 |arşivurl=https://web.archive.org/web/20151212203424/http://www.ishs.org/sci/icracpco.htm |ölüurl=evet |yayıncı=ISHS (International Society for Horticultural Science) |yıl=2009}}</ref> |
|||
** [[Karyotip|Karyoloji]] ve diğer [[Hücre biyolojisi|sitolojik]] faktörler |
|||
* Uluslararası Fitosenoz Adlandırma Yasası (International Code of Phytosociological Nomenclature) |
|||
* [[Fizyoloji|Fizyolojik]] karakterler |
|||
*Uluslararası Virüs Taksonometrisi Komitesi (International Committee on Taxonomy of Viruses – ICTV) |
|||
** [[Metabolizma|Metabolik faktörler]] |
|||
** Vücut salgıları |
|||
** Genik kısırlık faktörleri |
|||
* [[Moleküler biyoloji|Moleküler]] karakterler |
|||
** İmmünolojik mesafe |
|||
** Elektroforetik farklılıklar |
|||
** Proteinlerin amino asit dizilimleri |
|||
** DNA hibridizasyonu |
|||
** DNA ve RNA dizileri |
|||
** Restriksiyon endonükleaz analizleri |
|||
** Diğer moleküler farklılıklar |
|||
* [[Davranış|Davranışsal]] karakterler |
|||
** Kur yapma ve diğer etolojik izolasyon mekanizmaları |
|||
** Diğer davranış kalıpları |
|||
* [[Ekoloji|Ekolojik]] karakterler |
|||
** Habitat ve yaşam alanları |
|||
** Yemek |
|||
** Mevsimsel değişimler |
|||
** Parazitler ve konakçılar |
|||
* [[Coğrafya|Coğrafi]] karakterler |
|||
** Genel [[Coğrafi dağılım sınırı|biyocoğrafik dağılım]] modelleri |
|||
** [[Simpatri|Simpatrik]]-[[Allopatrik türleşme|allopatrik]] popülasyon ilişkisi{{div col end}} |
|||
=== Alfa ve beta taksonomi === |
|||
== Taksonomik kategoriler == |
|||
{{Karıştırma|Alfa çeşitliliği}}"'''Alfa taksonomi'''" terimi öncelikle taksonları, özellikle de türleri bulma, tanımlama ve adlandırma disiplinine atıfta bulunmak için kullanılır.<ref name="BiologyDiscussion">{{Cite news|url=http://www.biologydiscussion.com/animals-2/taxonomy/taxonomy-meaning-levels-periods-and-role/32373|title=Taxonomy: Meaning, Levels, Periods and Role|archive-date=5 April 2017|archive-url=https://web.archive.org/web/20170405073645/http://www.biologydiscussion.com/animals-2/taxonomy/taxonomy-meaning-levels-periods-and-role/32373|date=27 May 2016|work=Biology Discussion|url-status=live}}</ref> Daha önceki literatürde bu terim, morfolojik taksonomiye ve 19. yüzyılın sonuna kadar yapılan araştırmaların ürünlerine atıfta bulunan farklı bir anlama sahipti.<ref>{{Cite journal|url=|title=The species concept for prokaryotes|date=1 January 2001|issue=1|pages=39–67|journal=FEMS Microbiology Reviews|volume=25|issn=1574-6976|pmid=11152940|doi=10.1111/j.1574-6976.2001.tb00571.x|first2=Rudolf|last2=Amann|first1=Ramon|last1=Rosselló-Mora}}</ref> |
|||
[[William Bertram Turrill]], "alfa taksonomi" terimini 1935 ve 1937 yıllarında yayınlanan ve taksonomi disiplininin felsefesini ve gelecekteki olası yönelimlerini tartıştığı bir dizi makalede tanıttı.{{sfn|Turrill|1938}}<blockquote>... taksonomistler arasında, sorunlarını daha geniş bir bakış açısıyla ele alma, sitolojik, ekolojik ve genetik meslektaşlarıyla daha yakın işbirliği olanaklarını araştırma ve amaç ve yöntemlerinde belki de köklü bir revizyon ya da genişlemenin arzu edilebilir olduğunu kabul etme isteği giderek artmaktadır ... Turrill (1935), yapıya dayanan ve uygun bir şekilde "alfa" olarak adlandırılan eski paha biçilmez taksonomiyi kabul ederken, mümkün olduğunca geniş bir morfolojik ve fizyolojik gerçekler temeli üzerine inşa edilen ve "dolaylı da olsa türlerin ve diğer taksonomik grupların yapısı, alt bölümleri, kökeni ve davranışlarıyla ilgili tüm gözlemsel ve deneysel veriler için bir yer bulunan" daha uzak bir taksonomiye göz atmanın mümkün olduğunu öne sürmüştür. İdeallerin hiçbir zaman tamamen gerçekleştirilemeyeceği söylenebilir. Bununla birlikte, kalıcı uyarıcılar olarak hareket etme gibi büyük bir değere sahiptirler ve eğer belirsiz de olsa bir "omega" taksonomi idealimiz varsa, Yunan alfabesinde biraz ilerleyebiliriz. Bazılarımız şu anda bir "beta" taksonomisinde el yordamıyla ilerlediğimizi düşünerek kendimizi memnun ediyoruz.{{sfn|Turrill|1938}}</blockquote>Turrill böylece ekoloji, fizyoloji, genetik ve sitoloji gibi bir bütün olarak taksonomiye dahil ettiği çeşitli çalışma alanlarını açıkça alfa taksonominin dışında bırakmaktadır. Ayrıca filogenetik yeniden yapılandırmayı da alfa taksonominin dışında tutmaktadır.{{sfn|Turrill|1938|pp=365–366}} |
|||
=== Yüksek kategori === |
|||
Takım, sınıf, şube kategorilerini içinde bulunduran familyanın üzerinde bulunur. Kıyaslamalı bilgilerle meydana getirilir. Bu kategoriler sabittir. |
|||
Daha sonraki yazarlar bu terimi farklı bir anlamda, türlerin (alt türlerin ya da diğer derecelerdeki taksonların değil), eldeki her türlü araştırma tekniği kullanılarak ve sofistike hesaplama ya da laboratuvar teknikleri de dahil olmak üzere sınırlandırılması anlamında kullanmışlardır.<ref>{{Cite journal|title=Trend curves of the rate of species description in zoology|date=1965|issue=3686|pages=880–882|journal=Science|volume=149|first=G. C.|last=Steyskal|pmid=17737388|doi=10.1126/science.149.3686.880|bibcode=1965Sci...149..880S|s2cid=36277653}}</ref><ref name="BiologyDiscussion">{{Cite news|url=http://www.biologydiscussion.com/animals-2/taxonomy/taxonomy-meaning-levels-periods-and-role/32373|title=Taxonomy: Meaning, Levels, Periods and Role|archive-date=5 April 2017|archive-url=https://web.archive.org/web/20170405073645/http://www.biologydiscussion.com/animals-2/taxonomy/taxonomy-meaning-levels-periods-and-role/32373|date=27 May 2016|work=Biology Discussion|url-status=live}}</ref> Böylece, [[Ernst Mayr]] 1968'de "'''beta taksonomi'''"yi türden daha yüksek derecelerin sınıflandırılması olarak tanımlamıştır.<ref>{{cite journal|title=The Role of Systematics in Biology: The study of all aspects of the diversity of life is one of the most important concerns in biology|date=9 February 1968|issue=3815|pages=595–599|journal=Science|volume=159|first=Ernst|last=Mayr|pmid=4886900|doi=10.1126/science.159.3815.595|bibcode=1968Sci...159..595M|author-link=Ernst Mayr}}</ref><blockquote>Varyasyonun biyolojik anlamının ve akraba tür gruplarının evrimsel kökeninin anlaşılması, taksonomik faaliyetin ikinci aşaması olan türlerin akraba gruplarına ("taksonlar") ayrılması ve bunların daha yüksek kategorilerden oluşan bir hiyerarşi içinde düzenlenmesi için daha da önemlidir. Bu faaliyet, sınıflandırma teriminin ifade ettiği şeydir; "beta taksonomi" olarak da adlandırılır.</blockquote> |
|||
=== [[Familya]] === |
|||
Yüksek kategoriler içerisinde de sayılabilir. Genel olarak dünyanın tüm kıtalarına yayılmış türleri kapsayabilir. İçerisinde alttür, tür, tribü ve altfamilyalar bulunur. Cins sayısına göre ikiye ayrılır. Bir familya tek bir cins ile temsil ediliyorsa buna ''monotipik familya'', birçok cins ile temsil ediliyorsa ''politipik familya'' adı verilir. ''Üst familya'', birbirlerine benzeyen familyaların bir araya getirilmesiyle oluşturulur. ''Alt familya'', familya içerisindeki birbirine benzeyen cinslerin bir araya getirilmesiyle oluşturulur. ''Tribü'' ise altfamilya içerisindeki birbirine benzeyen cinslerin bir araya getirilmesiyle oluşur. |
|||
=== Mikrotaksonomi ve makrotaksonomi === |
|||
=== [[Cins]] === |
|||
{{Ana|Türler sorunu}} |
|||
Bilimsel ismi genus, çoğul olarak kullanımı ismi generadır. Yüksek kategorilerin en alt basamağıdır. Birbirine benzeyen veya birbirleriyle akraba olan bir veya birçok türün meydana getirdiği taksonomik topluluktur. Bir cins, tip olarak seçilen türler vasıtasıyla tespit edilir. Sahip olduğu tür sayısına göre ikiye ayrılır. Eğer tek tür içeriyorsa ''monotipik cins'', birden fazla türe sahip ise ''politipik cins''tir. Büyük cins topluluğuna bağlı çok sayıda türün teşhisinde ortaya çıkan sorunlar için birbirlerine benzeyenler bir araya getirilir ve altcinsler oluşturulur. |
|||
Belirli bir organizma grubunda türlerin nasıl tanımlanması gerektiği, [[Türler sorunu|tür sorunu]] olarak adlandırılan pratik ve teorik sorunlara yol açmaktadır. Türlerin nasıl tanımlanacağına karar veren bilimsel çalışma mikrotaksonomi olarak adlandırılmıştır.<ref>{{Cite book|title=The Growth of Biological Thought: Diversity, Evolution, and Inheritance|chapter=Chapter 6: Microtaxonomy, the science of species|chapter-url=https://books.google.com/books?id=pHThtE2R0UQC|date=1982|publisher=Belknap Press of Harvard University Press|first=Ernst|last=Mayr|isbn=9780674364462}}</ref><ref>{{Cite web|url=http://www.biological-concepts.com/views/search.php?term=1508|title=Result of Your Query|archive-date=5 April 2017|archive-url=https://web.archive.org/web/20170405170414/http://www.biological-concepts.com/views/search.php?term=1508|website=biological-concepts.com|url-status=live}}</ref><ref name="BiologyDiscussion">{{Cite news|url=http://www.biologydiscussion.com/animals-2/taxonomy/taxonomy-meaning-levels-periods-and-role/32373|title=Taxonomy: Meaning, Levels, Periods and Role|archive-date=5 April 2017|archive-url=https://web.archive.org/web/20170405073645/http://www.biologydiscussion.com/animals-2/taxonomy/taxonomy-meaning-levels-periods-and-role/32373|date=27 May 2016|work=Biology Discussion|url-status=live}}</ref> Buna bağlı olarak makrotaksonomi, alt cins ve üstü daha yüksek [[Taksonomik seviye|taksonomik seviyelerdeki]] grupların veya basitçe,<ref name="BiologyDiscussion" /> [[Filogenetik adlandırma sistemi|filogenetik isimlendirme]] açısından ifade edilen, tür olarak kabul edilen birden fazla takson içeren kladların incelenmesidir.<ref name="Cantino & de Queiroz 2020">{{cite book|url=https://www.routledge.com/International-Code-of-Phylogenetic-Nomenclature-PhyloCode/Queiroz-Cantino/p/book/9781138332829|title=International Code of Phylogenetic Nomenclature (PhyloCode): A Phylogenetic Code of Biological Nomenclature|date=29 April 2020|pages=xl + 149|location=Boca Raton, Florida|publisher=CRC Press|isbn=978-0429821356|first2=Kevin|last2=de Queiroz|first1=Philip D.|last1=Cantino}}</ref> |
|||
== Tarihçe == |
|||
Taksonomik tarihin bazı açıklamaları taksonomiyi eski uygarlıklara kadar götürmeye çalışsa da eserleri bir taksonomiye işaret eden [[Aristoteles]]'in olası istisnası dışında, organizmaları sınıflandırmaya yönelik gerçek anlamda bilimsel bir girişim 18. yüzyıla kadar gerçekleşmemiştir.<ref name="Voultsiadou & Vafidis 2007">{{cite journal|url=https://doi.org/10.1163/18759866-07602004|title=Marine invertebrate diversity in Aristotle's zoology|date=1 January 2007|issue=2|pages=103–120|journal=Contributions to Zoology|volume=76|issn=1875-9866|doi=10.1163/18759866-07602004|first2=Dimitris|last2=Vafidis|first1=Eleni|last1=Voultsiadou}}</ref><ref name="Voultsiadou et al. 2017">{{cite journal|url=https://doi.org/10.12681/mms.13874|title=Aristotle's scientific contributions to the classification, nomenclature and distribution of marine organisms|date=2017|issue=3|pages=468–478|journal=Mediterranean Marine Science|volume=18|issn=1791-6763|doi=10.12681/mms.13874|first2=Vasilis|first3=Leen|first4=Kostas|first5=Christos|last2=Gerovasileiou|last3=Vandepitte|last4=Ganias|last5=Arvanitidis|first1=Eleni|last1=Voultsiadou}}</ref> Daha önceki çalışmalar öncelikle tanımlayıcı nitelikteydi ve tarımda ya da tıpta yararlı olan bitkilere odaklanıyordu. |
|||
Bu kavramın ilk kullanıcısı John Ray olmuştur. Ortak özellikler taşıyan fertlerin toplamını içeren biyolojik bir gruptur. Morfolojik özelliklerine göre gruplara ayrılır. Bu gruplar: Çevreye uyum sağlamasına göre dar ve geniş toleranslı, döl sayısına göre çok sayıda, yılda bir kere ve birkaç yılda bir kere, üreme şekline göre eşeyli, eşeysiz, hermafrodit ve ikiz, coğrafi dağılışlarına göre simpatrik ve allopatrik, son olarak sahip olduğu alttür sayısına göre ise monotipik ve politipik’tir. ''Alttür'', türün altında yer alan en küçük taksonomik kategoridir. Sadece politipik türlerde görülür. Bu terim bazen ''ırk'' terimi ile aynı anlamda kullanılmıştır. Coğrafi olarak belirli alana lokalize olmuş topluluklardır. Tamamen aynı ekolojik özelliklere sahip aynı alanlar bulunmadığına göre her alttür, teorik olarak ''ekolojik ırk'' kabul edilir. |
|||
Bu bilimsel düşüncede bir dizi aşama vardır. İlk taksonomi, [[Carl Linnaeus|Linnaeus]]'un bitkiler için cinsel sınıflandırma sistemi de dahil olmak üzere "yapay sistemler" olarak adlandırılan keyfi kriterlere dayanıyordu (Linnaeus'un 1735 tarihli hayvan sınıflandırması "[[Systema Naturae]]" ("Doğa Sistemi") başlığını taşıyordu, bu da onun en azından "yapay bir sistemden" daha fazlası olduğuna inandığını ima ediyordu). |
|||
=== Ara veya geçit popülasyonlar === |
|||
Alttürler birbirlerine yakın alanlarda bulunur ve aralarında ciddi bir engel olmazsa bu alttürlerin birbirlerine yakın olduğu yerlerde veya birleşme alanlarında ara/geçit popülasyonlar meydana gelir. |
|||
Daha sonra, [[Antoine Laurent de Jussieu|de Jussieu]] (1789), de Candolle (1813) ve [[Bentham & Hooker sistemi|Bentham ve Hooker]] (1862-1863) gibi "doğal sistemler" olarak adlandırılan, taksonların özelliklerinin daha eksiksiz bir şekilde değerlendirilmesine dayanan sistemler geldi. Bu sınıflandırmalar ampirik kalıpları tanımlamaktaydı ve evrim öncesi düşünce tarzına sahipti. |
|||
=== Nötr terimler === |
|||
Taksonomide kullanılıp, uluslararası adlandırma yasaları içinde yer almayan [[Form (botanik)|form]], [[Varyete (biyoloji)|varyete]], grup, kompleks, cohort, [[seksiyon]], series, division gibi terimlerdir. |
|||
[[Charles Darwin]]'in ''[[Türlerin Kökeni]]'' (1859) adlı kitabının yayınlanması, evrimsel ilişkilere dayanan sınıflandırmalar için yeni bir açıklamaya yol açtı. Bu, 1883'ten itibaren [[Filogenetik|filetik]] sistemler kavramıydı. Bu yaklaşım, [[August W. Eichler|Eichler]] (1883) ve [[Adolf Engler|Engler]] (1886-1892) tarafından ortaya konmuştur. |
|||
== Taksonomik karakterler == |
|||
Türleri birbirinden ayırmak için taksonomik karakterlerini bulmak gerekir. İlk taksonomistler sadece morfolojik karakterlere önem vermişlerdir. Bu modern taksonomide tek başına yeterli olmamış ve taksonomik karakterler beş gruba ayrılmıştır. |
|||
