Dendrogram: Revizyonlar arasındaki fark
"Dendrogram" sayfasının çevrilmesiyle oluşturuldu. Etiketler: İçerik Çevirmeni [Çevirmeni 2] |
(Fark yok)
|
Sayfanın 06.25, 29 Aralık 2020 tarihindeki hâli
Bir dendrogram, bir ağacı temsil eden bir diyagramdır. Bu şekilsel gösterim, farklı bağlamlarda sıklıkla kullanılır:
- hiyerarşik kümelemede, ilgili analizler tarafından üretilen kümelerin düzenini gösterir.[4]
- hesaplamalı biyolojide, genlerin veya örneklerin kümelenmesini, bazen ısı haritalarının (yoğunluk haritalarının) kenarlarında gösterir.[5]
- filogenetikte, çeşitli biyolojik taksonlar arasındaki evrimsel ilişkileri gösterir. Bu durumda, dendrograma filogenetik ağaç da denir.[6]
Dendrogram, Grekçe: δένδρον (déndron) "ağaç" anlamına gelen ve Grekçe: γράμμα (grámma) "çizim, matematiksel şekil" anlamına gelen iki antik yunan kelimesinden türemiştir.[7] [8]
Kümeleme örneği
Kümeleme örneği için, beş taksonun ('dan 'ye) UPGMA tarafından genetik uzaklık matrisine göre kümelenmiştir. Hiyerarşik kümeleme dendrogramı, ilk verileri temsil eden beş düğümden oluşan bir sütun gösterecektir (burada ayrı taksonlar) ve geri kalan düğümler, mesafeyi (yani farklılığı) temsil eden oklarla birlikte verilerin ait olduğu kümeleri temsil eder. Birleştirilmiş kümeler arasındaki mesafe tekdüzedir ve birleşme düzeyiyle birlikte artar: arsadaki her bir düğümün yüksekliği, iki bağ (ilişki) arasındaki gruplararası farklılığın değeriyle orantılıdır (sağdaki düğümler, tümü sıfır yükseklikte işaretlenmiş olan bireysel gözlemleri temsil eder.).
Ayrıca bakınız
- Cladogram
- Soyoluşta uzaklık matrisleri
- Hiyerarşik kümeleme
- Dendrogramları çizmek için ücretsiz bir yazılım olan MEGA
- yEd, dendrogramları çizmek ve otomatik olarak düzenlemek için ücretsiz bir yazılım
Kaynakça
Alıntılar
- ^ "Phylogenetic inference". Molecular Systematics, 2nd edition. Sunderland, MA: Sinauer. 1996. ss. 407–514. ISBN 9780878932825.
- ^ "Global Diversity of Sponges (Porifera)". PLOS One. 7 (4): e35105. 2012. doi:10.1371/journal.pone.0035105. PMC 3338747 $2. PMID 22558119.
- ^ Woese (1990). "Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya" (PDF). Proc Natl Acad Sci USA. 87 (12): 4576–4579. doi:10.1073/pnas.87.12.4576. PMC 54159 $2. PMID 2112744.
- ^ Dictionary of Statistics. Cambridge, UK: Cambridge University Press. 1998. s. 96. ISBN 0-521-59346-8.
- ^ Wilkinson (May 2009). "The History of the Cluster Heat Map". The American Statistician. 63 (2): 179–184. doi:10.1198/tas.2009.0033.
- ^ "Phylogenetic tree (biology)". Encyclopedia Britannica (İngilizce). Erişim tarihi: 2018-10-22.
- ^ Abrégé du dictionnaire grec français. Paris: Hachette. 1981-01-01. ISBN 2010035283. OCLC 461974285.
- ^ "Greek-french dictionary online". www.tabularium.be. Erişim tarihi: October 20, 2018.
Kaynaklar
Dış bağlantılar
- İris dendrogramı - Gerçek tür kategorisine karşı "tam" yöntemini kullanarak hiyerarşik kümelemeden 3 kümeyi görselleştirmek için bir dendrogram kullanma örneği (R kullanarak).