Bağlama (biyoloji): Revizyonlar arasındaki fark

Vikipedi, özgür ansiklopedi
Etkileşimli olarak geçmişe göz at
[kontrol edilmemiş revizyon][kontrol edilmemiş revizyon]
← Önceki sürümle aradaki farkSonraki sürümle aradaki fark →
İçerik silindi İçerik eklendi
GörselVikimetin
Aleynaozturkk (mesaj | katkılar)
19 değişiklik
Verilen bilgiler gerekli atıflar yapılmadan yazılmıştır.
Aleynaozturkk (mesaj | katkılar)
19 değişiklik
Bağlama (Ligasyon) işlemi için gerekli olan DNA Ligazlarının türleri gösterilmiş olup, türlerin sahip olduğu özellikler açıklanmıştır.
2. satır: 2. satır:
'''Bağlama''' veya '''ligasyon''', [[rekombinant DNA teknolojisi]]nde [[klonlama|klonlanacak]] [[gen]]i taşıyan [[DNA]] parçaları ile [[vektör]]ün bir [[enzim]] aracığılıyla birbirlerine bağlanması işlemine denir. Bu işlem için [[ligaz]] cinsi enzimler görev yapar. Örneğin, [[DNA ligaz|DNA Ligaz]] enzimi 1970'li yıllarda [[:en:I._Robert_Lehman|I. Robert Lehman]] ve ekibi tarafından saflaştırılmış ve karakterize edilmiştir<ref>{{Web kaynağı|url=https://www.jbc.org/article/S0021-9258(20)73504-0/fulltext|başlık=Insights into DNA Joining: I. Robert Lehman's Work on DNA Ligase|erişimtarihi=5 Aralık 2022|arşivurl=https://web.archive.org/web/20221205142531/https://www.jbc.org/article/S0021-9258(20)73504-0/fulltext|arşivtarihi=5 Aralık 2022|ölüurl=hayır}}</ref>.
'''Bağlama''' veya '''ligasyon''', [[rekombinant DNA teknolojisi]]nde [[klonlama|klonlanacak]] [[gen]]i taşıyan [[DNA]] parçaları ile [[vektör]]ün bir [[enzim]] aracığılıyla birbirlerine bağlanması işlemine denir. Bu işlem için [[ligaz]] cinsi enzimler görev yapar. Örneğin, [[DNA ligaz|DNA Ligaz]] enzimi 1970'li yıllarda [[:en:I._Robert_Lehman|I. Robert Lehman]] ve ekibi tarafından saflaştırılmış ve karakterize edilmiştir<ref>{{Web kaynağı|url=https://www.jbc.org/article/S0021-9258(20)73504-0/fulltext|başlık=Insights into DNA Joining: I. Robert Lehman's Work on DNA Ligase|erişimtarihi=5 Aralık 2022|arşivurl=https://web.archive.org/web/20221205142531/https://www.jbc.org/article/S0021-9258(20)73504-0/fulltext|arşivtarihi=5 Aralık 2022|ölüurl=hayır}}</ref>.


