İçeriğe atla

Haplogrup: Revizyonlar arasındaki fark

Vikipedi, özgür ansiklopedi
Etkileşimli olarak geçmişe göz at
[kontrol edilmiş revizyon][kontrol edilmiş revizyon]
← Önceki sürümle aradaki farkSonraki sürümle aradaki fark →
İçerik silindi İçerik eklendi
GörselVikimetin
Ömer Berkay (mesaj | katkılar)
Devriyeler
24.042 değişiklik
ekleme
Ömer Berkay (mesaj | katkılar)
Devriyeler
24.042 değişiklik
209. satır: 209. satır:
Pre-JT- Arose in the Levant (modern Lebanon area), found in 25% frequency in Bedouin poupulations; branch JT (branch J; branch T)- North, Eastern Europe, Indus, Mediterranean
Pre-JT- Arose in the Levant (modern Lebanon area), found in 25% frequency in Bedouin poupulations; branch JT (branch J; branch T)- North, Eastern Europe, Indus, Mediterranean


U- High frequency in West Eurasia, Indian sub-continent, and Algeria, found from India to the Mediterranean and to the rest of Europe; U5 in particular shows high frequency in Scandinavia and Baltic countries with the highest frequency in the [[Sami people]].-->
U- High frequency in West Eurasia, Indian sub-continent, and Algeria, found from India to the Mediterranean and to the rest of Europe; U5 in particular shows high frequency in Scandinavia and Baltic countries with the highest frequency in the [[Sami people]].

==Overlap between y-haplogroups and mt-haplogroups==
The ranges of specific y-haplogroups and specific mt-haplogroups overlap, indicating
populations that have a specific combination of a y-haplogroup and an mt-haplogroup.
Y mutations and mt mutations do not necessarily occur at a similar time, and
differential rates of sexual selection between the two genders combined with [[founder effect]] and [[genetic drift]] can alter the haplogroup composition of a population, so the overlaps are only rough.

The very rough overlaps between Y-DNA haplogroups and mtDNA haplogroups are as follows:

{| class="wikitable"
|-
! Y-DNA haplogroup(s)
! mtDNA haplogroup(s)
! Geographical area and/or peoples
|-
| A
| L0
| Eastern and Southern Africa
|-
| B
| L1, L4
| Eastern and Middle Africa
|-
| E
| L2, L3
| Africa wide
|-
| D, O, N, C2 (formerly known as C3)
| CZ/C/Z, D, G (M types); A, N9/Y (N types); B, F (R types)
| East Asia, Siberia
|-
| K2b1, C1 (formerly known as CxC3), PxQR (In Timor and the Negritos of the Philippines)
| B, P (R types); N; Q (M type) as well as various Oceanian-specific M subclades
| Oceania
|-
| R, I, T, J, E (V13, M81, and M123 types)
| R0, HV/H/V, JT/J/T, U/K (R types)
| Europe, West Asia, North Africa, Horn of Africa
|-
| H, R1a-z93, R2, L
| U2, U7 other subclades of R, subclades of M.
| South Asia
|-
| Q, C2 (formerly known as C3)
| A, X (N types); C, D (M types)
| Easternmost Siberia, the Americas
|}

==Y-chromosome and MtDNA geographic haplogroup assignation==
Here is a list of Y-chromosome and MtDNA geographic haplogroup assignation proposed by Bekada et al. 2013.<ref>Bekada A, Fregel R, Cabrera VM, Larruga JM, Pestano J, et al. (2013) [http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0056775 Introducing the Algerian Mitochondrial DNA and Y-Chromosome Profiles into the North African Landscape]" ''PLoS ONE'' 8(2) e56775. {{DOI|10.1371/journal.pone.0056775}}, Table 9. Table S9.-MtDNA and Y-chromosome geographic haplogroup assignation</ref>