1970'lerde [[kladistik]] metodolojinin ortaya çıkışı, [[Sinapomorfi ve apomorfi|sinapomorfilerin]] varlığıyla desteklenen tek [[monofili]] kriterine dayalı sınıflandırmalara yol açmıştır. O zamandan bu yana, [[Moleküler genetik|moleküler genetikten]] gelen ve çoğunlukla geleneksel [[Morfoloji (biyoloji)|morfolojiyi]] tamamlayan verilerle kanıt temeli genişletilmiştir.{{sfn|Datta|1988}} |
|||
=== Morfolojik karakterler === |
|||
Kendi içinde beş gruba ayrılır: |
|||
# Genel dış morfolojik özellikler: Boy, genel yapı, renk, vücut örtüsü, kıllanma durumu, baş durumu ve morfometrik ölçümdür. |
|||
# Genital organlar: Özellikle erkek genital organları, böceklerin teşhisinde yaygın olarak kullanılır. Genital organ yapıları genel olarak benzerlik gösterir. |
|||
# Anatomik özellikler: Bu özelliklerden yüksek taksonomi kategorilerinin belirlenmesinde yararlanılır. |
|||
# Ergin öncesi dönemler ve embriyoloji: Ergin öncesi dönemler daha çok böcek gruplarını belirlemede yararlanılır. Emriyoloji ise daha çok akrabalık ilişkilerini belirlemede kullanılır. |
|||
# Kromozom özellikleri: Kromozom sayıları, tipleri ve boyutları taksonomide yararlanılan en önemli kromozom özelliklerindendir. |
|||
=== |
=== Linnaean öncesi === |
||
Morfolojik karakterler ile beraber kullanılır. Zorunlu olmadıkça başvurulmaz. Bunun nedeni canlı birey ve özel aletlere olan ihtiyaçtır. |
|||
=== |
==== İlk taksonomistler ==== |
||
İnsan çevresini isimlendirme ve sınıflandırma muhtemelen dilin başlangıcıyla birlikte başlamıştır. Zehirli bitkileri yenilebilir bitkilerden ayırt etmek, insan topluluklarının hayatta kalmasının ayrılmaz bir parçasıdır. {{Circa|MÖ 1500}}'lerden kalma Mısır duvar resimlerinde görülen şifalı bitki illüstrasyonları, farklı türlerin kullanım alanlarının anlaşıldığını ve temel bir taksonominin mevcut olduğunu göstermektedir.<ref name="Manktelow">{{cite web|url=http://atbi.eu/summerschool/files/summerschool/Manktelow_Syllabus.pdf|title=History of Taxonomy|archive-date=29 May 2015|archive-url=https://web.archive.org/web/20150529020546/http://atbi.eu/summerschool/files/summerschool/Manktelow_Syllabus.pdf|date=2010|publisher=Dept. of Systematic Biology, [[Uppsala University]]|first=M.|last=Manktelow}}</ref> |
|||
Morfolojik karakterlerden sonra en çok yararlanılan ikinci gruptur. Kendi içerisinde beş gruba ayrılır. |
|||
# Habitatlar: Her canlı türünün kendisi özgü olan yaşam alanıdır. |
|||
# Konukçu ve besin: Bitki türleri ve böcekler arasındaki ilişkileri belirlemek için yararlanılır. |
|||
# Parazitoit ve predatörler: Her türün kendisine özgü düşmanları bulunur. Bu düşmanları tanımlamak amacıyla bu özelliklerden yararlanılır. |
|||
# Konukçu reaksiyonları: Bitkilerin üzerinden beslenenlere karşı gösterdiği reaksiyonlardır. |
|||
# Çevre faktörlerine tolerans: Birbirine çok benzeyen bazı türlerin çevre faktörlerine göre birbirinden ayrılmasıdır. |
|||
=== |
==== Antik dönemler ==== |
||
{{Daha fazla|Aristoteles'in biyolojisi#Sınıflandırma}} |
|||
Bu karakterlerden yararlanmak için canlılar üzerinde çalışmak gerekir. Etolojik davranış hareketleri ise, ses çıkarma, ışık verme, çiftleme, yumurta bırakma, zarar verme şekli, yuva yapma ve biyolojik davranışlardır. |
|||
[[Dosya:Huang-Quan-Xie-sheng-zhen-qin-tu.jpg|küçükresim| [[Song Hanedanı]] ressamı [[Huang Quan (ressam)|Huang Quan]] (903-965) tarafından ''nadir hayvanların tasviri'' (写生珍禽图)]] |
|||
Organizmalar ilk olarak [[Aristoteles]] (Yunanistan, MÖ 384-322) tarafından [[Midilli (ada)|Midilli Adası]]'nda kaldığı süre boyunca sınıflandırılmıştır.<ref>{{cite book|title=The Growth of Biological Thought|date=1982|location=Cambridge, Massachusetts|publisher=Belknap Press of Harvard University Press|first=Ernst|last=Mayr|author-link=Ernst Mayr}}</ref><ref name="Palaeos">{{Cite web|url=http://palaeos.com/taxonomy/history.html|title=Palaeos : Taxonomy|archive-date=31 March 2017|archive-url=https://web.archive.org/web/20170331022648/http://palaeos.com/taxonomy/history.html|website=palaeos.com|url-status=dead}}</ref><ref name="Britannica – Taxonomy">{{Cite encyclopedia|url=https://www.britannica.com/science/taxonomy|title=taxonomy {{!}} biology|archive-date=5 April 2017|archive-url=https://web.archive.org/web/20170405075451/https://www.britannica.com/science/taxonomy|encyclopedia=Encyclopedia Britannica|url-status=live}}</ref> Varlıkları, canlı doğmak, dört ayaklı olmak, yumurtlamak, kanlı olmak ya da sıcak vücutlu olmak gibi parçalarına ya da modern terimlerle niteliklerine göre sınıflandırmıştır.<ref name="Roanoke">{{Cite web|url=http://www.cbs.dtu.dk/courses/genomics_course/roanoke/bio101ch20.htm|title=Biology 101, Ch 20|archive-date=28 June 2017|archive-url=https://web.archive.org/web/20170628023508/http://www.cbs.dtu.dk/courses/genomics_course/roanoke/bio101ch20.htm|date=23 March 1998|website=cbs.dtu.dk|url-status=live}}</ref> Tüm canlıları iki gruba ayırmıştır: bitkiler ve hayvanlar.<ref name="Palaeos" /> |
|||
''Anhaima'' (kansız hayvanlar, [[omurgasızlar]] olarak tercüme edilir) ve ''Enhaima'' (kanlı hayvanlar, kabaca [[omurgalılar]]) gibi bazı hayvan gruplarının yanı sıra [[Köpekbalığı|köpekbalıkları]] ve [[Balinalar|deniz memelileri]] gibi gruplar da yaygın olarak kullanılmaktadır.<ref>{{Cite book|title=The Lagoon: How Aristotle Invented Science|date=2014|pages=384–395|publisher=Bloomsbury|title-link=Aristotle's Lagoon|first=Armand Marie|last=Leroi|isbn=9781408836224|author-link=Armand Marie Leroi}}</ref><ref name="von Lieven & Humar 2008">{{cite journal|url=https://www.jstor.org/stable/23334371|title=A Cladistic Analysis of Aristotle's Animal Groups in the "Historia animalium"|date=2008|issue=2|pages=227–262|journal=History and Philosophy of the Life Sciences|volume=30|issn=0391-9714|first2=Marcel|last2=Humar|first1=Alexander Fürst|last1=von Lieven|jstor=23334371}}</ref><ref name="Laurin & Humar 2022">{{cite journal|url=https://doi.org/10.5852/cr-palevol2022v21a1|title=Phylogenetic signal in characters from Aristotle's History of Animals|date=2022|issue=1|language=fr|pages=1–16|journal=Comptes Rendus Palevol|volume=21|doi=10.5852/cr-palevol2022v21a1|first2=Marcel|last2=Humar|first1=Michel|last1=Laurin}}</ref> |
|||
=== Coğrafi Karakterler === |
|||
Hayvanlar aleminin belirli sistematik gruplamalarını belirli kıtalar üzerinden belirmeye yarar. |
|||
Öğrencisi [[Theofrastos]] (Yunanistan, MÖ 370-285) bu geleneği devam ettirerek ''[[Historia Plantarum (Theofrastos)|Historia Plantarum]]'' adlı eserinde 500 kadar bitkiden ve bunların kullanım alanlarından bahsetmiştir. [[Cornus]], [[Çiğdem|Crocus]] ve [[Nergis|Narcissus]] gibi birçok bitki grubunun izi Theofrastos'a kadar sürülebilir.<ref name="Palaeos">{{Cite web|url=http://palaeos.com/taxonomy/history.html|title=Palaeos : Taxonomy|archive-date=31 March 2017|archive-url=https://web.archive.org/web/20170331022648/http://palaeos.com/taxonomy/history.html|website=palaeos.com|url-status=dead}}</ref> |
|||
== Taksonomik çalışmalar üç ana başlık altında toplanabilir == |
|||
=== |
==== Orta Çağ ==== |
||
[[Orta Çağ]]'da taksonomi büyük ölçüde Aristotelesçi sisteme dayanmakla birlikte,<ref name="Roanoke">{{Cite web|url=http://www.cbs.dtu.dk/courses/genomics_course/roanoke/bio101ch20.htm|title=Biology 101, Ch 20|archive-date=28 June 2017|archive-url=https://web.archive.org/web/20170628023508/http://www.cbs.dtu.dk/courses/genomics_course/roanoke/bio101ch20.htm|date=23 March 1998|website=cbs.dtu.dk|url-status=live}}</ref> yaratıkların felsefi ve varoluşsal düzenine ilişkin eklemeler de yapılmıştır. Bu, Batı [[Skolastik felsefe|skolastik]] geleneğindeki [[büyük varlık zinciri]] gibi kavramları içeriyordu<ref name="Roanoke" /> ve yine nihai olarak Aristoteles'ten türetilmişti. |
|||
Sadece tür, cins gibi kategorilerdeki taksonların isimlendirilmesi ve tanımlanması düzeyinde yapılan çalışmaları kapsar. Bu tür çalışmalar Linne ile başlamış olup günümüzde özellikle tür sayısı bakımından çok zengin hayvan ve bitki gruplarında hâlâ sürdürülmektedir. Alfa taksonomi diğer beta ve gamma tiplerine göre daha ilkel değil, sadece farklı çalışma metotlarıyla karakterize edilir. Her canlı grubunda ilk çalışmalar alfa düzeyde yapılmış, ancak sorunların artık çözümlenemediği durumlarda beta ve gamma taksonomi metotlarına baş vurulmuştur. Hâlâ alfa taksonomi çalışmalarına ihtiyaç duyulan gruplarda bunu bir kenara bırakıp beta ve gamma taksonomisi ile çalışmaya kalkmak anlamsızdır. |
|||
Aristoteles'in sistemi, o dönemde mikroskopların olmaması nedeniyle bitkileri ya da [[Mantarlar|mantarları]] sınıflandırmıyordu,<ref name="Britannica – Taxonomy">{{Cite encyclopedia|url=https://www.britannica.com/science/taxonomy|title=taxonomy {{!}} biology|archive-date=5 April 2017|archive-url=https://web.archive.org/web/20170405075451/https://www.britannica.com/science/taxonomy|encyclopedia=Encyclopedia Britannica|url-status=live}}</ref> çünkü onun fikirleri ''scala naturae'' (Doğal Merdiven) uyarınca tüm dünyayı tek bir süreklilik içinde düzenlemeye dayanıyordu.<ref name="Palaeos">{{Cite web|url=http://palaeos.com/taxonomy/history.html|title=Palaeos : Taxonomy|archive-date=31 March 2017|archive-url=https://web.archive.org/web/20170331022648/http://palaeos.com/taxonomy/history.html|website=palaeos.com|url-status=dead}}</ref> Bu da büyük varlık zincirinde dikkate alınmıştır.<ref name="Palaeos" /> |
|||
=== Beta taksonomi === |
|||
Bu tip çalışmalarda tür ve daha yukarı kategorilerdeki akrabalık durumları incelenir, daha çok sağlam bir sınıflandırma sisteminin gelişimi üzerinde durulur. |
|||
[[Prokopius]], [[Gazzeli Timoteus]], [[Demetrios Pepagomenos]] ve [[Thomas Aquinas]] gibi bilginler tarafından ilerlemeler kaydedilmiştir. Orta Çağ düşünürleri, pragmatik taksonomiden ziyade soyut felsefeye daha uygun olan soyut felsefi ve mantıksal kategorizasyonlar kullanmışlardır.<ref name="Palaeos">{{Cite web|url=http://palaeos.com/taxonomy/history.html|title=Palaeos : Taxonomy|archive-date=31 March 2017|archive-url=https://web.archive.org/web/20170331022648/http://palaeos.com/taxonomy/history.html|website=palaeos.com|url-status=dead}}</ref> |
|||
=== Gamma taksonomi === |
|||
Alfa taksonomi ile ayrılmış ve beta taksonomi ile yüksek kategoriler halinde sınıflandırılmış türlerin nasıl oluştuğu ile ilgilenir. Gama taksonominin konusu türleşmedir. |
|||
==== Rönesans ve erken modern dönem ==== |
|||
=== Taksonomi Piramidi === |
|||
[[Rönesans]] ve [[Aydınlanma Çağı]] boyunca, organizmaları kategorize etmek daha yaygın hale geldi<ref name="Palaeos">{{Cite web|url=http://palaeos.com/taxonomy/history.html|title=Palaeos : Taxonomy|archive-date=31 March 2017|archive-url=https://web.archive.org/web/20170331022648/http://palaeos.com/taxonomy/history.html|website=palaeos.com|url-status=dead}}</ref> ve taksonomik çalışmalar eski metinlerin yerini alacak kadar iddialı hale geldi. Bu durum bazen organizmaların morfolojisinin çok daha detaylı bir şekilde incelenmesine olanak tanıyan sofistike optik lenslerin geliştirilmesine bağlanmaktadır. |
|||
<div style="text-align: center;"> |
|||
{|{{prettytable}} |
|||
|-bgcolor='#COFOFO' |
|||
!'''Taksonlar''' |
|||
|- |
|||
| [[Üst âlem|Üst Alem]] |
|||
|- |
|||
| [[Âlem (biyoloji)|Alem]] |
|||
|- |
|||
| [[Alt âlem|Alt Alem]] |
|||
|- |
|||
| [[Grup (biyoloji)|Grup]] |
|||
|- |
|||
| [[Üst şube|Üst Şube]] |
|||
|- |
|||
| [[Şube]] |
|||
|- |
|||
| [[Alt şube|Alt Şube]] |
|||
|- |
|||
| [[Sınıf (biyoloji)|Üst Sınıf]] |
|||
|- |
|||
| [[Sınıf (biyoloji)|Sınıf]] |
|||
|- |
|||
| [[Alt sınıf|Alt Sınıf]] |
|||
|- |
|||
| [[Üst takım|Üst Takım]] |
|||
|- |
|||
| [[Takım (biyoloji)|Takım]] |
|||
|- |
|||
| [[Alt takım|Alt Takım]] |
|||
|- |
|||
| [[Üst familya|Üst Familya (Aile)]] |
|||
|- |
|||
| [[Familya|Familya (Aile)]] |
|||
|- |
|||
| [[Alt familya|Alt Familya (Aile)]] |
|||
|- |
|||
| [[Oymak (taksonomi)|Oymak]] |
|||
|- |
|||
| [[Cins]] |
|||
|- |
|||
| [[Tür]] |
|||
|- |
|||
| [[Alt tür|Alt Tür]] |
|||
|- |
|||
|} |
|||
</div> |
|||
Teknolojideki bu sıçramadan yararlanan ilk yazarlardan biri, "ilk taksonomist" olarak adlandırılan İtalyan doktor [[Andrea Cesalpino]]'dur (1519-1603).<ref>{{Cite encyclopedia|url=https://www.britannica.com/biography/Andrea-Cesalpino|title=Andrea Cesalpino {{!}} Italian physician, philosopher, and botanist|archive-date=5 April 2017|archive-url=https://web.archive.org/web/20170405075220/https://www.britannica.com/biography/Andrea-Cesalpino|encyclopedia=Encyclopedia Britannica|url-status=live}}</ref> [[Magnum opus|''Magnum opus'']]'u ''De Plantis'' 1583'te çıktı ve 1500'den fazla bitki türünü tanımladı.<ref>{{Cite book|url=https://archive.org/details/deplantislibrixv00cesa|title=De plantis libri XVI|date=1583|location=Florence|publisher=Apud Georgium Marescottum|via=Internet Archive|first2=Giorgio|last2=Marescotti|first1=Andrea|last1=Cesalpino}}</ref><ref>{{Cite encyclopedia|url=https://www.britannica.com/biography/Andrea-Cesalpino#ref130098|title=Andrea Cesalpino {{!}} Italian physician, philosopher, and botanist|archive-date=5 April 2017|archive-url=https://web.archive.org/web/20170405075220/https://www.britannica.com/biography/Andrea-Cesalpino#ref130098|encyclopedia=Encyclopedia Britannica|url-status=live}}</ref> İlk olarak tanıdığı iki büyük bitki familyası kullanımdadır: [[Papatyagiller|Asteraceae]] ve [[Turpgiller|Brassicaceae]].<ref>{{Cite book|title=International Edition Vegetables I: Asteraceae, Brassicaceae, Chenopodicaceae, and Cucurbitaceae (Handbook of Plant Breeding)|date=2010|publisher=Springer|first=Prohens|last=Jaime|isbn=9781441924742}}</ref> |
|||
=== Taksonomik Ekler Tablosu === |
|||
<div style="text-align: center;"> |
|||
{|{{prettytable}} |
|||
|-bgcolor='#COFOFO' |
|||
!'''Takson''' |
|||
!'''[[Bitki]]ler''' |
|||
!'''[[Yosun]]lar''' |
|||
!'''[[Mantar]]lar''' |
|||
!'''[[Hayvan]]lar''' |
|||
|- |
|||
| Bölüm / Şube || -phyta || -phyta || -mycota |
|||
|- |
|||
| Alt bölüm / Alt Şube || -phytina || -phytina || -mycotina |
|||
|- |
|||
| Sınıf || -opsida || -phyceae || -mycetes |
|||
|- |
|||
| Alt sınıf || -idae || -phycidae || -mycetidae |
|||
|- |
|||
| Takım || -ales || -ales || -ales |
