Deoksiroboznükleaz I
Deoksiribonükleaz I (genellikle DNaz I olarak adlandırılır), insanı geni DNAZ1 tarafından kodlanan bir endonükleazdır.[1] DNaz I, DNA'yı tercihen bir pirimidin nükleotidine bitişik fosfodiester bağlarında bölen bir nükleazdır. Tek sarmallı DNA, çift sarmallı DNA ve kromatin üzerinde etki eder. Atık yönetimi endonükleazı rolüne ek olarak, apoptoz sırasında DNA parçalanmasından sorumlu deoksiribonükleazlardan biri olduğu ileri sürülmüştür.[2]
DNaz I, hücre iskeletindeki protein aktine bağlanır. Çok yüksek (sub-nanomolar) afiniteye sahip aktin monomerlerine ve düşük afiniteye sahip aktin polimerlerine bağlanır. Bu etkileşimin işlevi belirsizdir. Bununla birlikte, aktine bağlı DNaz I enzimatik olarak inaktif olduğu için, DNase-aktin kompleksi, genetik bilgilerin hasar görmesini önleyen bir DNase I depolama formu olabilir.
Bu gen, DNase ailesinin bir üyesini kodlar. Bu protein çekirdek zarının proenzim granüllerinde depolanır ve DNA'yı endonükleolitik bir şekilde parçalayarak işlevini gerçekleştirir. DNASE1*1 ila DNASE1*6 arasında en az altı otozomal kodominant aleli karakterize edilmiştir. Bu gendeki mutasyonlar ve enzim ürününü inaktive eden faktör, bir otoimmün hastalık olan sistemik lupus eritematozus (SLE) ile ilişkilendirilmiştir.[3][4] Bu proteinin rekombinant bir formu, balgamda hücre dışı DNA'yı hidrolize ederek ve viskozitesini azaltarak kistik fibroz semptomlarından birini tedavi etmek için kullanılır.[5] Bu genin alternatif transkripsiyonel ekleme varyantları gözlenmiştir, ancak tam olarak karakterize edilmemiştir.[1]
Genomikte[değiştir | kaynağı değiştir]
Genomikte, DNaz I aşırı duyarlı bölgelerin açık, erişilebilir kromatin ile karakterize edildiği düşünülmektedir; bu nedenle, bir DNaz I duyarlılık analizi, genomun hangi bölgelerinin aktif gen içerme olasılığını belirlemek için genomikte yaygın olarak kullanılan bir metodolojidir.[6]
DNaz I Sekans Özgüllüğü[değiştir | kaynağı değiştir]
Son zamanlarda, DNaz I'in deneysel koşullara bağlı olabilen bazı dizi özgüllük seviyeleri gösterdiği bildirilmiştir.[7] Yüksek substrat spesifisitesine sahip diğer enzimlerin aksine, DNase I kesinlikle mutlak bir sekans spesifitesi ile ayrılmaz. Bununla birlikte, 3' uçlarında C veya G içeren bölgelerdeki bölünme daha az etkilidir.
Kaynakça[değiştir | kaynağı değiştir]
- ^ a b Entrez Gene: DNASE1 deoxyribonuclease I 26 Haziran 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. Erişim tarihi: 17 Nisan 2020
- ^ Samejima, K & Earnshaw, W.C. (2005). "Trashing the genome: the role of nucleases during apoptosis". Nat Rev Mol Cell Biol. (İngilizce) 6: 677–88. doi:10.1038/nrm1715.
- ^ "Impairment of neutrophil extracellular trap degradation is associated with lupus nephritis". Proc Natl Acad Sci U S A. 107 (21). 2010. ss. 9813-8.
- ^ "Mutation of DNASE1 in people with systemic lupus erythematosus". Nat. Genet. 28 (4). 2001. ss. 313-4.
- ^ "Recombinant human DNase I reduces the viscosity of cystic fibrosis sputum". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 87 (23). 1991. ss. 9188-92.
- ^ "High-resolution mapping and characterization of open chromatin across the genome". Cell. Cilt 132. 2008. ss. 311-322.
- ^ Koohy (26 Temmuz 2013). "Chromatin Accessibility Data Sets Show Bias Due to Sequence Specificity of the DNase I Enzyme". PLoS ONE. 8 (7). ss. e69853.