DNA ligazları, tüm organizmalarda [[DNA]]’nın onarımı ve kopyalanması için önemlidir. <ref>{{Akademik dergi kaynağı|url=https://www.jbc.org/article/S0021-9258(19)82019-7/abstract|başlık=DNA Ligases: Progress and Prospects *|tarih=26 Haziran 2009|sayı=26|dil=İngilizce|sayfalar=17365-17369|çalışma=Journal of Biological Chemistry|cilt=284|ad=Stewart|soyadı=Shuman|issn=0021-9258|pmid=19329793|doi=10.1074/jbc.R900017200}}</ref> Lehman ve ekibi tarafından yapılan çalışmalarda, DNA ligazlarının hücre içindeki birçok temel reaksiyonda kullanıldığı sonucuna varılmıştır. DNA ligazları; [[Okazaki parçaları|Okazaki fragmanlarının]] birleştirilmesinde, DNA'nın [[Nükleotit|nükleotid]] ve [[baz]] eksizyon onarımı sırasında, DNA zincirlerinin ve DNA segmentlerinin birleştirilmesinde rol almaktır. <ref>{{Akademik dergi kaynağı|url=https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0021925820735040|başlık=Insights into DNA Joining: I. Robert Lehman's Work on DNA Ligase|tarih=12 Ocak 2007|sayı=2|dil=İngilizce|sayfalar=e1-e3|çalışma=Journal of Biological Chemistry|cilt=282|ad=Nicole|soyadı=Kresge|issn=0021-9258|doi=10.1016/S0021-9258(20)73504-0|ad2=Robert D.|ad3=Robert L.|soyadı2=Simoni|soyadı3=Hill}}</ref> Tüm organizmalarda bulunmalarına rağmen, DNA ligazları çok çeşitli [[amino asit]] dizileri, moleküler boyutlar ve özellikler gösterir. DNA ligazları, ligaz-adenilat oluşumu için gerekli [[Substrat|substrata]] göre ATP'ye bağımlı ligazlar ve NAD+'ya bağımlı ligazlar olarak iki gruba ayrılmaktadır. Bilinen tüm ökaryotik hücresel DNA ligazları ATP'ye bağımlı olup, NAD+ gerekli DNA ligazları yalnızca prokaryotik organizmalarda bulunmuştur. <ref>{{Web kaynağı|url=https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35595095/|başlık=Fueling genome maintenance: On the versatile roles of NAD+ in preserving DNA integrity|yazarlar=Joanna A Ruszkiewicz, Alexander Bürkle, Aswin Mangerich|tanıtıcı=doi: 10.1016/j.jbc.2022.102037|tarih=2022}}</ref>
DNA ligazları, tüm organizmalarda [[DNA]]’nın onarımı ve kopyalanması için önemlidir. <ref>{{Akademik dergi kaynağı|url=https://www.jbc.org/article/S0021-9258(19)82019-7/abstract|başlık=DNA Ligases: Progress and Prospects *|tarih=26 Haziran 2009|sayı=26|dil=İngilizce|sayfalar=17365-17369|çalışma=Journal of Biological Chemistry|cilt=284|ad=Stewart|soyadı=Shuman|issn=0021-9258|pmid=19329793|doi=10.1074/jbc.R900017200}}</ref> Lehman ve ekibi tarafından yapılan çalışmalarda, DNA ligazlarının hücre içindeki birçok temel reaksiyonda kullanıldığı sonucuna varılmıştır. DNA ligazları; [[Okazaki parçaları|Okazaki fragmanlarının]] birleştirilmesinde, DNA'nın [[Nükleotit|nükleotid]] ve [[baz]] eksizyon onarımı sırasında, DNA zincirlerinin ve DNA segmentlerinin birleştirilmesinde rol almaktır. <ref>{{Akademik dergi kaynağı|url=https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0021925820735040|başlık=Insights into DNA Joining: I. Robert Lehman's Work on DNA Ligase|tarih=12 Ocak 2007|sayı=2|dil=İngilizce|sayfalar=e1-e3|çalışma=Journal of Biological Chemistry|cilt=282|ad=Nicole|soyadı=Kresge|issn=0021-9258|doi=10.1016/S0021-9258(20)73504-0|ad2=Robert D.|ad3=Robert L.|soyadı2=Simoni|soyadı3=Hill}}</ref> Tüm organizmalarda bulunmalarına rağmen, DNA ligazları çok çeşitli [[amino asit]] dizileri, moleküler boyutlar ve özellikler gösterir. DNA ligazları, ligaz-adenilat oluşumu için gerekli [[Substrat|substrata]] göre ATP'ye bağımlı ligazlar ve NAD+'ya bağımlı ligazlar olarak iki gruba ayrılmaktadır. Bilinen tüm ökaryotik hücresel DNA ligazları ATP'ye bağımlı olup, NAD+ gerekli DNA ligazları yalnızca prokaryotik organizmalarda bulunmuştur. <ref>{{Web kaynağı|url=https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35595095/|başlık=Fueling genome maintenance: On the versatile roles of NAD+ in preserving DNA integrity|yazarlar=Joanna A Ruszkiewicz, Alexander Bürkle, Aswin Mangerich|tanıtıcı=doi: 10.1016/j.jbc.2022.102037|tarih=2022}}</ref>

