Memeli Promotörleri Veri Tabanı (MPromDb)

Memeli Promotör Veritabanı (MPromDb) ChIP-SEQ sayesinde belirlenmiş gen promoterlerini içeren bir veriritabanıdır ^[1] Yakın promotör bölgesi (akışyukarısına çekirdek promotör bölgesinin yukarısa) çoğu transkripsiyon faktörlerinin (TFS) cis-düzenleyici elementlerini ihtiva eder.^[2]

Son zamanlarda, aktif promotörlerü açımlamak için ChIP-seq ve hesaplama tekniklerinin karışımıolan daha iyi bir teknik gösterilmiştir.^[3] Bu teknik, memeli sistemlerinde TF'lerin hedef genlerini bulmak için kullanılmıştır.^[4] MPomDb bu teknolojiye dayanmaktadır. Ökaryotik organizmalar için küratörlü promotör dizileri, bir EPD veri tabanı tarafından sağlanır;^[5] ancak doku / hücre merkezli düzeyde promotör aktivite bilgisi sunulmaz.

MPromDb veri tabanı, RNAP-II antikorları ve altı farklı insan hücre tipi ile gerçekleştirilen on farklı fare hücresi/doku ChIP -seq deneyini analiz ettikten sonra tanımlanan aktif RNAP-II promotörlerini eklemiştir.^[6] Veriler, yüksek kaliteyi sağlamak için manuel düzeltmenin ardından bir dizi hesaplama yöntemiyle elde edilmiştir.^[7] MPomDb'nin en yeni sürümünde, yaklaşık 507 milyon benzersiz şekilde hizalanmış RNA Pol-II ChIP-seq okumaları, altı insan hücre tipi ve 10 farklı fare hücresi/dokusu dahil olmak üzere 26 farklı veri tabanı üzerinden analiz edilmiştir.Kaynak hatası: Açılış <ref> etiketi hatalı biçimlendirilmiş veya hatalı bir ada sahip (Bkz: Kaynak gösterme)

Kaynakça[değiştir | kaynağı değiştir]

^ Gupta (Jan 2011). "MPromDb update 2010: an integrated resource for annotation and visualization of mammalian gene promoters and ChIP-seq experimental data". Nucleic Acids Res. İngiltere. 39 (Database issue): D92-7. doi:10.1093/nar/gkq1171. PMC 3013732 $2. PMID 21097880.
^ Sun (2006). "MPromDb: an integrated resource for annotation and visualization of mammalian gene promoters and ChIP-chip experimental data". Nucleic Acids Research. 34 (Database issue): 98-103. doi:10.1093/nar/gkj096. PMC 1347458 $2. PMID 16381984.
^ Sun (Jan 2011). "Genome-wide mapping of RNA Pol-II promoter usage in mouse tissues by ChIP-seq". Nucleic Acids Res. 39 (1): 190-201. doi:10.1093/nar/gkq775. PMC 3017616 $2. PMID 20843783.
^ Weinmann (2002). "Isolating human transcription factor targets by coupling chromatin immunoprecipitation". Genes Dev. 16 (2): 235-244. doi:10.1101/gad.943102. PMC 155318 $2. PMID 11799066.
^ Schmid (2006). "EPD in its twentieth year: towards complete promoter coverage of selected model organisms". Nucleic Acids Res. 34 (Database issue): 82-85. doi:10.1093/nar/gkj146. PMC 1347508 $2. PMID 16381980.
^ Gupta (Jan 2011). "MPromDb update 2010: an integrated resource for annotation and visualization of mammalian gene promoters and ChIP-seq experimental data". Nucleic Acids Res. İngiltere. 39 (Database issue): D92-7. doi:10.1093/nar/gkq1171. PMC 3013732 $2. PMID 21097880. Gupta, Ravi; Bhattacharyya Anirban; Agosto-Perez Francisco J; Wickramasinghe Priyankara; Davuluri Ramana V (Jan 2011). "MPromDb update 2010: an integrated resource for annotation and visualization of mammalian gene promoters and ChIP-seq experimental data". Nucleic Acids Res. England. 39 (Database issue): D92-7. doi:10.1093/nar/gkq1171. PMC 3013732. PMID 21097880.
^ Sun (2006). "MPromDb: an integrated resource for annotation and visualization of mammalian gene promoters and ChIP-chip experimental data". Nucleic Acids Research. 34 (Database issue): 98-103. doi:10.1093/nar/gkj096. PMC 1347458 $2. PMID 16381984. Sun, Hao; Palaniswamy, Saranyan K.; Pohar, Twyla T. (2006). "MPromDb: an integrated resource for annotation and visualization of mammalian gene promoters and ChIP-chip experimental data". Nucleic Acids Research. 34 (Database issue): 98–103. doi:10.1093/nar/gkj096. PMC 1347458. PMID 16381984.

Dış bağlantılar[değiştir | kaynağı değiştir]

[1] Gupta (Jan 2011). "MPromDb update 2010: an integrated resource for annotation and visualization of mammalian gene promoters and ChIP-seq experimental data". Nucleic Acids Res. İngiltere. 39 (Database issue): D92-7. doi:10.1093/nar/gkq1171. PMC 3013732 $2. PMID 21097880.

[2] Sun (2006). "MPromDb: an integrated resource for annotation and visualization of mammalian gene promoters and ChIP-chip experimental data". Nucleic Acids Research. 34 (Database issue): 98-103. doi:10.1093/nar/gkj096. PMC 1347458 $2. PMID 16381984.

[3] Sun (Jan 2011). "Genome-wide mapping of RNA Pol-II promoter usage in mouse tissues by ChIP-seq". Nucleic Acids Res. 39 (1): 190-201. doi:10.1093/nar/gkq775. PMC 3017616 $2. PMID 20843783.

[4] Weinmann (2002). "Isolating human transcription factor targets by coupling chromatin immunoprecipitation". Genes Dev. 16 (2): 235-244. doi:10.1101/gad.943102. PMC 155318 $2. PMID 11799066.

[5] Schmid (2006). "EPD in its twentieth year: towards complete promoter coverage of selected model organisms". Nucleic Acids Res. 34 (Database issue): 82-85. doi:10.1093/nar/gkj146. PMC 1347508 $2. PMID 16381980.

[6] Gupta (Jan 2011). "MPromDb update 2010: an integrated resource for annotation and visualization of mammalian gene promoters and ChIP-seq experimental data". Nucleic Acids Res. İngiltere. 39 (Database issue): D92-7. doi:10.1093/nar/gkq1171. PMC 3013732 $2. PMID 21097880. Gupta, Ravi; Bhattacharyya Anirban; Agosto-Perez Francisco J; Wickramasinghe Priyankara; Davuluri Ramana V (Jan 2011). "MPromDb update 2010: an integrated resource for annotation and visualization of mammalian gene promoters and ChIP-seq experimental data". Nucleic Acids Res. England. 39 (Database issue): D92-7. doi:10.1093/nar/gkq1171. PMC 3013732. PMID 21097880.

[7] Sun (2006). "MPromDb: an integrated resource for annotation and visualization of mammalian gene promoters and ChIP-chip experimental data". Nucleic Acids Research. 34 (Database issue): 98-103. doi:10.1093/nar/gkj096. PMC 1347458 $2. PMID 16381984. Sun, Hao; Palaniswamy, Saranyan K.; Pohar, Twyla T. (2006). "MPromDb: an integrated resource for annotation and visualization of mammalian gene promoters and ChIP-chip experimental data". Nucleic Acids Research. 34 (Database issue): 98–103. doi:10.1093/nar/gkj096. PMC 1347458. PMID 16381984.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]