|||
|- |
|||
| Alt takım || -ineae || -ineae || -ineae |
|||
|- |
|||
| Üst familya || -acea || -acea || -acea || -oidea |
|||
|- |
|||
| Familya || -aceae || -aceae || -aceae || -idae |
|||
|- |
|||
| Alt familya || -oideae || -oideae || -oideae || -inae |
|||
|- |
|||
| Oymak || -eae || -eae || -eae || -ini |
|||
|- |
|||
| Alt oymak || -inae || -inae || -inae || -ina |
|||
|- |
|||
| Cins |
|||
|- |
|||
| Tür |
|||
|- |
|||
| Alt tür |
|||
|} |
|||
</div> |
|||
17. yüzyılda [[John Ray]] (İngiltere, 1627-1705) birçok önemli taksonomik eser kaleme almıştır.<ref name="Britannica – Taxonomy" /> Muhtemelen en büyük başarısı, 18.000'den fazla bitki türünün ayrıntılarını yayınladığı ''Methodus Plantarum Nova''<nowiki/>'dır (1682).<ref>{{Cite book|url=https://www.biodiversitylibrary.org/item/84226#page/7/mode/1up|title=Methodus plantarum nova|archive-date=29 September 2017|archive-url=https://web.archive.org/web/20170929060003/http://www.biodiversitylibrary.org/item/84226#page/7/mode/1up|date=1682|language=la|publisher=impensis Henrici Faithorne & Joannis Kersey, ad insigne Rofæ Coemeterio D. Pauli|trans-title=New Method of Plants|first=Ray|last=John|url-status=live}}</ref> Taksonlarını birçok birleşik karaktere dayandırdığı için, sınıflandırmaları belki de o zamana kadar herhangi bir taksonomist tarafından üretilen en karmaşık sınıflandırmalardı. |
|||
== Sınıflandırmada ortaya çıkan bazı sorunlar == |
|||
Sonraki büyük taksonomik çalışmalar [[Joseph Pitton de Tournefort]] (Fransa, 1656-1708) tarafından üretilmiştir.<ref>{{Cite encyclopedia|url=https://www.britannica.com/biography/Joseph-Pitton-de-Tournefort|title=Joseph Pitton de Tournefort {{!}} French botanist and physician|archive-date=5 April 2017|archive-url=https://web.archive.org/web/20170405075951/https://www.britannica.com/biography/Joseph-Pitton-de-Tournefort|encyclopedia=Encyclopedia Britannica|url-status=live}}</ref> Onun 1700 tarihli çalışması Institutiones Rei Herbariae, 698 cinste 9000'den fazla tür içeriyordu ve genç bir öğrenci olarak kullandığı metin olduğu için Linnaeus'u doğrudan etkiledi.<ref name="Manktelow" /> |
|||
=== Eş anlamlılık (sinonimlik) === |
|||
Aynı taksona farklı isimlerin verilmesiyle ortaya çıkan sorundur. Araştırmacıların buldukları canlıya farklı isimler vermesi ve bu şekilde yayınlamaları, o canlının farklı iki tür olarak algılanmasına yol açar. Bunun gibi durumlarda saptanma ve sıralanma açısında verilen isimlerden yıl, aynı yılda ise ay, aynı ayda ise gün, aynı dergi içinde ise sayfa, aynı sayfada ise satır önceliğine bakılır. |
|||
=== |
=== Linnaean dönemi === |
||
{{Ana|Linnaean taksonomi}} |
|||
Aynı bilimsel ismin iki veya daha fazla canlıya verilmesi sorunudur. Eş anlamlılıkta geçen öncelik ilkesi burada da geçerlidir. Önceki tarihte geçen isim kullanılır, diğer isim bir daha kullanılmaz. |
|||
[[Dosya:Linné-Systema_Naturae_1735.jpg|küçükresim| [[Systema Naturae|''Systema Naturae'']]'nin başlık sayfası, Leiden, 1735]] |
|||
İsveçli botanikçi [[Carl Linnaeus]] (1707-1778)<ref name="Roanoke" /> taksonomide yeni bir çağ başlattı. Başlıca eserleri olan 1735 tarihli ''[[Systema Naturae]]'' 1. Baskı,<ref>{{cite book|title=Systema naturae, sive regna tria naturae systematice proposita per classes, ordines, genera, & species|date=1735|language=la|location=Leiden|publisher=Haak|first=Carl|last=Linnaeus|author-link=Carl Linnaeus}}</ref> 1753 tarihli ''[[Species Plantarum]]<ref>{{cite book|title=Species Plantarum|date=1753|language=la|location=Stockholm|first=Carl|last=Linnaeus|author-link=Carl Linnaeus}}</ref>'' ve [[Systema Naturae'nin 10. baskısı|''Systema Naturae'' 10. Baskı]]<ref>{{cite book|title=Systema naturae, sive regna tria naturae systematice proposita per classes, ordines, genera, & species|date=1758|language=la|location=Leiden|publisher=Haak|edition=10th|first=Carl|last=Linnaeus|author-link=Carl Linnaeus}}</ref> ile modern taksonomide devrim yaratmıştır. Çalışmaları, hayvan ve bitki türleri için standartlaştırılmış bir binomial adlandırma sistemi uyguladı<ref name="Britannica – Linnaean">{{Cite encyclopedia|url=https://www.britannica.com/science/taxonomy/The-Linnaean-system|title=taxonomy – The Linnaean system {{!}} biology|archive-date=5 April 2017|archive-url=https://web.archive.org/web/20170405074215/https://www.britannica.com/science/taxonomy/The-Linnaean-system|encyclopedia=Encyclopedia Britannica|url-status=live}}</ref> ve bu da kaotik ve dağınık bir taksonomik literatüre zarif bir çözüm olduğunu kanıtladı. Sadece sınıf, takım, cins ve tür standartlarını getirmekle kalmadı, aynı zamanda kitabından bitki ve hayvanları çiçeğin daha küçük kısımlarını kullanarak ([[Linnaean taksonomi|Linnaean sistemi]] olarak bilinir) tanımlamayı mümkün kıldı.<ref name="Britannica – Linnaean" /> |
|||
Bitki ve hayvan taksonomistleri Linnaeus'un çalışmalarını geçerli isimler için "başlangıç noktası" olarak kabul etmektedirler (sırasıyla 1753 ve 1758).<ref>{{Cite journal|url=http://www.iapt-taxon.org/historic/Congress/IBC_1959/Prop018-019.pdf|title=Typification and later starting-points|archive-date=18 May 2015|archive-url=https://web.archive.org/web/20150518091529/http://www.iapt-taxon.org/historic/Congress/IBC_1959/Prop018-019.pdf|date=December 1957|issue=9|pages=245–256|journal=Taxon|volume=6|first=M. A.|last=Donk|doi=10.2307/1217493|url-status=live|jstor=1217493}}</ref> Bu tarihlerden önce yayınlanan isimler "Linnaean öncesi" olarak adlandırılır ve geçerli kabul edilmez (''[[Svenska Spindlar]]''<nowiki/>'da yayınlanan örümcekler hariç<ref>{{Cite book|url=https://www.biodiversitylibrary.org/item/209583#page/7/mode/1up|title=Svenska spindlar|archive-date=1 December 2017|archive-url=https://web.archive.org/web/20171201181959/https://www.biodiversitylibrary.org/item/209583#page/7/mode/1up|date=1757|language=sv|publisher=Literis Laur. Salvii|trans-title=Swedish Spiders|first2=Bergquist|first3=Borg|first4=Gottman|first5=Salvius|last2=Carl|last3=Eric|last4=L.|last5=Lars|first1=Clerck|last1=Carl|url-status=live}}</ref>). Linnaeus'un kendisi tarafından bu tarihlerden önce yayınlanan taksonomik isimler bile Linnaean öncesi olarak kabul edilir.<ref name="Manktelow" /> |
|||
=== Taksonominin dijital çağı === |
|||
Modern taksonomi, [[DNA dizileme|DNA dizilimi]], [[biyoenformatik]], [[Biyolojik veritabanı|veritabanları]] ve [[görüntüleme]] gibi teknolojilerden büyük ölçüde etkilenmektedir. |
|||
== Modern sınıflandırma sistemi == |
|||
{{Ana|Evrimsel taksonomi|Filogenetik adlandırma sistemi}} |
|||
[[Dosya:Spindle_diagram.jpg|küçükresim| [[Omurgalılar|Omurgalıların]] sınıf düzeyinde evrimi, aile sayısını gösteren iğlerin genişliği. İğ diyagramları [[evrimsel taksonomi]] için tipiktir.]] |
|||
[[Dosya:Cladogram_vertebrata.jpg|küçükresim| Aynı ilişki, [[kladistik]] için tipik bir [[kladogram]] olarak ifade edilir]] |
|||
Linnaeus'un bitki ve hayvan sınıflandırmalarında iç içe geçmiş gruplardan oluşan bir model belirlenmiş ve bu modeller [[Charles Darwin]]'in ''[[Türlerin Kökeni]]'' kitabının yayınlanmasından çok önce, 18. yüzyılın sonlarına doğru hayvan ve bitki [[Âlem (biyoloji)|âlemlerinin]] [[Dendrogram|dendrogramları]] olarak temsil edilmeye başlanmıştır.<ref name="Britannica – Taxonomy" /> "Doğal Sistem" modeli, [[evrim]] gibi bir oluşum sürecini gerektirmiyordu, ancak erken dönem transmutasyonist düşünürlere ilham vererek bunu ima etmiş olabilir. [[Erasmus Darwin]]'in (Charles Darwin'in büyükbabası) 1796 tarihli ''[[Zoonomia]]''<nowiki/>'sı ve [[Jean-Baptiste Lamarck]]'ın 1809 tarihli ''[[Philosophie zoologique]]''<nowiki/>'i [[türlerin transmutasyonu]] fikrini araştıran ilk eserler arasındadır.<ref name="BiologyDiscussion" /> Bu fikir, 1844 yılında [[Robert Chambers (1802 doğumlu yayıncı)|Robert Chambers]] tarafından anonim olarak yayınlanan spekülatif ama çok okunan ''[[Vestiges of the Natural History of Creation]]'' (Yaratılışın Doğal Tarihinin İzleri) adlı eserle Anglofon dünyada popüler hale gelmiştir.<ref>{{Cite book|url=http://www.press.uchicago.edu/cgi-bin/hfs.cgi/00/14098.ctl|title=Victorian Sensation: The Extraordinary Publication, Reception, and Secret Authorship of Vestiges of the Natural History of Creation|archive-date=16 May 2008|archive-url=https://web.archive.org/web/20080516224806/http://www.press.uchicago.edu/cgi-bin/hfs.cgi/00/14098.ctl|date=2000|publisher=[[University of Chicago Press]]|first=James A.|last=Secord|isbn=9780226744100|author-link=James A. Secord|url-status=dead}}</ref> |
|||
[[Darwinizm|Darwin'in teorisiyle]] birlikte, bir sınıflandırmanın Darwinci [[Ortak ata|ortak türeyiş]] ilkesini yansıtması gerektiğine dair genel bir kabul hızla ortaya çıktı.<ref name="Britannica – since Linnaeus">{{Cite encyclopedia|url=https://www.britannica.com/science/taxonomy/Classification-since-Linnaeus|title=taxonomy – Classification since Linnaeus {{!}} biology|archive-date=5 April 2017|archive-url=https://web.archive.org/web/20170405075916/https://www.britannica.com/science/taxonomy/Classification-since-Linnaeus|encyclopedia=Encyclopedia Britannica|url-status=live}}</ref> Bilimsel çalışmalarda, bilinen [[fosil]] gruplarının da dahil edildiği [[Evrimsel hayat ağacı|yaşam ağacı]] gösterimleri popüler hale geldi. Fosil atalara bağlanan ilk modern gruplardan biri kuşlardı.<ref>{{cite magazine|url=https://www.smithsonianmag.com/science-nature/thomas-henry-huxley-and-the-dinobirds-88519294/|title=Thomas Henry Huxley and the Dinobirds|access-date=10 November 2023|date=7 December 2010|magazine=Smithsonian Magazine|location=Washington, DC|publisher=[[Smithsonian Institution]]|first=Riley|last=Black}}</ref> [[Thomas Henry Huxley]], o zamanlar yeni keşfedilen ''[[Archaeopteryx]]'' ve ''[[Hesperornis]]'' fosillerini kullanarak, bunların 1842'de [[Richard Owen]] tarafından resmi olarak adlandırılan bir grup olan dinozorlardan evrimleştiğini açıkladı.<ref>{{cite book|url=http://aleph0.clarku.edu/huxley/CE4/LecEvol.html|title=Collected Essays|archive-date=28 June 2011|archive-url=https://web.archive.org/web/20110628224543/http://aleph0.clarku.edu/huxley/CE4/LecEvol.html|chapter=Lectures on Evolution|date=1876|pages=46–138|volume=IV|first=Thomas Henry|last=Huxley|author-link=Thomas Henry Huxley}} Original text w/ figures. First published as ''New York Tribune'', Extra no. 36.</ref><ref>{{Cite encyclopedia|url=https://www.britannica.com/biography/Thomas-Henry-Huxley|title=Thomas Henry Huxley {{!}} British biologist|archive-date=6 February 2018|archive-url=https://web.archive.org/web/20180206114405/https://www.britannica.com/biography/Thomas-Henry-Huxley|encyclopedia=Encyclopedia Britannica|url-status=live}}</ref> Bunun sonucunda ortaya çıkan, dinozorların kuşları "doğurduğu" ya da kuşların "atası" olduğu şeklindeki tanımlama, [[Evrimsel taksonomi|evrimsel taksonomik]] düşüncenin temel damgasıdır. [[Paleontoloji|Paleontologlar]], 19. yüzyılın sonları ve 20. yüzyılın başlarında daha fazla fosil grubu bulunup tanındıkça, bilinen grupları birbirine bağlayarak çağlar boyunca hayvanların tarihini anlamaya çalıştılar.<ref>{{Cite book|title=The Meaning of Fossils: Episodes in the History of Palaeontology|date=1985|page=24|publisher=University of Chicago Press|first=M. J. S.|last=Rudwick|isbn=9780226731032}}</ref> 1940'ların başındaki [[Modern evrimsel sentez|modern evrimsel sentezle]] birlikte, başlıca grupların evrimine ilişkin esasen modern bir anlayış ortaya çıkmıştır. Evrimsel taksonomi Linnaean taksonomik sıralamalarına dayandığından, iki terim modern kullanımda büyük ölçüde birbirinin yerine kullanılabilir.<ref>{{Cite journal|title=There shall be order. The legacy of Linnaeus in the age of molecular biology|date=September 2007|issue=9|pages=814–816|journal=EMBO Reports|volume=8|first=Marta|last=Paterlini|pmc=1973966|pmid=17767191|doi=10.1038/sj.embor.7401061}}</ref> |
|||
[[Kladistik]] yöntem 1960'lardan bu yana ortaya çıkmıştır.<ref name="Britannica – since Linnaeus" /> 1958 yılında [[Julian Huxley]] ''[[klad]]'' terimini kullanmıştır.<ref name="BiologyDiscussion" /> Daha sonra, 1960 yılında Cain ve Harrison ''kladistik'' terimini ortaya atmıştır.<ref name="BiologyDiscussion" /> Belirgin özelliği, taksonları hiyerarşik bir [[Filogenetik ağacı|evrim ağacında]] düzenlemek ve adlandırılan tüm taksonların monofiletik olmasını sağlamaktır.<ref name="Britannica – since Linnaeus" /> Bir takson, atasal bir formun tüm torunlarını içeriyorsa monofiletik olarak adlandırılır.<ref name="Mike Taylor">{{Cite web|url=http://www.miketaylor.org.uk/dino/faq/s-class/phyletic/|title=What do terms like monophyletic, paraphyletic and polyphyletic mean?|archive-date=1 August 2010|archive-url=https://web.archive.org/web/20100801072310/http://www.miketaylor.org.uk/dino/faq/s-class/phyletic/|website=miketaylor.org.uk|first=Mike|last=Taylor|url-status=live}}</ref><ref name="NCSE">{{Cite web|url=https://ncse.com/book/export/html/2206|title=Polyphyletic vs. Monophyletic|archive-date=5 April 2017|archive-url=https://web.archive.org/web/20170405170039/https://ncse.com/book/export/html/2206|website=NCSE.com|url-status=live}}</ref> Kendilerinden çıkarılan torun gruplara sahip olan gruplar [[Parafili (filogenetik)|parafiletik]] olarak adlandırılırken,<ref name="Mike Taylor" /> yaşam ağacından birden fazla dalı temsil eden gruplar [[Polifili|polifiletik]] olarak adlandırılır.<ref name="Mike Taylor" /><ref name="NCSE" /> Monofiletik gruplar, [[Sinapomorfi ve apomorfi|sinapomorfiler]], ortak türetilmiş karakter durumları temelinde tanınır ve teşhis edilir.<ref>{{cite book|title=Biological Systematics: Principles and Applications|date=2021|page=13|location=Ithaca, New York|publisher=Cornell University Press|edition=3rd|first2=Randall T.|last2=Schuh|first1=Andrew V. Z.|last1=Brower}}</ref> |
|||