'''DNA Ligaz türleri'''

'''E.coli DNA ligazları'''

E. coli DNA ligazı, 671 [[Amino asit|amino asitten]] oluşan ve ''ligA'' tarafından kodlanan temel bir enzimdir. Çoğu prokaryotta olduğu gibi E. coli'deki DNA ligaz da, [[fosfodiester bağı]] oluşturmak için [[Nikotinamid adenin dinükleotit|Nikotinamid Adenin Dinükleotit]]’in (NAD) parçalanmasından elde edilen enerjiyi kullanır. <ref>{{Akademik dergi kaynağı|url=http://doi.wiley.com/10.1046/j.1365-2958.2000.01700.x|başlık=UvrD-dependent replication of rolling-circle plasmids in Escherichia coli|tarih=2000|sayı=1|dil=en|sayfalar=204–210|çalışma=Molecular Microbiology|cilt=35|ad=Claude|soyadı=Bruand|issn=0950-382X|doi=10.1046/j.1365-2958.2000.01700.x|ad2=S. Dusko|soyadı2=Ehrlich}}</ref> E. coli DNA ligazı, yapışkan uçlu DNA'daki iki bitişik DNA ipliğinin 5'-fosfat ve 3'-hidroksil arasında bir fosfodiester bağının oluşumunu katalize eder. Küt uçlu yüzeylerde çok fazla aktif değildir. E. coli DNA Ligaz, NAD'yi bir kofaktör olarak kullanır. E. coli DNA Ligazı, çeşitli sıcaklıklarda (4° C – 37° C) aktiftir ve böylece ısıyla aktivasyonu bloklanabilir. <ref>{{Web kaynağı|url=https://www.neb.com/products/m0205-e-coli-dna-ligase|başlık=E. coli DNA Ligase {{!}} NEB|erişimtarihi=2023-01-25|çalışma=www.neb.com}}</ref>

'''Bakteriofaj T4 DNA ligazları'''

Bakteriyofaj T4 DNA ligaz, moleküler biyoloji alanında rekombinant DNA moleküllerinin yapım sürecinde en yaygın olarak kullanılan ligaz türüdür. <ref>{{Akademik dergi kaynağı|url=https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22420853/|başlık=Structure, assembly, and DNA packaging of the bacteriophage T4 head|tarih=2012|sayfalar=119–153|çalışma=Advances in Virus Research|cilt=82|ad=Lindsay W.|soyadı=Black|issn=1557-8399|pmc=4365992|pmid=22420853|doi=10.1016/B978-0-12-394621-8.00018-2|ad2=Venigalla B.|soyadı2=Rao}}</ref> Genellikle bitişik nükleotitlerin 5'-fosfat ve 3'-hidroksil grupları arasında iki DNA sarmalının tamamlayıcı kohezif veya küt uçlara sahip DNA fragmanlarını birleştirebilir ve bir kofaktör olarak ATP’ye ihtiyaç duyar; NAD’a bağımlı değildir. <ref>{{Akademik dergi kaynağı|url=https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35458430/|başlık=The Beauty of Bacteriophage T4 Research: Lindsay W. Black and the T4 Head Assembly|tarih=2022-03-28|sayı=4|sayfalar=700|çalışma=Viruses|cilt=14|ad=Andreas|soyadı=Kuhn|issn=1999-4915|pmc=9026906|pmid=35458430|doi=10.3390/v14040700|ad2=Julie A.|soyadı2=Thomas}}</ref> In vivo, T4 DNA Ligaz, çift sarmallı DNA moleküllerindeki tek sarmallı çentiklerin sızdırmazlığını katalize eder. Enzim ayrıca, RNA'nın bir dubleks molekülde bir DNA veya RNA zincirine bağlanmasını da katalize eder ancak tek sarmallı nükleik asitleri bağlayamaz. T4 DNA ligaz inkübasyonu için en uygun sıcaklık ise 16 °C'dir. <ref>{{Akademik dergi kaynağı|url=https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28972188/|başlık=Understanding DNA replication by the bacteriophage T4 replisome|tarih=2017-11-10|sayı=45|sayfalar=18434–18442|çalışma=The Journal of Biological Chemistry|cilt=292|ad=Stephen J.|soyadı=Benkovic|issn=1083-351X|pmc=5682956|pmid=28972188|doi=10.1074/jbc.R117.811208|ad2=Michelle M.|soyadı2=Spiering}}</ref> <ref>{{Akademik dergi kaynağı|url=http://symposium.cshlp.org/content/33/333|başlık=Repair and Recombination in Phage T4 II. Genes Affecting UV Sensitivity|tarih=1968-01-01|dil=en|sayfalar=333–338|çalışma=Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology|cilt=33|ad=Marian W.|soyadı=Baldy|issn=0091-7451|pmid=4891973|doi=10.1101/SQB.1968.033.01.038}}</ref>

'''Termostabil DNA ligazları'''

Termostabil DNA Ligaz, çift sarmal DNA yapılarında bitişik 3'-hidroksil ve 5'-fosfat uçlarının NAD'ye bağlı ligasyonunu katalize eder. Termofilik bir bakteriden türetilen Ampligase DNA Ligaz, geleneksel DNA ligazlarından çok daha yüksek sıcaklıklarda stabil ve aktiftir. <ref>{{Web kaynağı|url=https://academic.oup.com/dnaresearch/article/20/4/375/354164|başlık=Thermostable DNA Ligase-Mediated PCR Production of Circular Plasmid (PPCP) and Its Application in Directed Evolution via In situ Error-Prone PCR|erişimtarihi=2023-01-25|çalışma=academic.oup.com}}</ref>

'''Memeli DNA Ligazları'''

Memeli DNA ligazları, mRNA kapatma enzimlerini ve RNA ligazlarını da içeren nükleotidil transferaz ailesinin üyeleridir. <ref>{{Akademik dergi kaynağı|url=http://dx.doi.org/10.1146/annurev.bi.61.070192.001343|başlık=MAMMALIAN DNA LIGASES|tarih=1992|sayı=1|sayfalar=251–281|çalışma=Annual Review of Biochemistry|cilt=61|ad=Tomas|soyadı=Lindahl|issn=0066-4154|doi=10.1146/annurev.bi.61.070192.001343|ad2=Deborah E.|soyadı2=Barnes}}</ref> İnsan hücrelerinde DNA ligazları LIG1 , LIG3 ve LIG4 olmak üzere üç gen tarafından kodlanır. Bu ligazlar; DNA ligaz I, DNA ligaz III ve DNA ligaz IV şeklinde adlandırılmıştır. Memeli DNA ligazları ATP'yi kofaktör olarak kullanırlar. DNA ligaz-adenilat ara ürününün oluşumu sırasında açık bir oluşumda düzenlenirken, tek sarmal çentiklerde meydana gelebilecek bitişik 3' hidroksil ve 5' fosfat uçlarıyla birleştiklerinde bir C-kelepçe yapısını benimserler. <ref>{{Akademik dergi kaynağı|url=https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378111913011219|başlık=Structure and function of the DNA ligases encoded by the mammalian LIG3 gene|tarih=2013-12-01|sayı=2|dil=en|sayfalar=150–157|çalışma=Gene|cilt=531|ad=Alan E.|soyadı=Tomkinson|issn=0378-1119|doi=10.1016/j.gene.2013.08.061|ad2=Annahita|soyadı2=Sallmyr}}</ref> <ref name=":0">{{Akademik dergi kaynağı|url=https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31630206/|başlık=Altered DNA ligase activity in human disease|tarih=2020-02-13|sayı=1|sayfalar=51–60|çalışma=Mutagenesis|cilt=35|ad=Alan E.|soyadı=Tomkinson|issn=1464-3804|pmc=7317150|pmid=31630206|doi=10.1093/mutage/gez026|ad2=Tasmin|ad3=Seema|soyadı2=Naila|soyadı3=Khattri Bhandari}}</ref>