Kladistik sınıflandırmalar, geleneksel Linnean taksonomisi ve [[Uluslararası Zoolojik Adlandırma Kodu|Zoolojik]] ve [[Botanik adlandırma|Botanik Adlandırma]] Kodları ile bir dereceye kadar uyumludur.<ref>{{cite journal|title=The Linnaean system and its 250-year persistence|date=2003|issue=1|page=59|journal=The Botanical Review|volume=69|first=Randall T.|last=Schuh}}</ref> Kladların resmi olarak adlandırılmasını düzenleyen alternatif bir adlandırma sistemi olan ''Uluslararası Filogenetik Adlandırma Kodu'' veya ''[[PhyloCode]]'' önerilmiştir.<ref>{{Cite web|url=https://www.ohio.edu/phylocode/|title=The PhyloCode|archive-date=10 May 2016|archive-url=https://web.archive.org/web/20160510200022/https://www.ohio.edu/phylocode/|website=Ohio.edu|first2=Kevin|last2=de Cantino|first1=Philip D.|last1=Queiroz|url-status=dead}}</ref><ref name="Cantino & de Queiroz 2020" /><ref name="Laurin 2023 Advent" /> Linnaean kademeleri isteğe bağlıdır ve mevcut kademe tabanlı kodlarla birlikte var olması amaçlanan ''PhyloCode'' altında resmi bir duruşa sahip değildir.<ref name="Cantino & de Queiroz 2020" /> Filogenetik isimlendirmenin popülaritesi son birkaç on yılda istikrarlı bir şekilde artmış olsa da<ref name="Laurin 2023 Advent" /> sistematikçilerin çoğunluğunun sonunda PhyloCode'u benimseyip benimsemeyeceği veya 250 yılı aşkın süredir kullanılan (ve değiştirilen, ancak bazı sistematikçilerin istediği kadar değil) mevcut isimlendirme sistemlerini kullanmaya devam edip etmeyeceği görülecektir.<ref name="Dubois 2007">{{cite journal|url=https://doi.org/10.1016/j.ympev.2006.06.007|title=Naming taxa from cladograms: A cautionary tale|date=1 February 2007|issue=2|pages=317–330|journal=Molecular Phylogenetics and Evolution|volume=42|issn=1055-7903|doi=10.1016/j.ympev.2006.06.007|first1=Alain|last1=Dubois}}</ref><ref name="Dubois et al. 2019">{{cite journal|title=The Linz Zoocode project: A set of new proposals regarding the terminology, the Principles and Rules of zoological nomenclature. First report of activities (2014‒2019)|date=17 December 2019|issue=1|pages=1–111|journal=Bionomina|volume=17|doi=10.11646/BIONOMINA.17.1.1|first2=Aaron M.|first3=Luis M. P.|first4=François|first5=Thierry|first6=Ivan|first7=Olivier|first8=Annemarie|first9=Renata|first10=Erna|last2=Bauer|last3=Ceríaco|last4=Dusoulier|last5=Frétey|last6=Löbl|last7=Lorvelec|last8=Ohler|last9=Stopiglia|last10=Aescht|first1=Alain|last1=Dubois}}</ref> |
|||
=== Âlemler ve üst âlemler === |
|||
{{Ana|Âlem (biyoloji)|Üst âlem}} |
|||
[[Dosya:Biological classification L Pengo vflip-tr.svg|küçükresim|Modern sınıflandırmanın temel şeması. Başka birçok seviye kullanılabilir; yaşamdaki en yüksek seviye olan üst âlem hem yeni hem de tartışmalıdır.]] |
|||
Carl Linnaeus'un keşfinden çok önce bitkiler ve hayvanlar ayrı âlemler olarak kabul ediliyordu.<ref name="Kingdom classification">{{Cite news|url=http://www.biologydiscussion.com/biology/kingdom-classification-of-living-organism/5542|title=Kingdom Classification of Living Organism|archive-date=5 April 2017|archive-url=https://web.archive.org/web/20170405073641/http://www.biologydiscussion.com/biology/kingdom-classification-of-living-organism/5542|date=2 December 2014|work=Biology Discussion|url-status=live}}</ref>{{Kaynağı sorgula}} Linnaeus, fiziksel dünyayı bitkisel, hayvansal ve mineral âlemlere ayırarak bunu en üst sıra olarak kullandı. Mikroskopideki ilerlemeler mikroorganizmaların sınıflandırılmasını mümkün kıldıkça, âlemlerin sayısı arttı, beş ve altı âlem sistemleri en yaygın olanlarıydı. |
|||
[[Üst âlem|Üst âlemler]] nispeten yeni bir gruplamadır. İlk olarak 1977 yılında önerilen [[Carl Woese]]'nin [[üç üst âlem sistemi]] daha sonrasına kadar genel kabul görmemiştir.<ref>{{Cite web|url=http://www.igb.illinois.edu/about/archaea|title=Carl Woese {{!}} Carl R. Woese Institute for Genomic Biology|archive-date=28 April 2017|archive-url=https://web.archive.org/web/20170428163950/http://www.igb.illinois.edu/about/archaea|website=www.igb.Illinois.edu|url-status=dead}}</ref> Üç üst âlem yönteminin temel özelliklerinden biri, daha önce tek bir alem olan [[Bakteri|bakteriler]] (bazen [[monera]] olarak da adlandırılan bir alem) içinde gruplandırılan [[Arkea|arke]] ve bakterilerin,<ref name="Kingdom classification" /> hücreleri [[Hücre çekirdeği|çekirdek]] içeren tüm organizmalar için [[Ökaryot|ökaryotlar]] ile ayrılmasıdır.<ref>{{cite book|title=Assembling the Tree of Life|date=2004|pages=45, 78, 555|publisher=Oxford University Press|isbn=0195172345|editor2-first=Michael J.|editor2-last=Donaghue|editor1-link=Joel Cracraft|editor1-last=Cracraft|editor1-first=Joel}}</ref> Az sayıda bilim insanı altıncı bir alem olan arkeleri dahil etmekte ancak üst âlem yöntemini kabul etmemektedirler.<ref name="Kingdom classification" /> |
|||
[[Protistler|Protistlerin]] sınıflandırılması üzerine kapsamlı yayınlar yapan [[Thomas Cavalier-Smith]], 2002 yılında<ref name="pmid11931142">{{cite journal|url=http://ijs.sgmjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=11931142|title=The phagotrophic origin of eukaryotes and phylogenetic classification of Protozoa|date=March 2002|issue=Pt 2|pages=297–354|journal=International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology|volume=52|first=T.|last=Cavalier-Smith|pmid=11931142|doi=10.1099/00207713-52-2-297}}</ref> arkea ve ökaryotları bir araya getiren klad olan [[Neomura|neomuranın]] bakterilerden, daha doğrusu [[Aktinomisetota|aktinomisetotadan]] evrimleşmiş olabileceğini öne sürmüştür. 2004 yılında yaptığı sınıflandırmada [[Arkeobakteri|arkeobakterileri]] bakteriler âleminin bir alt âleminin parçası olarak ele almış, yani üç üst âlemli sistemi tamamen reddetmiştir.<ref>{{Akademik dergi kaynağı|url=https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1469-185X.1998.tb00030.x|başlık=A revised six‐kingdom system of life|tarih=Ocak 2007|sayı=3|dil=en|sayfalar=203–266|çalışma=Biological Reviews|cilt=73|ad=T.|soyadı=Cavalier‐Smith|issn=1464-7931|doi=10.1111/j.1469-185X.1998.tb00030.x}}</ref> Stefan Luketa 2012 yılında geleneksel üç üst âleme[[Prion|prionobiyota]] ([[Hücresel olmayan yaşam|aselüler]] ve [[Nükleik asit|nükleik asitsiz]]) ve [[Virüs|virüsobiyotayı]] (aselüler ancak nükleik asitli) ekleyerek beş "üst âlem" sistemini önermiştir.<ref name="Luketa2012">{{Cite journal|url=http://protistology.ifmo.ru/num7_4/luketa_protistology_7-4.pdf|title=New views on the megaclassification of life|archive-date=2 April 2015|archive-url=https://web.archive.org/web/20150402150257/http://protistology.ifmo.ru/num7_4/luketa_protistology_7-4.pdf|date=2012|issue=4|pages=218–237|journal=Protistology|volume=7|first=S.|last=Luketa|url-status=live}}</ref>{{center|{{Biyolojik âlem sınıflandırması}}}} |
|||
=== Son kapsamlı sınıflandırmalar === |
|||
Birçok organizma grubu için kısmi sınıflandırmalar mevcuttur ve yeni bilgiler elde edildikçe revize edilmekte ve değiştirilmektedir; ancak, yaşamın çoğunun veya tamamının kapsamlı, yayınlanmış incelemeleri daha nadirdir; son örnekler, protistlere vurgu yaparak yalnızca ökaryotları kapsayan Adl ve diğerleri, 2012 ve 2019;<ref name="Adl-et-al-2012">{{Cite journal|title=The revised classification of eukaryotes|date=December 2015|display-authors=etal|issue=5|pages=429–493|journal=Journal of Eukaryotic Microbiology|volume=59|pmc=3483872|pmid=23020233|doi=10.1111/j.1550-7408.2012.00644.x|first2=A. G. B.|first3=C. E.|first4=J.|first5=D.|first6=S. S.|last2=Simpson|last3=Lane|last4=Lukeš|last5=Bass|last6=Bowser|first1=S. M.|last1=Adl}}</ref><ref name="Adl-et-al-2019">{{Cite journal|url=|title=Revisions to the classification, nomenclature, and diversity of eukaryotes|date=2019|display-authors=etal|issue=1|pages=4–119|journal=Journal of Eukaryotic Microbiology|volume=66|pmc=6492006|pmid=30257078|doi=10.1111/jeu.12691|first2=D.|first3=C. E.|first4=J.|first5=C. L.|first6=A.|last2=Bass|last3=Lane|last4=Lukeš|last5=Schoch|last6=Smirnov|first1=S. M.|last1=Adl}}</ref> hem ökaryotları hem de [[Prokaryot|prokaryotları]] Sıralama derecesine kadar kapsayan Ruggiero ve diğerleri, 2015'tir.<ref name="Ruggiero-et-al-2015">{{Cite journal|url=|title=A higher level classification of all living organisms|date=2015|display-authors=etal|issue=4|pages=e0119248|journal=PLoS One|volume=10|pmc=4418965|pmid=25923521|doi=10.1371/journal.pone.0119248|first2=D. P.|first3=T. M.|first4=N.|first5=T.|first6=R. C.|last2=Gordon|last3=Orrell|last4=Bailly|last5=Bourgoin|last6=Brusca|first1=Michael A.|last1=Ruggiero|bibcode=2015PLoSO..1019248R}}</ref> Ancak her ikisi de fosil temsilcilerini hariç tutmaktadır.<ref name="Ruggiero-et-al-2015" /> Ayrı bir derleme (Ruggiero, 2014)<ref>{{Akademik dergi kaynağı|url=https://www.gbif.org/dataset/8067e0a2-a26d-4831-8a1e-21b9118a299c|başlık=Families of Living Organisms (FALO)|ad=Markus|soyadı=Döring|doi=10.15468/tfp6yv}}</ref> ise günümüze ulaşan taksonları [[familya]] derecesine kadar kapsamaktadır. Veri tabanı odaklı diğer uygulamalar arasında [[Encyclopedia of Life]], [[Küresel Biyoçeşitlilik Danışma Tesisi]], [[National Center for Biotechnology Information|NCBI taksonomi veritabanı]], [[Interim Register of Marine and Nonmarine Genera]], [[Open Tree of Life]] ve [[Catalogue of Life|Yaşam Kataloğu]] yer almaktadır. [[Paleobiology Database]] fosiller için bir kaynaktır. |
|||
== Başvuru == |
|||
Biyolojik taksonomi, [[Biyoloji|biyolojinin]] bir alt disiplinidir ve genellikle "taksonomist" olarak bilinen biyologlar tarafından uygulanmaktadır, ancak hevesli doğa bilimciler de sıklıkla yeni taksonların yayınlanmasında yer almaktadırlar.<ref>{{Cite web|url=https://www.smithsonianmag.com/science-nature/the-big-ugly-problem-heart-of-taxonomy-180964629/|title=A Few Bad Scientists Are Threatening to Topple Taxonomy|access-date=24 February 2019|website=Smithsonian}}</ref> Taksonomi, [[Yaşam|yaşamı]] tanımlamayı ve düzenlemeyi amaçladığından, taksonomistler tarafından yürütülen çalışmalar [[Biyoçeşitlilik|biyolojik çeşitliliğin]] incelenmesi ve bunun sonucunda ortaya çıkan [[koruma biyolojisi]] alanı için çok önemlidir.<ref>{{Cite web|url=http://www.nhm.ac.uk/nature-online/science-of-natural-history/taxonomy-systematics/what-is-taxonomy/index.html|title=What is taxonomy?|access-date=23 December 2017|archive-date=1 October 2013|archive-url=https://web.archive.org/web/20131001152618/http://www.nhm.ac.uk/nature-online/science-of-natural-history/taxonomy-systematics/what-is-taxonomy/index.html|location=London|publisher=Natural History Museum|url-status=dead}}</ref><ref>{{Cite journal|url=https://pdfs.semanticscholar.org/7b06/e3d09692ef9f2b464fbfb7807ff32a35ce47.pdf|title=The role of taxonomy in conserving biodiversity|archive-date=24 December 2017|archive-url=https://web.archive.org/web/20171224155349/https://pdfs.semanticscholar.org/7b06/e3d09692ef9f2b464fbfb7807ff32a35ce47.pdf|date=2002|issue=3|pages=145–153|journal=Journal for Nature Conservation|via=Semantic Scholar|volume=10|first=Jeffrey A.|last=McNeely|doi=10.1078/1617-1381-00015|url-status=dead|bibcode=2002JNatC..10..145M|s2cid=16953722}}</ref> |
|||
=== Organizmaları sınıflandırma === |
|||
{{Ana|Taksonomik seviye}} |
|||
Biyolojik sınıflandırma, taksonomik sürecin kritik bir bileşenidir. Sonuç olarak, kullanıcıya [[Takson|taksonun]] akrabalarının ne olduğunun varsayıldığı konusunda bilgi verir. Biyolojik sınıflandırma, diğerlerinin yanı sıra (en kapsayıcıdan en az kapsayıcıya doğru) taksonomik sıralamaları kullanır: [[üst âlem]], [[Âlem (biyoloji)|âlem]], [[şube]], [[Sınıf (biyoloji)|sınıf]], [[Takım (biyoloji)|takım]], [[familya]], [[cins]], [[tür]] ve [[suş]].<ref>{{Cite news|url=https://www.mnemonic-device.com/biology/taxonomy/domain-kingdom-phylum-class-order-family-genus-species/|title=Mnemonic taxonomy / biology: Kingdom Phylum Class Order...|archive-date=6 June 2017|archive-url=https://web.archive.org/web/20170606171902/https://www.mnemonic-device.com/biology/taxonomy/domain-kingdom-phylum-class-order-family-genus-species/|url-status=live}}</ref> |
|||
=== Taksonomik açıklamalar === |
|||
{{See also|Tür tanımı}} |
|||
[[Dosya:Nepenthes_smilesii_type_specimen.jpg|küçükresim| Tropikal bir ibrik bitkisi olan ''[[Nepenthes smilesii]]'' için [[Tip (biyoloji)|tip]] örneği]] |
|||
Taksonların tanımlanmasını düzenleyen belirli kurallar yoktur, ancak yeni taksonların adlandırılması ve yayınlanması bir dizi kurala tabidir.<ref name="Herbarium" /> [[Zooloji|Zoolojide]], daha yaygın olarak kullanılan sınıflar (üst [[Familya|familyadan]] [[Alt tür|alt türe]] kadar) için [[adlandırma]], ''[[Uluslararası Zoolojik Adlandırma Kodu]]'' (ICZN Kodu) tarafından düzenlenir.<ref>{{Cite web|url=http://www.animalbase.uni-goettingen.de/zooweb/servlet/AnimalBase/loadcachedpage?url=animalbase-code.html|title=ICZN Code|access-date=8 April 2017|archive-date=3 October 2022|archive-url=https://web.archive.org/web/20221003055350/http://www.animalbase.uni-goettingen.de/zooweb/servlet/AnimalBase/loadcachedpage?url=animalbase-code.html|website=animalbase.uni-goettingen.de|url-status=dead}}</ref> [[Fizyoloji]], [[mikoloji]] ve [[botanik]] alanlarında, taksonların adlandırılması [[Algler, mantarlar ve bitkiler için Uluslararası İsimlendirme Kodu|''algler, mantarlar ve bitkiler için Uluslararası İsimlendirme Kodu'']] (ICN) tarafından yönetilir.<ref>{{Cite web|url=http://www.iapt-taxon.org/nomen/main.php|title=International Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants|archive-date=11 January 2013|archive-url=https://web.archive.org/web/20130111104255/http://www.iapt-taxon.org/nomen/main.php|work=IAPT-Taxon.org|publisher=[[International Association for Plant Taxonomy]]|url-status=live}}</ref> |
|||
Bir taksonun ilk tanımı beş ana gereklilik içerir:<ref>{{Cite web|url=http://iczn.org/content/how-can-i-describe-new-species|title=How can I describe new species?|access-date=21 May 2020|archive-date=6 March 2012|archive-url=https://web.archive.org/web/20120306133052/http://iczn.org/content/how-can-i-describe-new-species|work=ICZN.org|publisher=[[International Commission on Zoological Nomenclature]]|url-status=dead}}</ref> |
|||
# Taksona Latin alfabesinin 26 harfini temel alan bir isim verilmelidir (yeni türler için [[İkili adlandırma|binomiyal]] veya diğer türler için uninomiyal). |
|||
# İsim benzersiz olmalıdır (yani [[Homonim (biyoloji)|homonim]] olmamalıdır). |
|||