# DNA ligazı I yalnızca çekirdekte işlev görür. Ligaz I, klasik bir nükleer lokalizasyon sinyaline sahiptir. <ref>{{Akademik dergi kaynağı|url=https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22918593/|başlık=DNA ligase I, the replicative DNA ligase|tarih=2012|sayfalar=327–341|çalışma=Sub-Cellular Biochemistry|cilt=62|ad=Timothy R. L.|soyadı=Howes|issn=0306-0225|pmc=3881551|pmid=22918593|doi=10.1007/978-94-007-4572-8_17|ad2=Alan E.|soyadı2=Tomkinson}}</ref> Memeli DNA ligaz I, E. coli ve T4 DNA ligazları gibi belirgin asimetrik bir yapıya sahiptir. <ref>{{Akademik dergi kaynağı|url=https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/11983065/|başlık=ATP-dependent DNA ligases|tarih=2002|sayı=4|sayfalar=REVIEWS3005|çalışma=Genome Biology|cilt=3|ad=Ina V.|soyadı=Martin|issn=1474-760X|pmid=11983065|doi=10.1186/gb-2002-3-4-reviews3005|ad2=Stuart A.|soyadı2=MacNeill}}</ref>
# DNA ligaz III hem çekirdekte hem de mitokondride işlev görür. DNA ligaz III, DNA'daki tek sarmal kırılmalarını verimli bir şekilde onarır, ancak küt uçlu birleştirme veya aşırı sarmal DNA'nın AMP'ye bağlı gevşemesini gerçekleştiremez. <ref>{{Akademik dergi kaynağı|url=https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26110316/|başlık=Alternative Okazaki Fragment Ligation Pathway by DNA Ligase III|tarih=2015-06-23|sayı=2|sayfalar=385–398|çalışma=Genes|cilt=6|ad=Hiroshi|soyadı=Arakawa|issn=2073-4425|pmc=4488670|pmid=26110316|doi=10.3390/genes6020385|ad2=George|soyadı2=Iliakis}}</ref> <ref>{{Akademik dergi kaynağı|url=https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/24013086/|başlık=Structure and function of the DNA ligases encoded by the mammalian LIG3 gene|tarih=2013-12-01|sayı=2|sayfalar=150–157|çalışma=Gene|cilt=531|ad=Alan E.|soyadı=Tomkinson|issn=1879-0038|pmc=3881560|pmid=24013086|doi=10.1016/j.gene.2013.08.061|ad2=Annahita|soyadı2=Sallmyr}}</ref>
# DNA ligaz IV de tıpkı DNA ligaz I gibi yalnızca çekirdekte işlev görür. DNA ligaz IV, DNA çift sarmallı kırılmaları onarmak için gerekli olan, homolog olmayan uç birleştirme mekanizmasının bir parçasıdır. <ref>{{Akademik dergi kaynağı|url=https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27717373/|başlık=DNA ligase IV syndrome; a review|tarih=2016-10-07|sayı=1|sayfalar=137|çalışma=Orphanet Journal of Rare Diseases|cilt=11|ad=Thomas|soyadı=Altmann|issn=1750-1172|pmc=5055698|pmid=27717373|doi=10.1186/s13023-016-0520-1|ad2=Andrew R.|soyadı2=Gennery}}</ref>

* DNA ligaz II, DNA ligaz III'ün proteolitik bozunmasıyla ortaya çıkan bir saflaştırma ürünüdür. DNA ligaz II, hücre çekirdeği ile sıkı bir şekilde ilişkilidir ve sadece tuz içeren tamponlar tarafından çözünür forma getirilir. DNA ligaz II genellikle memeli hücrelerinde ve dokularında DNA ligaz I’e kıyasla daha düşük bir aktivitasyon gösterir. <ref name=":0" />


== Ayrıca bakınız ==
== Ayrıca bakınız ==

Sayfanın 13.28, 25 Ocak 2023 tarihindeki hâli

Yapışkan uçların bağlanmasını gösteren bir çizim

Bağlama veya ligasyon, rekombinant DNA teknolojisinde klonlanacak geni taşıyan DNA parçaları ile vektörün bir enzim aracığılıyla birbirlerine bağlanması işlemine denir. Bu işlem için ligaz cinsi enzimler görev yapar. Örneğin, DNA Ligaz enzimi 1970'li yıllarda I. Robert Lehman ve ekibi tarafından saflaştırılmış ve karakterize edilmiştir[1].

DNA ligazları, tüm organizmalarda DNA’nın onarımı ve kopyalanması için önemlidir. [2] Lehman ve ekibi tarafından yapılan çalışmalarda, DNA ligazlarının hücre içindeki birçok temel reaksiyonda kullanıldığı sonucuna varılmıştır. DNA ligazları; Okazaki fragmanlarının birleştirilmesinde, DNA'nın nükleotid ve baz eksizyon onarımı sırasında, DNA zincirlerinin ve DNA segmentlerinin birleştirilmesinde rol almaktır. [3] Tüm organizmalarda bulunmalarına rağmen, DNA ligazları çok çeşitli amino asit dizileri, moleküler boyutlar ve özellikler gösterir. DNA ligazları, ligaz-adenilat oluşumu için gerekli substrata göre ATP'ye bağımlı ligazlar ve NAD+'ya bağımlı ligazlar olarak iki gruba ayrılmaktadır. Bilinen tüm ökaryotik hücresel DNA ligazları ATP'ye bağımlı olup, NAD+ gerekli DNA ligazları yalnızca prokaryotik organizmalarda bulunmuştur. [4]

DNA Ligaz türleri

E.coli DNA ligazları

E. coli DNA ligazı, 671 amino asitten oluşan ve ligA tarafından kodlanan temel bir enzimdir. Çoğu prokaryotta olduğu gibi E. coli'deki DNA ligaz da, fosfodiester bağı oluşturmak için Nikotinamid Adenin Dinükleotit’in (NAD) parçalanmasından elde edilen enerjiyi kullanır. [5] E. coli DNA ligazı, yapışkan uçlu DNA'daki iki bitişik DNA ipliğinin 5'-fosfat ve 3'-hidroksil arasında bir fosfodiester bağının oluşumunu katalize eder. Küt uçlu yüzeylerde çok fazla aktif değildir. E. coli DNA Ligaz, NAD'yi bir kofaktör olarak kullanır. E. coli DNA Ligazı, çeşitli sıcaklıklarda (4° C – 37° C) aktiftir ve böylece ısıyla aktivasyonu bloklanabilir. [6]

Bakteriofaj T4 DNA ligazları

Bakteriyofaj T4 DNA ligaz, moleküler biyoloji alanında rekombinant DNA moleküllerinin yapım sürecinde en yaygın olarak kullanılan ligaz türüdür. [7] Genellikle bitişik nükleotitlerin 5'-fosfat ve 3'-hidroksil grupları arasında iki DNA sarmalının tamamlayıcı kohezif veya küt uçlara sahip DNA fragmanlarını birleştirebilir ve bir kofaktör olarak ATP’ye ihtiyaç duyar; NAD’a bağımlı değildir. [8] In vivo, T4 DNA Ligaz, çift sarmallı DNA moleküllerindeki tek sarmallı çentiklerin sızdırmazlığını katalize eder. Enzim ayrıca, RNA'nın bir dubleks molekülde bir DNA veya RNA zincirine bağlanmasını da katalize eder ancak tek sarmallı nükleik asitleri bağlayamaz. T4 DNA ligaz inkübasyonu için en uygun sıcaklık ise 16 °C'dir. [9] [10]

Termostabil DNA ligazları

Termostabil DNA Ligaz, çift sarmal DNA yapılarında bitişik 3'-hidroksil ve 5'-fosfat uçlarının NAD'ye bağlı ligasyonunu katalize eder. Termofilik bir bakteriden türetilen Ampligase DNA Ligaz, geleneksel DNA ligazlarından çok daha yüksek sıcaklıklarda stabil ve aktiftir. [11]