# Tanım, isim taşıyan en az bir [[Tip tür|tip örneğine]] dayanmalıdır. |
|||
# Taksonu tanımlamak veya diğer taksonlardan ayırmak için uygun nitelikler hakkında ifadeler içermelidir (teşhis, ICZN Kodu, Madde 13.1.1, ICN, Madde 38, morfolojiye dayalı olabilir veya olmayabilir<ref>{{Cite journal|url=https://sajs.co.za/article/view/14495|title=Morphology is not always useful for diagnosis, and that's ok: Species hypotheses should not be bound to a class of data. Reply to Brown and Gibbons (S Afr J Sci. 2022;118(9/10), Art. #12590)|date=19 September 2022|issue=9/10|journal=South African Journal of Science|volume=118|issn=1996-7489|doi=10.17159/sajs.2022/14495|first2=Edgar|first3=Maximiliano M.|first4=Luciano M.|first5=Sérgio N.|first6=Russell R.|first7=Allen G.|first8=André C.|last2=Gamero-Mora|last3=Maronna|last4=Chiaverano|last5=Stampar|last6=Hopcroft|last7=Collins|last8=Morandini|first1=Jonathan W.|last1=Lawley|s2cid=252562185}}</ref>). Her iki kod da bir taksonun içeriğinin tanımlanmasını ([[Sınırlama (taksonomi)|sınırlanmasının]]) isminin tanımlanmasından bilinçli olarak ayırmaktadır. |
|||
# Bu ilk dört gereklilik, kalıcı bir bilimsel kayıt olarak, çok sayıda özdeş kopya halinde elde edilebilecek bir eserde yayınlanmalıdır. |
|||
Bununla birlikte, genellikle taksonun coğrafi aralığı, ekolojik notlar, kimya, davranış vb. gibi çok daha fazla bilgi dahil edilir. Araştırmacıların taksonlarına nasıl ulaştıkları değişir: mevcut verilere ve kaynaklara bağlı olarak, yöntemler çarpıcı özelliklerin basit [[Kantitatif araştırma yöntemi|nicel]] veya [[Nitel özellik|nitel]] karşılaştırmalarından, büyük miktarlarda [[DNA dizileme|DNA dizisi]] verilerinin ayrıntılı bilgisayar analizlerine kadar değişir.<ref>{{Cite encyclopedia|url=https://www.britannica.com/science/taxonomy/Evaluating-taxonomic-characters|title=Taxonomy – Evaluating taxonomic characters|archive-date=22 April 2019|archive-url=https://web.archive.org/web/20190422143927/https://www.britannica.com/science/taxonomy/Evaluating-taxonomic-characters|encyclopedia=[[Encyclopædia Britannica]]|url-status=live}}</ref> |
|||
=== Yazar alıntısı === |
|||
{{Ana|Yazar alıntısı (botanik)|Yazar alıntısı (zooloji)}} |
|||
Bilimsel bir isimden sonra bir "otorite" yerleştirilebilir.<ref name="AJE">{{Cite web|url=http://www.aje.com/en/arc/editing-tip-scientific-names-species/|title=Editing Tip: Scientific Names of Species|archive-date=9 April 2017|archive-url=https://web.archive.org/web/20170409021714/http://www.aje.com/en/arc/editing-tip-scientific-names-species/|website=AJE.com|publisher=American Journal Experts, Research Square Company|url-status=live}}</ref> Otorite, adı ilk kez geçerli bir şekilde yayınlayan bilim insanının veya bilim insanlarının adıdır.<ref name="AJE" /> Örneğin, Linnaeus 1758 yılında [[Asya fili|Asya filine]] ''Elephas maximus'' bilimsel ismini vermiştir, bu nedenle isim bazen "''Elephas maximus'' Linnaeus, 1758" şeklinde yazılır.<ref>{{Cite web|url=http://study.com/academy/lesson/carolus-linnaeus-classification-taxonomy-contributions-to-biology.html|title=Carolus Linnaeus: Classification, Taxonomy & Contributions to Biology – Video & Lesson Transcript|archive-date=9 April 2017|archive-url=https://web.archive.org/web/20170409021600/http://study.com/academy/lesson/carolus-linnaeus-classification-taxonomy-contributions-to-biology.html|website=Study.com|url-status=live}}</ref> Yazarların isimleri genellikle kısaltılır: ''Linnaeus'' için ''L.'' kısaltması yaygın olarak kullanılır. Botanikte, aslında, standart kısaltmaların düzenlenmiş bir listesi vardır (bkz. [[Takson yazarı botanikçiler listesi|yazar kısaltmasına göre botanikçiler listesi]]).<ref>{{Cite web|url=http://www.biocyclopedia.com/index/biological_classification.php|title=Biological Classification|archive-date=14 May 2017|archive-url=https://web.archive.org/web/20170514164313/http://www.biocyclopedia.com/index/biological_classification.php|website=biocyclopedia.com|last=Biocyclopedia.com|url-status=live}}</ref> Otorite atama sistemi [[Yazar alıntısı (botanik)|botanik]] ve [[Yazar alıntısı (zooloji)|zooloji]] arasında biraz farklılık gösterir.<ref name="Herbarium" /> Bununla birlikte, bir türün cinsi orijinal tanımlamadan bu yana değiştirilmişse orijinal otoritenin adının parantez içinde yer alması standarttır.<ref>{{Cite web|url=http://www.annelida.net/zootax-tutor.html|title=Zoological nomenclature: a basic guide for non-taxonomist authors|archive-date=16 March 2017|archive-url=https://web.archive.org/web/20170316112709/http://www.annelida.net/zootax-tutor.html|website=Annelida.net|url-status=live}}</ref> |
|||
== Fenetik == |
|||
{{Ana|Fenetik}} |
|||
[[Dosya:Phylogenetics.svg|küçükresim|300x300pik| [[Filogenetik]] ve [[fenetik]] (karakter tabanlı) kavramların karşılaştırılması]] |
|||
Taksimetri veya sayısal taksonomi olarak da bilinen [[Fenetik|fenetikte]] organizmalar, filogenileri veya evrimsel ilişkileri ne olursa olsun genel benzerliklerine göre sınıflandırılır.<ref name="BiologyDiscussion" /> Bu da taksonlar arasında hipergeometrik bir "mesafe" ölçüsü ile sonuçlanır. Fenetik yöntemler, paylaşılan atasal (veya [[Plesiomorfi ve simplesiomorfi|plesiomorfik]]) özellikleri paylaşılan türetilmiş (veya [[Sinapomorfi ve apomorfi|apomorfik]]) özelliklerden ayırt etmediğinden, modern zamanlarda nispeten nadir hale gelmiş ve büyük ölçüde [[kladistik]] analizlerle yer değiştirmiştir.<ref>{{Cite web|url=https://projects.ncsu.edu/project/evoresources/Evolutionary%20medicine/classification/classification16.htm|title=Classification|access-date=27 April 2017|archive-date=14 April 2017|archive-url=https://web.archive.org/web/20170414163250/https://projects.ncsu.edu/project/evoresources/Evolutionary%20medicine/classification/classification16.htm|publisher=[[North Carolina State University]]|url-status=live}}</ref> Bununla birlikte, [[komşu birleştirme]] gibi bazı fenetik yöntemler, daha gelişmiş yöntemlerin ([[Bayes çıkarımı]] gibi) hesaplama açısından çok pahalı olduğu durumlarda ilişkilerin hızlı tahmincileri olarak varlığını sürdürmüştür.<ref>{{Cite web|url=http://www.uwyo.edu/dbmcd/molmark/mcdgloss.html|title=Molecular Marker Glossary|archive-date=10 June 2007|archive-url=https://web.archive.org/web/20070610123503/http://www.uwyo.edu/dbmcd/molmark/McDGloss.html|date=Fall 2008|publisher=[[University of Wyoming]]|first=David|last=McDonald|url-status=live}}</ref> |
|||
== Veritabanları == |
|||
{{Ana|Taksonomik veritabanı}} |
|||
Modern taksonomi, sınıflandırmaları ve bunların belgelerini aramak ve kataloglamak için [[veritabanı]] teknolojilerini kullanır.<ref>{{Cite journal|url=|title=Harnessing modern web application technology to create intuitive and efficient data visualization and sharing tools|date=26 August 2014|pages=71|journal=Frontiers in Neuroinformatics|volume=8|issn=1662-5196|pmc=4144441|pmid=25206330|doi=10.3389/fninf.2014.00071|first2=Margaret|first3=Drew|first4=William|first5=Runtang|first6=Ross|first7=Jessica A.|first8=Vince D.|last2=King|last3=Landis|last4=Courtney|last5=Wang|last6=Kelly|last7=Turner|last8=Calhoun|first1=Dylan|last1=Wood}}</ref> Yaygın olarak kullanılan bir veri tabanı bulunmamakla birlikte, belgelenmiş her türü listelemeye çalışan ''[[Catalogue of Life]]'' gibi kapsamlı veri tabanları bulunmaktadır.<ref>{{Cite web|url=http://www.theplantlist.org/about/|title=About – The Plant List|website=theplantlist.org}}</ref> Katalog, Nisan 2016 itibarıyla tüm âlemler için 1,64 milyon tür listelemiştir ve modern bilim tarafından bilinen tahmini türlerin dörtte üçünden fazlasını kapsadığını iddia etmektedir.<ref name="About the Catalogue of Life">{{Cite web|url=http://www.catalogueoflife.org/annual-checklist/2016/info/about|title=About the Catalogue of Life: 2016 Annual Checklist|access-date=22 May 2016|archive-date=15 May 2016|archive-url=https://web.archive.org/web/20160515032942/http://www.catalogueoflife.org/annual-checklist/2016/info/about|website=Catalogue of Life|publisher=[[Integrated Taxonomic Information System]] (ITIS)|url-status=live}}</ref> |
|||
== Ayrıca bakınız == |
|||
* [[Kümeleme analizi]] |
|||
* ''[[Incertae sedis]]'' |
|||
* [[Kümeler teorisi]] |
|||
* [[Taksonomi]] (genel) |
|||
* [[Virüs sınıflandırması]] |
|||
== Kaynakça == |
== Kaynakça == |
||
{{Kaynakça|colwidth=30em}} |
|||
{{kaynakça}} |
|||
== Dış bağlantılar == |
== Dış bağlantılar == |
||
* [http://www.iapt-taxon.org/nomen/main.php ICN metni] {{Webarşiv|url=https://web.archive.org/web/20190818124227/https://www.iapt-taxon.org/nomen/main.php |tarih=18 Ağustos 2019 }} |
|||
* [https://web.archive.org/web/20150801154338/http://iczn.org/ ICZN web sitesi] |
|||
* [http://www.nhm.ac.uk/hosted-sites/iczn/code/ ICZN metni] {{Webarşiv|url=https://web.archive.org/web/20161112040021/http://www.nhm.ac.uk/hosted-sites/iczn/code/ |tarih=12 Kasım 2016 }} |
|||
* [http://zoobank.org/ ZooBank: Tüm Dünya Hayvan Adları Kaydı] {{Webarşiv|url=https://web.archive.org/web/20150320040938/http://zoobank.org/ |tarih=20 Mart 2015 }} |
|||
{{biyoloji-altdal}} |
|||
{{Taksonlar}} |
|||
{{Filogenetik}} |
|||
{{Biyoloji}} |
|||
* [http://www.nhm.ac.uk/nature-online/science-of-natural-history/taxonomy-systematics/what-is-taxonomy/index.html Taksonomi nedir?], ''[[Londra Doğa Tarihi Müzesi]]'' {{En}} |
|||
[[Kategori:Taksonomi (biyoloji)| ]] |
|||
* NCBI ''Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezinde'' [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/ Taksonomi] {{En}} |
|||
* ''Evrensel Protein Kaynağı'' UniProt'ta [https://www.uniprot.org/taxonomy/ Taksonomi] {{En}} |
|||
* [https://www.itis.gov/ ITIS] ''Entegre Taksonomik Bilgi Sistemi {{En}}'' |
|||
* [http://www.cetaf.org/ CETaF] ''Avrupa Taksonomik Tesisler Konsorsiyumu {{En}}'' |
|||
* [http://species.wikimedia.org/ Vikitür] ''ücretsiz türler dizini {{En}}'' |
|||
{{Biyoloji-altdal}}{{Konu çubuğu|sözlük=taxonomy|commons=y}} |
|||
[[Kategori:Biyolojik sınıflandırma]] |
[[Kategori:Biyolojik sınıflandırma]] |
||
[[Kategori:Biyolojik adlandırma]] |
|||
[[Kategori:Taksonomi (biyoloji)]] |
|||
[[Kategori:Small parametresi içeren div sütunu şablonu kullanılan sayfalar]] |
|||
Sayfanın 10.01, 13 Kasım 2023 tarihindeki hâli
| Biyoloji alt dalı |
| Evrimsel biyoloji |
|---|
 |
|
Evrimsel biyoloji portalı Kategori • İlgili başlıklar • Kitap |
Biyolojide taksonomi' (Eski Yunanca τάξις (taksis) 'düzenleme' ve -νομία (-nomia) yöntem'), ortak özelliklere dayalı olarak biyolojik organizma gruplarını adlandırma, tanımlama (sınırlandırma) ve sınıflandırma bilimsel çalışmasıdır. Organizmalar taksonlar halinde gruplandırılır ve bu gruplara taksonomik bir seviye verilir; belirli bir seviyedeki gruplar daha yüksek rütbeli daha kapsayıcı bir grup oluşturmak için toplanabilir, böylece taksonomik bir hiyerarşi oluşturulur. Modern kullanımdaki başlıca sıralamalar üst âlem, âlem, şube, sınıf, takım, familya, cins ve türdür. İsveçli botanikçi Carl Linnaeus, organizmaları kategorize etmek için Linnaean taksonomisi olarak bilinen sıralı bir sistem ve organizmaları adlandırmak için ikili adlandırma geliştirdiği için mevcut taksonomi sisteminin kurucusu olarak kabul edilir.
Biyolojik sistematiğin teori, veri ve analitik teknolojisindeki ilerlemelerle Linnaean sistemi, hem yaşayan hem de soyu tükenmiş organizmalar arasındaki evrimsel ilişkileri yansıtmayı amaçlayan modern bir biyolojik sınıflandırma sistemine dönüşmüştür.
Tanım
Taksonominin tam tanımı kaynaktan kaynağa değişir, ancak disiplinin özü kalır: organizma gruplarının kavranması, adlandırılması ve sınıflandırılması.[1] Referans noktası olarak, taksonominin güncel tanımları aşağıda sunulmuştur:
- Bireyleri türler halinde gruplama, türleri daha büyük gruplar halinde düzenleme ve bu gruplara isim verme, böylece bir sınıflandırma üretme teorisi ve uygulaması.[2]
- Tanımlama, adlandırma ve sınıflandırmayı kapsayan bir bilim alanı (ve sistematiğin önemli bir bileşeni)[3]
- Sınıflandırma bilimi, biyolojide organizmaların bir sınıflandırma içinde düzenlenmesi[4]
- "Canlı organizmalara uygulanan sınıflandırma bilimi, türlerin oluşum yollarının incelenmesi vb. dahil"[5]
- "Sınıflandırma amacıyla bir organizmanın özelliklerinin analizi"[6]
- "Sistematik, daha kapsayıcı bir alan olan taksonominin sınıflandırma ve isimlerine dönüştürülebilecek bir model sağlamak için filogeniyi inceler" (arzu edilen ancak alışılmadık bir tanım olarak listelenmiştir)[7]
Çeşitli tanımlar ya taksonomiyi sistematiğin bir alt alanı olarak konumlandırmakta (tanım 2), ya bu ilişkiyi tersine çevirmekte (tanım 6) ya da iki terimi eşanlamlı olarak değerlendirmektedir. Biyolojik isimlendirmenin taksonominin bir parçası mı (tanım 1 ve 2) yoksa taksonomi dışındaki sistematiğin bir parçası mı olduğu konusunda bazı anlaşmazlıklar vardır.[8][9] Örneğin, tanım 6, isimlendirmeyi taksonominin dışına yerleştiren aşağıdaki sistematik tanımı ile eşleştirilmiştir:[6]
- Sistematik: "Canlıların doğal ilişkilerine göre sınıflandırılması, varyasyon ve taksonların evriminin incelenmesi de dahil olmak üzere organizmaların tanımlanması, taksonomisi ve isimlendirilmesi çalışması".
1970 yılında Michener ve arkadaşları "sistematik biyoloji" ve "taksonomi"yi (sıklıkla karıştırılan ve birbirinin yerine kullanılan terimler) birbirleriyle ilişkili olarak aşağıdaki şekilde tanımlamıştır:[10]
Sistematik biyoloji (bundan sonra sadece sistematik olarak anılacaktır) (a) organizmalara bilimsel isimler veren, (b) onları tanımlayan, (c) koleksiyonlarını koruyan, (d) organizmalar için sınıflandırmalar, tanımlanmaları için anahtarlar ve dağılımları hakkında veriler sağlayan, (e) evrimsel geçmişlerini araştıran ve (f) çevresel adaptasyonlarını dikkate alan bir alandır. Bu, uzun bir geçmişi olan ve son yıllarda özellikle teorik içerik açısından kayda değer bir rönesans yaşayan bir alandır. Teorik materyalin bir kısmı evrimsel alanlarla ilgilidir (yukarıdaki e ve f konuları), geri kalanı ise özellikle sınıflandırma sorunuyla ilgilidir. Taksonomi, Sistematiğin yukarıdaki (a)'dan (d)'ye kadar olan konularla ilgili bölümüdür.