Memeli DNA Ligazları

Memeli DNA ligazları, mRNA kapatma enzimlerini ve RNA ligazlarını da içeren nükleotidil transferaz ailesinin üyeleridir. [12] İnsan hücrelerinde DNA ligazları LIG1 , LIG3 ve LIG4 olmak üzere üç gen tarafından kodlanır. Bu ligazlar; DNA ligaz I, DNA ligaz III ve DNA ligaz IV şeklinde adlandırılmıştır. Memeli DNA ligazları ATP'yi kofaktör olarak kullanırlar. DNA ligaz-adenilat ara ürününün oluşumu sırasında açık bir oluşumda düzenlenirken, tek sarmal çentiklerde meydana gelebilecek bitişik 3' hidroksil ve 5' fosfat uçlarıyla birleştiklerinde bir C-kelepçe yapısını benimserler. [13] [14]

  1. DNA ligazı I yalnızca çekirdekte işlev görür. Ligaz I, klasik bir nükleer lokalizasyon sinyaline sahiptir. [15] Memeli DNA ligaz I, E. coli ve T4 DNA ligazları gibi belirgin asimetrik bir yapıya sahiptir. [16]
  2. DNA ligaz III hem çekirdekte hem de mitokondride işlev görür. DNA ligaz III, DNA'daki tek sarmal kırılmalarını verimli bir şekilde onarır, ancak küt uçlu birleştirme veya aşırı sarmal DNA'nın AMP'ye bağlı gevşemesini gerçekleştiremez. [17] [18]
  3. DNA ligaz IV de tıpkı DNA ligaz I gibi yalnızca çekirdekte işlev görür. DNA ligaz IV, DNA çift sarmallı kırılmaları onarmak için gerekli olan, homolog olmayan uç birleştirme mekanizmasının bir parçasıdır. [19]
  • DNA ligaz II, DNA ligaz III'ün proteolitik bozunmasıyla ortaya çıkan bir saflaştırma ürünüdür. DNA ligaz II, hücre çekirdeği ile sıkı bir şekilde ilişkilidir ve sadece tuz içeren tamponlar tarafından çözünür forma getirilir. DNA ligaz II genellikle memeli hücrelerinde ve dokularında DNA ligaz I’e kıyasla daha düşük bir aktivitasyon gösterir. [14]