Taksonomi, sistematik biyoloji, sistematik, bilimsel sınıflandırma, biyolojik sınıflandırma ve filogenetik gibi bir dizi terim zaman zaman örtüşen anlamlara sahip olmuştur - bazen aynı, bazen biraz farklı, ancak her zaman ilişkili ve kesişen.[1][11] Burada "taksonomi"nin en geniş anlamı kullanılmaktadır. Terimin kendisi 1813 yılında de Candolle tarafından Théorie Elémentaire de la Botanique adlı eserinde tanıtılmıştır.[12] John Lindley 1830 yılında sistematiğin erken bir tanımını yapmıştır, ancak "sistematik" terimini kullanmak yerine "sistematik botanik" terimini kullanmıştır.[13] Avrupalılar biyoçeşitliliğin bir bütün olarak incelenmesi için "sistematik" ve "biyosistematik" terimlerini kullanma eğilimindeyken, Kuzey Amerikalılar "taksonomi" terimini daha sık kullanma eğilimindedir.[14] Bununla birlikte, taksonomi ve özellikle alfa taksonomi, daha spesifik olarak organizmaların tanımlanması, tanımlanması ve adlandırılması (yani isimlendirme) iken,[15] "sınıflandırma" organizmaları diğer organizmalarla ilişkilerini gösteren hiyerarşik gruplar içine yerleştirmeye odaklanır.
Monograf ve taksonomik revizyon
Taksonomik revizyon veya taksonomik inceleme, belirli bir taksonun varyasyon modellerinin yeni bir analizidir. Bu analiz, morfolojik, anatomik, palinolojik, biyokimyasal ve genetik gibi mevcut çeşitli karakter türlerinin herhangi bir kombinasyonu temelinde gerçekleştirilebilir. Bir monograf veya tam revizyon, belirli bir zamanda verilen bilgiler için bir takson için ve tüm dünya için kapsamlı bir revizyondur. Diğer (kısmi) revizyonlar, mevcut karakter setlerinden yalnızca bazılarını kullanmaları veya sınırlı bir uzamsal kapsama sahip olmaları anlamında kısıtlı olabilir. Bir revizyon, incelenmekte olan takson içindeki alttakslar arasındaki ilişkilerde bir uyum veya yeni anlayışlarla sonuçlanır; bu da bu alttaksların sınıflandırılmasında bir değişikliğe, yeni alttaksların tanımlanmasına veya önceki alttaksların birleştirilmesine yol açabilir.[16]
Taksonomik karakterler
Taksonomik karakterler, taksonlar arasındaki ilişkilerin (filogeni) çıkarıldığı kanıtları sağlamak için kullanılabilen taksonomik özelliklerdir.[17][18] Taksonomik karakter türleri şunları içerir:[19]
- Morfolojik karakterler
- Fizyolojik karakterler
- Metabolik faktörler
- Vücut salgıları
- Genik kısırlık faktörleri
- Moleküler karakterler
- İmmünolojik mesafe
- Elektroforetik farklılıklar
- Proteinlerin amino asit dizilimleri
- DNA hibridizasyonu
- DNA ve RNA dizileri
- Restriksiyon endonükleaz analizleri
- Diğer moleküler farklılıklar
- Davranışsal karakterler
- Kur yapma ve diğer etolojik izolasyon mekanizmaları
- Diğer davranış kalıpları
- Ekolojik karakterler
- Habitat ve yaşam alanları
- Yemek
- Mevsimsel değişimler
- Parazitler ve konakçılar
- Coğrafi karakterler
- Genel biyocoğrafik dağılım modelleri
- Simpatrik-allopatrik popülasyon ilişkisi
Alfa ve beta taksonomi
"Alfa taksonomi" terimi öncelikle taksonları, özellikle de türleri bulma, tanımlama ve adlandırma disiplinine atıfta bulunmak için kullanılır.[20] Daha önceki literatürde bu terim, morfolojik taksonomiye ve 19. yüzyılın sonuna kadar yapılan araştırmaların ürünlerine atıfta bulunan farklı bir anlama sahipti.[21] William Bertram Turrill, "alfa taksonomi" terimini 1935 ve 1937 yıllarında yayınlanan ve taksonomi disiplininin felsefesini ve gelecekteki olası yönelimlerini tartıştığı bir dizi makalede tanıttı.[22]
... taksonomistler arasında, sorunlarını daha geniş bir bakış açısıyla ele alma, sitolojik, ekolojik ve genetik meslektaşlarıyla daha yakın işbirliği olanaklarını araştırma ve amaç ve yöntemlerinde belki de köklü bir revizyon ya da genişlemenin arzu edilebilir olduğunu kabul etme isteği giderek artmaktadır ... Turrill (1935), yapıya dayanan ve uygun bir şekilde "alfa" olarak adlandırılan eski paha biçilmez taksonomiyi kabul ederken, mümkün olduğunca geniş bir morfolojik ve fizyolojik gerçekler temeli üzerine inşa edilen ve "dolaylı da olsa türlerin ve diğer taksonomik grupların yapısı, alt bölümleri, kökeni ve davranışlarıyla ilgili tüm gözlemsel ve deneysel veriler için bir yer bulunan" daha uzak bir taksonomiye göz atmanın mümkün olduğunu öne sürmüştür. İdeallerin hiçbir zaman tamamen gerçekleştirilemeyeceği söylenebilir. Bununla birlikte, kalıcı uyarıcılar olarak hareket etme gibi büyük bir değere sahiptirler ve eğer belirsiz de olsa bir "omega" taksonomi idealimiz varsa, Yunan alfabesinde biraz ilerleyebiliriz. Bazılarımız şu anda bir "beta" taksonomisinde el yordamıyla ilerlediğimizi düşünerek kendimizi memnun ediyoruz.[22]
Turrill böylece ekoloji, fizyoloji, genetik ve sitoloji gibi bir bütün olarak taksonomiye dahil ettiği çeşitli çalışma alanlarını açıkça alfa taksonominin dışında bırakmaktadır. Ayrıca filogenetik yeniden yapılandırmayı da alfa taksonominin dışında tutmaktadır.[23] Daha sonraki yazarlar bu terimi farklı bir anlamda, türlerin (alt türlerin ya da diğer derecelerdeki taksonların değil), eldeki her türlü araştırma tekniği kullanılarak ve sofistike hesaplama ya da laboratuvar teknikleri de dahil olmak üzere sınırlandırılması anlamında kullanmışlardır.[24][20] Böylece, Ernst Mayr 1968'de "beta taksonomi"yi türden daha yüksek derecelerin sınıflandırılması olarak tanımlamıştır.[25]
Varyasyonun biyolojik anlamının ve akraba tür gruplarının evrimsel kökeninin anlaşılması, taksonomik faaliyetin ikinci aşaması olan türlerin akraba gruplarına ("taksonlar") ayrılması ve bunların daha yüksek kategorilerden oluşan bir hiyerarşi içinde düzenlenmesi için daha da önemlidir. Bu faaliyet, sınıflandırma teriminin ifade ettiği şeydir; "beta taksonomi" olarak da adlandırılır.
Mikrotaksonomi ve makrotaksonomi
Belirli bir organizma grubunda türlerin nasıl tanımlanması gerektiği, tür sorunu olarak adlandırılan pratik ve teorik sorunlara yol açmaktadır. Türlerin nasıl tanımlanacağına karar veren bilimsel çalışma mikrotaksonomi olarak adlandırılmıştır.[26][27][20] Buna bağlı olarak makrotaksonomi, alt cins ve üstü daha yüksek taksonomik seviyelerdeki grupların veya basitçe,[20] filogenetik isimlendirme açısından ifade edilen, tür olarak kabul edilen birden fazla takson içeren kladların incelenmesidir.[28]
Tarihçe
Taksonomik tarihin bazı açıklamaları taksonomiyi eski uygarlıklara kadar götürmeye çalışsa da eserleri bir taksonomiye işaret eden Aristoteles'in olası istisnası dışında, organizmaları sınıflandırmaya yönelik gerçek anlamda bilimsel bir girişim 18. yüzyıla kadar gerçekleşmemiştir.[29][30] Daha önceki çalışmalar öncelikle tanımlayıcı nitelikteydi ve tarımda ya da tıpta yararlı olan bitkilere odaklanıyordu.
Bu bilimsel düşüncede bir dizi aşama vardır. İlk taksonomi, Linnaeus'un bitkiler için cinsel sınıflandırma sistemi de dahil olmak üzere "yapay sistemler" olarak adlandırılan keyfi kriterlere dayanıyordu (Linnaeus'un 1735 tarihli hayvan sınıflandırması "Systema Naturae" ("Doğa Sistemi") başlığını taşıyordu, bu da onun en azından "yapay bir sistemden" daha fazlası olduğuna inandığını ima ediyordu).
Daha sonra, de Jussieu (1789), de Candolle (1813) ve Bentham ve Hooker (1862-1863) gibi "doğal sistemler" olarak adlandırılan, taksonların özelliklerinin daha eksiksiz bir şekilde değerlendirilmesine dayanan sistemler geldi. Bu sınıflandırmalar ampirik kalıpları tanımlamaktaydı ve evrim öncesi düşünce tarzına sahipti.
Charles Darwin'in Türlerin Kökeni (1859) adlı kitabının yayınlanması, evrimsel ilişkilere dayanan sınıflandırmalar için yeni bir açıklamaya yol açtı. Bu, 1883'ten itibaren filetik sistemler kavramıydı. Bu yaklaşım, Eichler (1883) ve Engler (1886-1892) tarafından ortaya konmuştur.
1970'lerde kladistik metodolojinin ortaya çıkışı, sinapomorfilerin varlığıyla desteklenen tek monofili kriterine dayalı sınıflandırmalara yol açmıştır. O zamandan bu yana, moleküler genetikten gelen ve çoğunlukla geleneksel morfolojiyi tamamlayan verilerle kanıt temeli genişletilmiştir.[31]
Linnaean öncesi
İlk taksonomistler
İnsan çevresini isimlendirme ve sınıflandırma muhtemelen dilin başlangıcıyla birlikte başlamıştır. Zehirli bitkileri yenilebilir bitkilerden ayırt etmek, insan topluluklarının hayatta kalmasının ayrılmaz bir parçasıdır. y. MÖ 1500'lerden kalma Mısır duvar resimlerinde görülen şifalı bitki illüstrasyonları, farklı türlerin kullanım alanlarının anlaşıldığını ve temel bir taksonominin mevcut olduğunu göstermektedir.[32]
Antik dönemler
Organizmalar ilk olarak Aristoteles (Yunanistan, MÖ 384-322) tarafından Midilli Adası'nda kaldığı süre boyunca sınıflandırılmıştır.[33][34][35] Varlıkları, canlı doğmak, dört ayaklı olmak, yumurtlamak, kanlı olmak ya da sıcak vücutlu olmak gibi parçalarına ya da modern terimlerle niteliklerine göre sınıflandırmıştır.[36] Tüm canlıları iki gruba ayırmıştır: bitkiler ve hayvanlar.[34]
Anhaima (kansız hayvanlar, omurgasızlar olarak tercüme edilir) ve Enhaima (kanlı hayvanlar, kabaca omurgalılar) gibi bazı hayvan gruplarının yanı sıra köpekbalıkları ve deniz memelileri gibi gruplar da yaygın olarak kullanılmaktadır.[37][38][39]
Öğrencisi Theofrastos (Yunanistan, MÖ 370-285) bu geleneği devam ettirerek Historia Plantarum adlı eserinde 500 kadar bitkiden ve bunların kullanım alanlarından bahsetmiştir. Cornus, Crocus ve Narcissus gibi birçok bitki grubunun izi Theofrastos'a kadar sürülebilir.[34]
Orta Çağ
Orta Çağ'da taksonomi büyük ölçüde Aristotelesçi sisteme dayanmakla birlikte,[36] yaratıkların felsefi ve varoluşsal düzenine ilişkin eklemeler de yapılmıştır. Bu, Batı skolastik geleneğindeki büyük varlık zinciri gibi kavramları içeriyordu[36] ve yine nihai olarak Aristoteles'ten türetilmişti.
Aristoteles'in sistemi, o dönemde mikroskopların olmaması nedeniyle bitkileri ya da mantarları sınıflandırmıyordu,[35] çünkü onun fikirleri scala naturae (Doğal Merdiven) uyarınca tüm dünyayı tek bir süreklilik içinde düzenlemeye dayanıyordu.[34] Bu da büyük varlık zincirinde dikkate alınmıştır.[34]
Prokopius, Gazzeli Timoteus, Demetrios Pepagomenos ve Thomas Aquinas gibi bilginler tarafından ilerlemeler kaydedilmiştir. Orta Çağ düşünürleri, pragmatik taksonomiden ziyade soyut felsefeye daha uygun olan soyut felsefi ve mantıksal kategorizasyonlar kullanmışlardır.[34]
Rönesans ve erken modern dönem
Rönesans ve Aydınlanma Çağı boyunca, organizmaları kategorize etmek daha yaygın hale geldi[34] ve taksonomik çalışmalar eski metinlerin yerini alacak kadar iddialı hale geldi. Bu durum bazen organizmaların morfolojisinin çok daha detaylı bir şekilde incelenmesine olanak tanıyan sofistike optik lenslerin geliştirilmesine bağlanmaktadır.
Teknolojideki bu sıçramadan yararlanan ilk yazarlardan biri, "ilk taksonomist" olarak adlandırılan İtalyan doktor Andrea Cesalpino'dur (1519-1603).[40] Magnum opus'u De Plantis 1583'te çıktı ve 1500'den fazla bitki türünü tanımladı.[41][42] İlk olarak tanıdığı iki büyük bitki familyası kullanımdadır: Asteraceae ve Brassicaceae.[43]
17. yüzyılda John Ray (İngiltere, 1627-1705) birçok önemli taksonomik eser kaleme almıştır.[35] Muhtemelen en büyük başarısı, 18.000'den fazla bitki türünün ayrıntılarını yayınladığı Methodus Plantarum Nova'dır (1682).[44] Taksonlarını birçok birleşik karaktere dayandırdığı için, sınıflandırmaları belki de o zamana kadar herhangi bir taksonomist tarafından üretilen en karmaşık sınıflandırmalardı.
Sonraki büyük taksonomik çalışmalar Joseph Pitton de Tournefort (Fransa, 1656-1708) tarafından üretilmiştir.[45] Onun 1700 tarihli çalışması Institutiones Rei Herbariae, 698 cinste 9000'den fazla tür içeriyordu ve genç bir öğrenci olarak kullandığı metin olduğu için Linnaeus'u doğrudan etkiledi.[32]
Linnaean dönemi
İsveçli botanikçi Carl Linnaeus (1707-1778)[36] taksonomide yeni bir çağ başlattı. Başlıca eserleri olan 1735 tarihli Systema Naturae 1. Baskı,[46] 1753 tarihli Species Plantarum[47] ve Systema Naturae 10. Baskı[48] ile modern taksonomide devrim yaratmıştır. Çalışmaları, hayvan ve bitki türleri için standartlaştırılmış bir binomial adlandırma sistemi uyguladı[49] ve bu da kaotik ve dağınık bir taksonomik literatüre zarif bir çözüm olduğunu kanıtladı. Sadece sınıf, takım, cins ve tür standartlarını getirmekle kalmadı, aynı zamanda kitabından bitki ve hayvanları çiçeğin daha küçük kısımlarını kullanarak (Linnaean sistemi olarak bilinir) tanımlamayı mümkün kıldı.[49]
Bitki ve hayvan taksonomistleri Linnaeus'un çalışmalarını geçerli isimler için "başlangıç noktası" olarak kabul etmektedirler (sırasıyla 1753 ve 1758).[50] Bu tarihlerden önce yayınlanan isimler "Linnaean öncesi" olarak adlandırılır ve geçerli kabul edilmez (Svenska Spindlar'da yayınlanan örümcekler hariç[51]). Linnaeus'un kendisi tarafından bu tarihlerden önce yayınlanan taksonomik isimler bile Linnaean öncesi olarak kabul edilir.[32]
Taksonominin dijital çağı
Modern taksonomi, DNA dizilimi, biyoenformatik, veritabanları ve görüntüleme gibi teknolojilerden büyük ölçüde etkilenmektedir.
Modern sınıflandırma sistemi
Linnaeus'un bitki ve hayvan sınıflandırmalarında iç içe geçmiş gruplardan oluşan bir model belirlenmiş ve bu modeller Charles Darwin'in Türlerin Kökeni kitabının yayınlanmasından çok önce, 18. yüzyılın sonlarına doğru hayvan ve bitki âlemlerinin dendrogramları olarak temsil edilmeye başlanmıştır.[35] "Doğal Sistem" modeli, evrim gibi bir oluşum sürecini gerektirmiyordu, ancak erken dönem transmutasyonist düşünürlere ilham vererek bunu ima etmiş olabilir. Erasmus Darwin'in (Charles Darwin'in büyükbabası) 1796 tarihli Zoonomia'sı ve Jean-Baptiste Lamarck'ın 1809 tarihli Philosophie zoologique'i türlerin transmutasyonu fikrini araştıran ilk eserler arasındadır.[20] Bu fikir, 1844 yılında Robert Chambers tarafından anonim olarak yayınlanan spekülatif ama çok okunan Vestiges of the Natural History of Creation (Yaratılışın Doğal Tarihinin İzleri) adlı eserle Anglofon dünyada popüler hale gelmiştir.[52]
Darwin'in teorisiyle birlikte, bir sınıflandırmanın Darwinci ortak türeyiş ilkesini yansıtması gerektiğine dair genel bir kabul hızla ortaya çıktı.[53] Bilimsel çalışmalarda, bilinen fosil gruplarının da dahil edildiği yaşam ağacı gösterimleri popüler hale geldi. Fosil atalara bağlanan ilk modern gruplardan biri kuşlardı.[54] Thomas Henry Huxley, o zamanlar yeni keşfedilen Archaeopteryx ve Hesperornis fosillerini kullanarak, bunların 1842'de Richard Owen tarafından resmi olarak adlandırılan bir grup olan dinozorlardan evrimleştiğini açıkladı.[55][56] Bunun sonucunda ortaya çıkan, dinozorların kuşları "doğurduğu" ya da kuşların "atası" olduğu şeklindeki tanımlama, evrimsel taksonomik düşüncenin temel damgasıdır. Paleontologlar, 19. yüzyılın sonları ve 20. yüzyılın başlarında daha fazla fosil grubu bulunup tanındıkça, bilinen grupları birbirine bağlayarak çağlar boyunca hayvanların tarihini anlamaya çalıştılar.[57] 1940'ların başındaki modern evrimsel sentezle birlikte, başlıca grupların evrimine ilişkin esasen modern bir anlayış ortaya çıkmıştır. Evrimsel taksonomi Linnaean taksonomik sıralamalarına dayandığından, iki terim modern kullanımda büyük ölçüde birbirinin yerine kullanılabilir.[58]
Kladistik yöntem 1960'lardan bu yana ortaya çıkmıştır.[53] 1958 yılında Julian Huxley klad terimini kullanmıştır.[20] Daha sonra, 1960 yılında Cain ve Harrison kladistik terimini ortaya atmıştır.[20] Belirgin özelliği, taksonları hiyerarşik bir evrim ağacında düzenlemek ve adlandırılan tüm taksonların monofiletik olmasını sağlamaktır.[53] Bir takson, atasal bir formun tüm torunlarını içeriyorsa monofiletik olarak adlandırılır.[59][60] Kendilerinden çıkarılan torun gruplara sahip olan gruplar parafiletik olarak adlandırılırken,[59] yaşam ağacından birden fazla dalı temsil eden gruplar polifiletik olarak adlandırılır.[59][60] Monofiletik gruplar, sinapomorfiler, ortak türetilmiş karakter durumları temelinde tanınır ve teşhis edilir.[61]
Kladistik sınıflandırmalar, geleneksel Linnean taksonomisi ve Zoolojik ve Botanik Adlandırma Kodları ile bir dereceye kadar uyumludur.[62] Kladların resmi olarak adlandırılmasını düzenleyen alternatif bir adlandırma sistemi olan Uluslararası Filogenetik Adlandırma Kodu veya PhyloCode önerilmiştir.[63][28][9] Linnaean kademeleri isteğe bağlıdır ve mevcut kademe tabanlı kodlarla birlikte var olması amaçlanan PhyloCode altında resmi bir duruşa sahip değildir.[28] Filogenetik isimlendirmenin popülaritesi son birkaç on yılda istikrarlı bir şekilde artmış olsa da[9] sistematikçilerin çoğunluğunun sonunda PhyloCode'u benimseyip benimsemeyeceği veya 250 yılı aşkın süredir kullanılan (ve değiştirilen, ancak bazı sistematikçilerin istediği kadar değil) mevcut isimlendirme sistemlerini kullanmaya devam edip etmeyeceği görülecektir.[64][65]
Âlemler ve üst âlemler
Carl Linnaeus'un keşfinden çok önce bitkiler ve hayvanlar ayrı âlemler olarak kabul ediliyordu.[66][kaynak güvenilir mi?] Linnaeus, fiziksel dünyayı bitkisel, hayvansal ve mineral âlemlere ayırarak bunu en üst sıra olarak kullandı. Mikroskopideki ilerlemeler mikroorganizmaların sınıflandırılmasını mümkün kıldıkça, âlemlerin sayısı arttı, beş ve altı âlem sistemleri en yaygın olanlarıydı.
Üst âlemler nispeten yeni bir gruplamadır. İlk olarak 1977 yılında önerilen Carl Woese'nin üç üst âlem sistemi daha sonrasına kadar genel kabul görmemiştir.[67] Üç üst âlem yönteminin temel özelliklerinden biri, daha önce tek bir alem olan bakteriler (bazen monera olarak da adlandırılan bir alem) içinde gruplandırılan arke ve bakterilerin,[66] hücreleri çekirdek içeren tüm organizmalar için ökaryotlar ile ayrılmasıdır.[68] Az sayıda bilim insanı altıncı bir alem olan arkeleri dahil etmekte ancak üst âlem yöntemini kabul etmemektedirler.[66]
Protistlerin sınıflandırılması üzerine kapsamlı yayınlar yapan Thomas Cavalier-Smith, 2002 yılında[69] arkea ve ökaryotları bir araya getiren klad olan neomuranın bakterilerden, daha doğrusu aktinomisetotadan evrimleşmiş olabileceğini öne sürmüştür. 2004 yılında yaptığı sınıflandırmada arkeobakterileri bakteriler âleminin bir alt âleminin parçası olarak ele almış, yani üç üst âlemli sistemi tamamen reddetmiştir.[70] Stefan Luketa 2012 yılında geleneksel üç üst âlemeprionobiyota (aselüler ve nükleik asitsiz) ve virüsobiyotayı (aselüler ancak nükleik asitli) ekleyerek beş "üst âlem" sistemini önermiştir.[71]
| Linnaeus 1735[72] |
Haeckel 1866[73] |
Chatton 1925[74] |
Copeland 1938[75] |
Whittaker 1969[76] |
Woese et al. 1990[77] |
Cavalier-Smith 1998[78] |
Cavalier-Smith 2015[79] |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2 âlem | 3 âlem | 2 üst âlem | 4 âlem | 5 âlem | 3 üst âlem | 2 üst âlem, 6 âlem | 2 üst âlem, 7 âlem |
| (ele alınmadı) | Protista | Prokaryota | Monera | Monera | Bakteri | Bakteri | Bakteri |
| Arkea | Arkea | ||||||
| Ökaryot | Protoktista | Protista | Ökarya | Protozoa | Protozoa | ||
| Kromista | Kromista | ||||||
| Vegetabilia | Plantae | Plantae | Plantae | Plantae | Plantae | ||
| Fungi | Fungi | Fungi | |||||
| Animalia | Animalia | Animalia | Animalia | Animalia | Animalia |
Son kapsamlı sınıflandırmalar
Birçok organizma grubu için kısmi sınıflandırmalar mevcuttur ve yeni bilgiler elde edildikçe revize edilmekte ve değiştirilmektedir; ancak, yaşamın çoğunun veya tamamının kapsamlı, yayınlanmış incelemeleri daha nadirdir; son örnekler, protistlere vurgu yaparak yalnızca ökaryotları kapsayan Adl ve diğerleri, 2012 ve 2019;[80][81] hem ökaryotları hem de prokaryotları Sıralama derecesine kadar kapsayan Ruggiero ve diğerleri, 2015'tir.[82] Ancak her ikisi de fosil temsilcilerini hariç tutmaktadır.[82] Ayrı bir derleme (Ruggiero, 2014)[83] ise günümüze ulaşan taksonları familya derecesine kadar kapsamaktadır. Veri tabanı odaklı diğer uygulamalar arasında Encyclopedia of Life, Küresel Biyoçeşitlilik Danışma Tesisi, NCBI taksonomi veritabanı, Interim Register of Marine and Nonmarine Genera, Open Tree of Life ve Yaşam Kataloğu yer almaktadır. Paleobiology Database fosiller için bir kaynaktır.
Başvuru
Biyolojik taksonomi, biyolojinin bir alt disiplinidir ve genellikle "taksonomist" olarak bilinen biyologlar tarafından uygulanmaktadır, ancak hevesli doğa bilimciler de sıklıkla yeni taksonların yayınlanmasında yer almaktadırlar.[84] Taksonomi, yaşamı tanımlamayı ve düzenlemeyi amaçladığından, taksonomistler tarafından yürütülen çalışmalar biyolojik çeşitliliğin incelenmesi ve bunun sonucunda ortaya çıkan koruma biyolojisi alanı için çok önemlidir.[85][86]
Organizmaları sınıflandırma
Biyolojik sınıflandırma, taksonomik sürecin kritik bir bileşenidir. Sonuç olarak, kullanıcıya taksonun akrabalarının ne olduğunun varsayıldığı konusunda bilgi verir. Biyolojik sınıflandırma, diğerlerinin yanı sıra (en kapsayıcıdan en az kapsayıcıya doğru) taksonomik sıralamaları kullanır: üst âlem, âlem, şube, sınıf, takım, familya, cins, tür ve suş.[87]
Taksonomik açıklamalar
Taksonların tanımlanmasını düzenleyen belirli kurallar yoktur, ancak yeni taksonların adlandırılması ve yayınlanması bir dizi kurala tabidir.[8] Zoolojide, daha yaygın olarak kullanılan sınıflar (üst familyadan alt türe kadar) için adlandırma, Uluslararası Zoolojik Adlandırma Kodu (ICZN Kodu) tarafından düzenlenir.[88] Fizyoloji, mikoloji ve botanik alanlarında, taksonların adlandırılması algler, mantarlar ve bitkiler için Uluslararası İsimlendirme Kodu (ICN) tarafından yönetilir.[89]
Bir taksonun ilk tanımı beş ana gereklilik içerir:[90]
- Taksona Latin alfabesinin 26 harfini temel alan bir isim verilmelidir (yeni türler için binomiyal veya diğer türler için uninomiyal).
- İsim benzersiz olmalıdır (yani homonim olmamalıdır).
- Tanım, isim taşıyan en az bir tip örneğine dayanmalıdır.
- Taksonu tanımlamak veya diğer taksonlardan ayırmak için uygun nitelikler hakkında ifadeler içermelidir (teşhis, ICZN Kodu, Madde 13.1.1, ICN, Madde 38, morfolojiye dayalı olabilir veya olmayabilir[91]). Her iki kod da bir taksonun içeriğinin tanımlanmasını (sınırlanmasının) isminin tanımlanmasından bilinçli olarak ayırmaktadır.
- Bu ilk dört gereklilik, kalıcı bir bilimsel kayıt olarak, çok sayıda özdeş kopya halinde elde edilebilecek bir eserde yayınlanmalıdır.
Bununla birlikte, genellikle taksonun coğrafi aralığı, ekolojik notlar, kimya, davranış vb. gibi çok daha fazla bilgi dahil edilir. Araştırmacıların taksonlarına nasıl ulaştıkları değişir: mevcut verilere ve kaynaklara bağlı olarak, yöntemler çarpıcı özelliklerin basit nicel veya nitel karşılaştırmalarından, büyük miktarlarda DNA dizisi verilerinin ayrıntılı bilgisayar analizlerine kadar değişir.[92]
Yazar alıntısı
Bilimsel bir isimden sonra bir "otorite" yerleştirilebilir.[93] Otorite, adı ilk kez geçerli bir şekilde yayınlayan bilim insanının veya bilim insanlarının adıdır.[93] Örneğin, Linnaeus 1758 yılında Asya filine Elephas maximus bilimsel ismini vermiştir, bu nedenle isim bazen "Elephas maximus Linnaeus, 1758" şeklinde yazılır.[94] Yazarların isimleri genellikle kısaltılır: Linnaeus için L. kısaltması yaygın olarak kullanılır. Botanikte, aslında, standart kısaltmaların düzenlenmiş bir listesi vardır (bkz. yazar kısaltmasına göre botanikçiler listesi).[95] Otorite atama sistemi botanik ve zooloji arasında biraz farklılık gösterir.[8] Bununla birlikte, bir türün cinsi orijinal tanımlamadan bu yana değiştirilmişse orijinal otoritenin adının parantez içinde yer alması standarttır.[96]
Fenetik
Taksimetri veya sayısal taksonomi olarak da bilinen fenetikte organizmalar, filogenileri veya evrimsel ilişkileri ne olursa olsun genel benzerliklerine göre sınıflandırılır.[20] Bu da taksonlar arasında hipergeometrik bir "mesafe" ölçüsü ile sonuçlanır. Fenetik yöntemler, paylaşılan atasal (veya plesiomorfik) özellikleri paylaşılan türetilmiş (veya apomorfik) özelliklerden ayırt etmediğinden, modern zamanlarda nispeten nadir hale gelmiş ve büyük ölçüde kladistik analizlerle yer değiştirmiştir.[97] Bununla birlikte, komşu birleştirme gibi bazı fenetik yöntemler, daha gelişmiş yöntemlerin (Bayes çıkarımı gibi) hesaplama açısından çok pahalı olduğu durumlarda ilişkilerin hızlı tahmincileri olarak varlığını sürdürmüştür.[98]
Veritabanları
Modern taksonomi, sınıflandırmaları ve bunların belgelerini aramak ve kataloglamak için veritabanı teknolojilerini kullanır.[99] Yaygın olarak kullanılan bir veri tabanı bulunmamakla birlikte, belgelenmiş her türü listelemeye çalışan Catalogue of Life gibi kapsamlı veri tabanları bulunmaktadır.[100] Katalog, Nisan 2016 itibarıyla tüm âlemler için 1,64 milyon tür listelemiştir ve modern bilim tarafından bilinen tahmini türlerin dörtte üçünden fazlasını kapsadığını iddia etmektedir.[101]
Ayrıca bakınız
Kaynakça
- ^ a b Wilkins, J. S. (5 February 2011). "What is systematics and what is taxonomy?". 27 August 2016 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 August 2016.
- ^ Judd, W. S.; Campbell, C. S.; Kellogg, E. A.; Stevens, P. F.; Donoghue, M. J. (2007). "Taxonomy". Plant Systematics: A Phylogenetic Approach (3rd bas.). Sunderland: Sinauer Associates.
- ^ Simpson, Michael G. (2010). "Chapter 1 Plant Systematics: an Overview". Plant Systematics (2nd bas.). Academic Press. ISBN 9780123743800.
- ^ Kirk, P. M.; Cannon, P. F.; Minter, D. W.; Stalpers, J. A., (Ed.) (2008). "Taxonomy". Dictionary of the Fungi (10th bas.). CABI.
- ^ Walker, P. M. B., (Ed.) (1988). The Wordsworth Dictionary of Science and Technology. W. R. Chambers Ltd. and Cambridge University Press.
- ^ a b Lawrence, E. (2005). Henderson's Dictionary Of Biology. Pearson/Prentice Hall. ISBN 9780131273849.
- ^ Wheeler, Quentin D. (2004). Godfray, H. C. J.; Knapp, S. (Ed.). "Taxonomic triage and the poverty of phylogeny". Philosophical Transactions of the Royal Society. 359: Taxonomy for the twenty-first century (1444): 571–583. doi:10.1098/rstb.2003.1452. PMC 1693342 $2. PMID 15253345.
- ^ a b c "Nomenclature, Names, and Taxonomy". Intermountain Herbarium. Utah State University. 2005. 23 November 2016 tarihinde kaynağından arşivlendi.
- ^ a b c Laurin, Michel (3 August 2023). The Advent of PhyloCode: The Continuing Evolution of Biological Nomenclature. Boca Raton, Florida: CRC Press. ss. xv + 209. doi:10.1201/9781003092827. ISBN 9781003092827.
- ^ Michener, Charles D.; Corliss, John O.; Cowan, Richard S.; Raven, Peter H.; Sabrosky, Curtis W.; Squires, Donald S.; Wharton, G. W. (1970). Systematics In Support of Biological Research. Washington, DC: Division of Biology and Agriculture, National Research Council.
- ^ Small, Ernest (1989). "Systematics of Biological Systematics (Or, Taxonomy of Taxonomy)". Taxon. 38 (3): 335–356. doi:10.2307/1222265. JSTOR 1222265.
- ^ Singh, Gurcharan (2004). Plant systematics: An integrated approach. Science Publishers. s. 20. ISBN 9781578083510 – Google Books vasıtasıyla.
- ^ Wilkins, J. S. "What is systematics and what is taxonomy?". EvolvingThoughts.net. 27 August 2016 tarihinde kaynağından arşivlendi.
- ^ Brusca, R. C.; Brusca, G. J. (2003). Invertebrates (2nd bas.). Sunderland, Massachusetts: Sinauer Associates. s. 27.
- ^ Fortey, Richard (2008). Dry Store Room No. 1: The Secret Life of the Natural History Museum. London: Harper Perennial. ISBN 9780007209897.
- ^ Maxted, Nigel (1992). "Towards Defining a Taxonomic Revision Methodology". Taxon. 41 (4): 653–660. doi:10.2307/1222391. JSTOR 1222391.
- ^ Hennig, Willi (January 1965). "Phylogenetic Systematics". Annual Review of Entomology. 10 (1): 97–116. doi:10.1146/annurev.en.10.010165.000525. ISSN 0066-4170.
- ^ Mayr, Ernst (1991). Principles of Systematic Zoology. New York: McGraw-Hill. s. 159.
- ^ Mayr, Ernst (1991), p. 162.