Ayrıca bakınız

Kaynakça

  1. ^ "Insights into DNA Joining: I. Robert Lehman's Work on DNA Ligase". 5 Aralık 2022 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 5 Aralık 2022. 
  2. ^ Shuman, Stewart (26 Haziran 2009). "DNA Ligases: Progress and Prospects *". Journal of Biological Chemistry (İngilizce). 284 (26): 17365-17369. doi:10.1074/jbc.R900017200. ISSN 0021-9258. PMID 19329793. 
  3. ^ Kresge, Nicole; Simoni, Robert D.; Hill, Robert L. (12 Ocak 2007). "Insights into DNA Joining: I. Robert Lehman's Work on DNA Ligase". Journal of Biological Chemistry (İngilizce). 282 (2): e1-e3. doi:10.1016/S0021-9258(20)73504-0. ISSN 0021-9258. 
  4. ^ Joanna A Ruszkiewicz, Alexander Bürkle, Aswin Mangerich (2022). "Fueling genome maintenance: On the versatile roles of NAD+ in preserving DNA integrity". doi: 10.1016/j.jbc.2022.102037. 
  5. ^ Bruand, Claude; Ehrlich, S. Dusko (2000). "UvrD-dependent replication of rolling-circle plasmids in Escherichia coli". Molecular Microbiology (İngilizce). 35 (1): 204–210. doi:10.1046/j.1365-2958.2000.01700.x. ISSN 0950-382X. 
  6. ^ "E. coli DNA Ligase | NEB". www.neb.com. Erişim tarihi: 2023-01-25. 
  7. ^ Black, Lindsay W.; Rao, Venigalla B. (2012). "Structure, assembly, and DNA packaging of the bacteriophage T4 head". Advances in Virus Research. 82: 119–153. doi:10.1016/B978-0-12-394621-8.00018-2. ISSN 1557-8399. PMC 4365992 $2. PMID 22420853. 
  8. ^ Kuhn, Andreas; Thomas, Julie A. (2022-03-28). "The Beauty of Bacteriophage T4 Research: Lindsay W. Black and the T4 Head Assembly". Viruses. 14 (4): 700. doi:10.3390/v14040700. ISSN 1999-4915. PMC 9026906 $2. PMID 35458430. 
  9. ^ Benkovic, Stephen J.; Spiering, Michelle M. (2017-11-10). "Understanding DNA replication by the bacteriophage T4 replisome". The Journal of Biological Chemistry. 292 (45): 18434–18442. doi:10.1074/jbc.R117.811208. ISSN 1083-351X. PMC 5682956 $2. PMID 28972188. 
  10. ^ Baldy, Marian W. (1968-01-01). "Repair and Recombination in Phage T4 II. Genes Affecting UV Sensitivity". Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology (İngilizce). 33: 333–338. doi:10.1101/SQB.1968.033.01.038. ISSN 0091-7451. PMID 4891973. 
  11. ^ "Thermostable DNA Ligase-Mediated PCR Production of Circular Plasmid (PPCP) and Its Application in Directed Evolution via In situ Error-Prone PCR". academic.oup.com. Erişim tarihi: 2023-01-25. 
  12. ^ Lindahl, Tomas; Barnes, Deborah E. (1992). "MAMMALIAN DNA LIGASES". Annual Review of Biochemistry. 61 (1): 251–281. doi:10.1146/annurev.bi.61.070192.001343. ISSN 0066-4154. 
  13. ^ Tomkinson, Alan E.; Sallmyr, Annahita (2013-12-01). "Structure and function of the DNA ligases encoded by the mammalian LIG3 gene". Gene (İngilizce). 531 (2): 150–157. doi:10.1016/j.gene.2013.08.061. ISSN 0378-1119. 
  14. ^ a b Tomkinson, Alan E.; Naila, Tasmin; Khattri Bhandari, Seema (2020-02-13). "Altered DNA ligase activity in human disease". Mutagenesis. 35 (1): 51–60. doi:10.1093/mutage/gez026. ISSN 1464-3804. PMC 7317150 $2. PMID 31630206. 
  15. ^ Howes, Timothy R. L.; Tomkinson, Alan E. (2012). "DNA ligase I, the replicative DNA ligase". Sub-Cellular Biochemistry. 62: 327–341. doi:10.1007/978-94-007-4572-8_17. ISSN 0306-0225. PMC 3881551 $2. PMID 22918593. 
  16. ^ Martin, Ina V.; MacNeill, Stuart A. (2002). "ATP-dependent DNA ligases". Genome Biology. 3 (4): REVIEWS3005. doi:10.1186/gb-2002-3-4-reviews3005. ISSN 1474-760X. PMID 11983065. 
  17. ^ Arakawa, Hiroshi; Iliakis, George (2015-06-23). "Alternative Okazaki Fragment Ligation Pathway by DNA Ligase III". Genes. 6 (2): 385–398. doi:10.3390/genes6020385. ISSN 2073-4425. PMC 4488670 $2. PMID 26110316. 
  18. ^ Tomkinson, Alan E.; Sallmyr, Annahita (2013-12-01). "Structure and function of the DNA ligases encoded by the mammalian LIG3 gene". Gene. 531 (2): 150–157. doi:10.1016/j.gene.2013.08.061. ISSN 1879-0038. PMC 3881560 $2. PMID 24013086. 
  19. ^ Altmann, Thomas; Gennery, Andrew R. (2016-10-07). "DNA ligase IV syndrome; a review". Orphanet Journal of Rare Diseases. 11 (1): 137. doi:10.1186/s13023-016-0520-1. ISSN 1750-1172. PMC 5055698 $2. PMID 27717373. 
"https://tr.wikipedia.org/w/index.php?title=Bağlama_(biyoloji)&oldid=29128794" sayfasından alınmıştır