- ^ a b c d e f g h "Taxonomy: Meaning, Levels, Periods and Role". Biology Discussion. 27 May 2016. 5 April 2017 tarihinde kaynağından arşivlendi.
- ^ Rosselló-Mora, Ramon; Amann, Rudolf (1 January 2001). "The species concept for prokaryotes". FEMS Microbiology Reviews. 25 (1): 39–67. doi:10.1111/j.1574-6976.2001.tb00571.x. ISSN 1574-6976. PMID 11152940.
- ^ a b Turrill 1938.
- ^ Turrill 1938, ss. 365–366.
- ^ Steyskal, G. C. (1965). "Trend curves of the rate of species description in zoology". Science. 149 (3686): 880–882. Bibcode:1965Sci...149..880S. doi:10.1126/science.149.3686.880. PMID 17737388.
- ^ Mayr, Ernst (9 February 1968). "The Role of Systematics in Biology: The study of all aspects of the diversity of life is one of the most important concerns in biology". Science. 159 (3815): 595–599. Bibcode:1968Sci...159..595M. doi:10.1126/science.159.3815.595. PMID 4886900.
- ^ Mayr, Ernst (1982). "Chapter 6: Microtaxonomy, the science of species". The Growth of Biological Thought: Diversity, Evolution, and Inheritance. Belknap Press of Harvard University Press. ISBN 9780674364462.
- ^ "Result of Your Query". biological-concepts.com. 5 April 2017 tarihinde kaynağından arşivlendi.
- ^ a b c Cantino, Philip D.; de Queiroz, Kevin (29 April 2020). International Code of Phylogenetic Nomenclature (PhyloCode): A Phylogenetic Code of Biological Nomenclature. Boca Raton, Florida: CRC Press. ss. xl + 149. ISBN 978-0429821356.
- ^ Voultsiadou, Eleni; Vafidis, Dimitris (1 January 2007). "Marine invertebrate diversity in Aristotle's zoology". Contributions to Zoology. 76 (2): 103–120. doi:10.1163/18759866-07602004. ISSN 1875-9866.
- ^ Voultsiadou, Eleni; Gerovasileiou, Vasilis; Vandepitte, Leen; Ganias, Kostas; Arvanitidis, Christos (2017). "Aristotle's scientific contributions to the classification, nomenclature and distribution of marine organisms". Mediterranean Marine Science. 18 (3): 468–478. doi:10.12681/mms.13874. ISSN 1791-6763.
- ^ Datta 1988.
- ^ a b c Manktelow, M. (2010). "History of Taxonomy" (PDF). Dept. of Systematic Biology, Uppsala University. 29 May 2015 tarihinde kaynağından (PDF) arşivlendi.
- ^ Mayr, Ernst (1982). The Growth of Biological Thought. Cambridge, Massachusetts: Belknap Press of Harvard University Press.
- ^ a b c d e f g "Palaeos : Taxonomy". palaeos.com. 31 March 2017 tarihinde kaynağından arşivlendi.
- ^ a b c d "taxonomy | biology". Encyclopedia Britannica. 5 April 2017 tarihinde kaynağından arşivlendi.
- ^ a b c d "Biology 101, Ch 20". cbs.dtu.dk. 23 March 1998. 28 June 2017 tarihinde kaynağından arşivlendi.
- ^ Leroi, Armand Marie (2014). The Lagoon: How Aristotle Invented Science. Bloomsbury. ss. 384–395. ISBN 9781408836224.
- ^ von Lieven, Alexander Fürst; Humar, Marcel (2008). "A Cladistic Analysis of Aristotle's Animal Groups in the "Historia animalium"". History and Philosophy of the Life Sciences. 30 (2): 227–262. ISSN 0391-9714. JSTOR 23334371.
- ^ Laurin, Michel; Humar, Marcel (2022). "Phylogenetic signal in characters from Aristotle's History of Animals". Comptes Rendus Palevol (Fransızca). 21 (1): 1–16. doi:10.5852/cr-palevol2022v21a1.
- ^ "Andrea Cesalpino | Italian physician, philosopher, and botanist". Encyclopedia Britannica. 5 April 2017 tarihinde kaynağından arşivlendi.
- ^ Cesalpino, Andrea; Marescotti, Giorgio (1583). De plantis libri XVI. Florence: Apud Georgium Marescottum – Internet Archive vasıtasıyla.
- ^ "Andrea Cesalpino | Italian physician, philosopher, and botanist". Encyclopedia Britannica. 5 April 2017 tarihinde kaynağından arşivlendi.
- ^ Jaime, Prohens (2010). International Edition Vegetables I: Asteraceae, Brassicaceae, Chenopodicaceae, and Cucurbitaceae (Handbook of Plant Breeding). Springer. ISBN 9781441924742.
- ^ John, Ray (1682). Methodus plantarum nova [New Method of Plants] (Latince). impensis Henrici Faithorne & Joannis Kersey, ad insigne Rofæ Coemeterio D. Pauli. 29 September 2017 tarihinde kaynağından arşivlendi.
- ^ "Joseph Pitton de Tournefort | French botanist and physician". Encyclopedia Britannica. 5 April 2017 tarihinde kaynağından arşivlendi.
- ^ Linnaeus, Carl (1735). Systema naturae, sive regna tria naturae systematice proposita per classes, ordines, genera, & species (Latince). Leiden: Haak.
- ^ Linnaeus, Carl (1753). Species Plantarum (Latince). Stockholm.
- ^ Linnaeus, Carl (1758). Systema naturae, sive regna tria naturae systematice proposita per classes, ordines, genera, & species (Latince) (10th bas.). Leiden: Haak.
- ^ a b "taxonomy – The Linnaean system | biology". Encyclopedia Britannica. 5 April 2017 tarihinde kaynağından arşivlendi.
- ^ Donk, M. A. (December 1957). "Typification and later starting-points" (PDF). Taxon. 6 (9): 245–256. doi:10.2307/1217493. JSTOR 1217493. 18 May 2015 tarihinde kaynağından (PDF) arşivlendi.
- ^ Carl, Clerck; Carl, Bergquist; Eric, Borg; L., Gottman; Lars, Salvius (1757). Svenska spindlar [Swedish Spiders] (İsveççe). Literis Laur. Salvii. 1 December 2017 tarihinde kaynağından arşivlendi.
- ^ Secord, James A. (2000). Victorian Sensation: The Extraordinary Publication, Reception, and Secret Authorship of Vestiges of the Natural History of Creation. University of Chicago Press. ISBN 9780226744100. 16 May 2008 tarihinde kaynağından arşivlendi.
- ^ a b c "taxonomy – Classification since Linnaeus | biology". Encyclopedia Britannica. 5 April 2017 tarihinde kaynağından arşivlendi.
- ^ Black, Riley (7 December 2010). "Thomas Henry Huxley and the Dinobirds". Smithsonian Magazine. Washington, DC: Smithsonian Institution. Erişim tarihi: 10 November 2023.
- ^ Huxley, Thomas Henry (1876). "Lectures on Evolution". Collected Essays. IV. ss. 46–138. 28 June 2011 tarihinde kaynağından arşivlendi. Original text w/ figures. First published as New York Tribune, Extra no. 36.
- ^ "Thomas Henry Huxley | British biologist". Encyclopedia Britannica. 6 February 2018 tarihinde kaynağından arşivlendi.
- ^ Rudwick, M. J. S. (1985). The Meaning of Fossils: Episodes in the History of Palaeontology. University of Chicago Press. s. 24. ISBN 9780226731032.
- ^ Paterlini, Marta (September 2007). "There shall be order. The legacy of Linnaeus in the age of molecular biology". EMBO Reports. 8 (9): 814–816. doi:10.1038/sj.embor.7401061. PMC 1973966 $2. PMID 17767191.
- ^ a b c Taylor, Mike. "What do terms like monophyletic, paraphyletic and polyphyletic mean?". miketaylor.org.uk. 1 August 2010 tarihinde kaynağından arşivlendi.
- ^ a b "Polyphyletic vs. Monophyletic". NCSE.com. 5 April 2017 tarihinde kaynağından arşivlendi.
- ^ Brower, Andrew V. Z.; Schuh, Randall T. (2021). Biological Systematics: Principles and Applications (3rd bas.). Ithaca, New York: Cornell University Press. s. 13.
- ^ Schuh, Randall T. (2003). "The Linnaean system and its 250-year persistence". The Botanical Review. 69 (1): 59.
- ^ Queiroz, Philip D.; de Cantino, Kevin. "The PhyloCode". Ohio.edu. 10 May 2016 tarihinde kaynağından arşivlendi.
- ^ Dubois, Alain (1 February 2007). "Naming taxa from cladograms: A cautionary tale". Molecular Phylogenetics and Evolution. 42 (2): 317–330. doi:10.1016/j.ympev.2006.06.007. ISSN 1055-7903.
- ^ Dubois, Alain; Bauer, Aaron M.; Ceríaco, Luis M. P.; Dusoulier, François; Frétey, Thierry; Löbl, Ivan; Lorvelec, Olivier; Ohler, Annemarie; Stopiglia, Renata; Aescht, Erna (17 December 2019). "The Linz Zoocode project: A set of new proposals regarding the terminology, the Principles and Rules of zoological nomenclature. First report of activities (2014‒2019)". Bionomina. 17 (1): 1–111. doi:10.11646/BIONOMINA.17.1.1.
- ^ a b c "Kingdom Classification of Living Organism". Biology Discussion. 2 December 2014. 5 April 2017 tarihinde kaynağından arşivlendi.
- ^ "Carl Woese | Carl R. Woese Institute for Genomic Biology". www.igb.Illinois.edu. 28 April 2017 tarihinde kaynağından arşivlendi.
- ^ Cracraft, Joel; Donaghue, Michael J., (Ed.) (2004). Assembling the Tree of Life. Oxford University Press. ss. 45, 78, 555. ISBN 0195172345.
- ^ Cavalier-Smith, T. (March 2002). "The phagotrophic origin of eukaryotes and phylogenetic classification of Protozoa". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 52 (Pt 2): 297–354. doi:10.1099/00207713-52-2-297. PMID 11931142.
- ^ Cavalier‐Smith, T. (Ocak 2007). "A revised six‐kingdom system of life". Biological Reviews (İngilizce). 73 (3): 203–266. doi:10.1111/j.1469-185X.1998.tb00030.x. ISSN 1464-7931.
- ^ Luketa, S. (2012). "New views on the megaclassification of life" (PDF). Protistology. 7 (4): 218–237. 2 April 2015 tarihinde kaynağından (PDF) arşivlendi.
- ^ Linnaeus, C. (1735). Systemae Naturae, sive regna tria naturae, systematics proposita per classes, ordines, genera & species.
- ^ Haeckel, E. (1866). Generelle Morphologie der Organismen. Reimer, Berlin.
- ^ Chatton, É. (1925). "Pansporella perplexa. Réflexions sur la biologie et la phylogénie des protozoaires". Annales des Sciences Naturelles - Zoologie et Biologie Animale. 10-VII: 1–84.
- ^ Copeland, H. (1938). "The kingdoms of organisms". Quarterly Review of Biology. 13 (4): 383–420. doi:10.1086/394568.
- ^ Whittaker, R. H. (January 1969). "New concepts of kingdoms of organisms". Science. 163 (3863): 150–60. Bibcode:1969Sci...163..150W. doi:10.1126/science.163.3863.150. PMID 5762760.
- ^ Woese, C.; Kandler, O.; Wheelis, M. (1990). "Towards a natural system of organisms:proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 87 (12): 4576–9. Bibcode:1990PNAS...87.4576W. doi:10.1073/pnas.87.12.4576. PMC 54159 $2. PMID 2112744.
- ^ Cavalier-Smith, T. (1998). "A revised six-kingdom system of life". Biological Reviews. 73 (3): 203–66. doi:10.1111/j.1469-185X.1998.tb00030.x. PMID 9809012. 20 Ağustos 2016 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 13 Nisan 2023.
- ^ Ruggiero, Michael A.; Gordon, Dennis P.; Orrell, Thomas M.; Bailly, Nicolas; Bourgoin, Thierry; Brusca, Richard C.; Cavalier-Smith, Thomas; Guiry, Michael D.; Kirk, Paul M.; Thuesen, Erik V. (2015). "A higher level classification of all living organisms". PLOS ONE. 10 (4): e0119248. Bibcode:2015PLoSO..1019248R. doi:10.1371/journal.pone.0119248. PMC 4418965 $2. PMID 25923521.
- ^ Adl, S. M.; Simpson, A. G. B.; Lane, C. E.; Lukeš, J.; Bass, D.; Bowser, S. S.; ve diğerleri. (December 2015). "The revised classification of eukaryotes". Journal of Eukaryotic Microbiology. 59 (5): 429–493. doi:10.1111/j.1550-7408.2012.00644.x. PMC 3483872 $2. PMID 23020233.
- ^ Adl, S. M.; Bass, D.; Lane, C. E.; Lukeš, J.; Schoch, C. L.; Smirnov, A.; ve diğerleri. (2019). "Revisions to the classification, nomenclature, and diversity of eukaryotes". Journal of Eukaryotic Microbiology. 66 (1): 4–119. doi:10.1111/jeu.12691. PMC 6492006 $2. PMID 30257078.
- ^ a b Ruggiero, Michael A.; Gordon, D. P.; Orrell, T. M.; Bailly, N.; Bourgoin, T.; Brusca, R. C.; ve diğerleri. (2015). "A higher level classification of all living organisms". PLoS One. 10 (4): e0119248. Bibcode:2015PLoSO..1019248R. doi:10.1371/journal.pone.0119248. PMC 4418965 $2. PMID 25923521.
- ^ Döring, Markus. "Families of Living Organisms (FALO)". doi:10.15468/tfp6yv.
- ^ "A Few Bad Scientists Are Threatening to Topple Taxonomy". Smithsonian. Erişim tarihi: 24 February 2019.
- ^ "What is taxonomy?". London: Natural History Museum. 1 October 2013 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 23 December 2017.
- ^ McNeely, Jeffrey A. (2002). "The role of taxonomy in conserving biodiversity" (PDF). Journal for Nature Conservation. 10 (3): 145–153. Bibcode:2002JNatC..10..145M. doi:10.1078/1617-1381-00015. 24 December 2017 tarihinde kaynağından (PDF) arşivlendi – Semantic Scholar vasıtasıyla.
- ^ "Mnemonic taxonomy / biology: Kingdom Phylum Class Order..." 6 June 2017 tarihinde kaynağından arşivlendi.
- ^ "ICZN Code". animalbase.uni-goettingen.de. 3 October 2022 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 8 April 2017.
- ^ "International Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants". IAPT-Taxon.org. International Association for Plant Taxonomy. 11 January 2013 tarihinde kaynağından arşivlendi.
- ^ "How can I describe new species?". ICZN.org. International Commission on Zoological Nomenclature. 6 March 2012 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 May 2020.
- ^ Lawley, Jonathan W.; Gamero-Mora, Edgar; Maronna, Maximiliano M.; Chiaverano, Luciano M.; Stampar, Sérgio N.; Hopcroft, Russell R.; Collins, Allen G.; Morandini, André C. (19 September 2022). "Morphology is not always useful for diagnosis, and that's ok: Species hypotheses should not be bound to a class of data. Reply to Brown and Gibbons (S Afr J Sci. 2022;118(9/10), Art. #12590)". South African Journal of Science. 118 (9/10). doi:10.17159/sajs.2022/14495. ISSN 1996-7489.
- ^ "Taxonomy – Evaluating taxonomic characters". Encyclopædia Britannica. 22 April 2019 tarihinde kaynağından arşivlendi.
- ^ a b "Editing Tip: Scientific Names of Species". AJE.com. American Journal Experts, Research Square Company. 9 April 2017 tarihinde kaynağından arşivlendi.
- ^ "Carolus Linnaeus: Classification, Taxonomy & Contributions to Biology – Video & Lesson Transcript". Study.com. 9 April 2017 tarihinde kaynağından arşivlendi.
- ^ Biocyclopedia.com. "Biological Classification". biocyclopedia.com. 14 May 2017 tarihinde kaynağından arşivlendi.
- ^ "Zoological nomenclature: a basic guide for non-taxonomist authors". Annelida.net. 16 March 2017 tarihinde kaynağından arşivlendi.
- ^ "Classification". North Carolina State University. 14 April 2017 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 27 April 2017.
- ^ McDonald, David (Fall 2008). "Molecular Marker Glossary". University of Wyoming. 10 June 2007 tarihinde kaynağından arşivlendi.
- ^ Wood, Dylan; King, Margaret; Landis, Drew; Courtney, William; Wang, Runtang; Kelly, Ross; Turner, Jessica A.; Calhoun, Vince D. (26 August 2014). "Harnessing modern web application technology to create intuitive and efficient data visualization and sharing tools". Frontiers in Neuroinformatics. 8: 71. doi:10.3389/fninf.2014.00071. ISSN 1662-5196. PMC 4144441 $2. PMID 25206330.
- ^ "About – The Plant List". theplantlist.org.
- ^ "About the Catalogue of Life: 2016 Annual Checklist". Catalogue of Life. Integrated Taxonomic Information System (ITIS). 15 May 2016 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 22 May 2016.
Dış bağlantılar
- Taksonomi nedir?, Londra Doğa Tarihi Müzesi (İngilizce)
- NCBI Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezinde Taksonomi (İngilizce)
- Evrensel Protein Kaynağı UniProt'ta Taksonomi (İngilizce)
- ITIS Entegre Taksonomik Bilgi Sistemi (İngilizce)
- CETaF Avrupa Taksonomik Tesisler Konsorsiyumu (İngilizce)
- Vikitür ücretsiz türler dizini (İngilizce)