===Y-chromosome===
According to SNPS haplogroups which are the age of the first extinction event tend to be around 45–50 kya. Haplogroups of the second extinction event seemed to diverge 32–35 kya according to mal'ta. The ground zero extinction event appears to be Toba during which haplogroup CDEF* appeared to diverge into C, DE and F. C and F have almost nothing in common while D and E have plenty in Common, extinction event #1 according to current estimates occurred after Toba, although older ancient dna could push ground zero extinction event to long before Toba, and push the First extinction event here back to Toba. Haplogroups with extinction event notes by them have a dubious origin and this is because extinction events lead to severe bottlenecks, so all notes by these groups are just guesses. Note that the SNP counting of ancient DNA can be highly variable meaning that even though all these groups diverged around the same time no one knows when.<ref>{{cite web|title=Common genetic ancestors lived during
roughly same time period|date=1 Aug 2013|url=http://phys.org/news/2013-08-common-genetic-ancestors-roughly-period.html|accessdate=23 Jan 2015}}</ref><ref>{{cite web|title=Upper Palaeolithic Siberian genome reveals dual ancestry of Native Americans|date=2 Jan 2014|journal=Nature|url=http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7481/full/nature12736.html|accessdate=23 Jan 2015}}</ref>
{| class="wikitable sortable" style="text-align:center; font-size: 100%"; border="1"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Origin'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Haplogroup'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Marker'''
|-
| Europe||E1b1b1a2||V13
|-
| Europe (Second Extinction Event?)||I||M170, M253, P259, M227, M507
|-
| Europe||I1b||P215,M438, P37.2, M359, P41.2
|-
| Europe||I1b2||M26
|-
| Europe||I1c||M223, M284, P78, P95
|-
| Europe||J2a1||M47
|-
| Europe||J2a2||M67, M166
|-
| Europe||J2a2a||M92
|-
| Europe||J2b||M12,M102, M280, M241
|-
| Europe||R1b1b1a||M412, P310
|-
| Europe||R1b1b1a1||L11
|-
| Europe||R1b1b1a1a||U106
|-
| Europe||R1b1b1a1b||U198, P312, S116
|-
| Europe||R1b1b1a1b1||U152
|-
| Europe||R1b1b1a1b2||M529
|-
| Europe||R1b1b1a1b3,4||M65, M153
|-
| Europe||R1b1b1a1b5||SRY2627
|-
| South Asia or Melanesia||C1(formerly known as CxC3)||Z1426
|-
| North Asia||C2 (formerly known as C3)||M217+
|-
| Indonesia or South Asia (First Extinction Event?)||F ||M89, M282
|-
| Europe (Caucasus) (Second Extinction Event?)||G||M201, M285, P15, P16, M406
|-
| South Asia||H||M69, M52, M82, M197, M370
|-
| Europe or Middle East (Second Extinction Event?)||J1||M304, M267, P58, M365, M368, M369
|-
| Europe or Middle East (Second Extinction Event?)||J2||M172, M410, M158, M319, DYS445=6, M339, M340
|-
| West of Burma in Eurasia (First Extinction Event?)<ref>http://www.nature.com/ejhg/journal/vaop/ncurrent/full/ejhg2014106a.html</ref>||K ||M9, M184
|-
| Indonesia (First Extinction Event?) <ref>http://www.nature.com/ejhg/journal/vaop/ncurrent/full/ejhg2014106a.html</ref>||K2 (NOPS) ||M526
|-
| South Asia||L||M11, M20, M27, M76, M317, M274, M349, M357
|-
| East Asia, South East Asia||N||M231, M214, LLY22g, Tat, M178
|-
|East Asia, South East Asia, South Asia (Second Extinction Event?)||O||M175, M119
|-
| Indonesia,Philippines (First Extinction Event?)||P (xQR) ||92R7, M207, M173, M45
|-
| South Asia, Siberia (Second Extinction Event?)||R and Q (QR) split <ref>http://www.nature.com/ejhg/journal/vaop/ncurrent/full/ejhg2014106a.html</ref>||MEH2, M242, P36.2, M25, M346
|-
| Middle East, Europe, Siberia,South Asia||R1a1||M420, M17, M198, M204, M458
|-
|Anatolia, South East Europe ?||R1b||M173, M343, P25, M73
|-
| Europe ||R1b1b||M269
|-
| Europe ||R1b1b1||L23
|-
| Pakistan, India (Second Extinction Event?) ||R2||M479, M124
|-
| Middle East||T||M70
|-
| North Africa||E1b1b1a||M78
|-
| North Africa||E1b1b1a1||V12
|-
| North Africa||E1b1b1a1b||V32
|-
| North Africa||E1b1b1a3||V22
|-
| North Africa||E1b1b1a4||V65
|-
| North Africa||E1b1b1b||M81
|-
| West Africa, North Africa||A||M91, M13
|-
| East Africa||B||M60, M181, SRY10831.1, M150, M109, M112
|-
| Asia, Africa||DE||M1, YAP, M174, M40, M96, M75, M98
|-
| East Asia,||D||M174
|-
| East Africa (Ancestor Split from E1b1a being second extinction event)||E1b1b1 ||M35
|-
| East Africa||E1b1b1c||M123, M34
|-
| West Africa (First Extinction Event?)||E1a ||M33
|-
| East Africa (First Extinction Event is the split between E1b1 and E1a, second extinction event is the split between E1b1b and E1b1a)||E1b1||P2, M2, U175, M191
|-
| Middle East||R1b1a||V88, M18
|-
|}

===mtDNA===
{| class="wikitable sortable" style="text-align:center; font-size: 100%"; border="1"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Origin'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Haplogroup'''
|-
| Europe||H1
|-
| Europe||H11a
|-
| Europe||H1a
|-
| Europe||H1b
|-
| Europe||H2a
|-
| Europe||H3
|-
| Europe||H5a
|-
| Europe||H6a
|-
| Europe||H7
|-
| Europe||HV0/HV0a/V
|-
| Europe||I4
|-
| Europe||J1c7
|-
| Europe||J2b1
|-
| Europe||T2b*
|-
| Europe||T2b4
|-
| Europe||T2e
|-
| Europe||U4c1
|-
| Europe||U5*
|-
| Europe||U5a
|-
| Europe||U5a1b1
|-
| Europe||U5b*
|-
| Europe||U5b1b*
|-
| Europe||U5b1c
|-
| Europe||U5b3
|-
| Europe||X2c'e
|-
| Middle East|| I
|-
| Middle East||A
|-
| Middle East||B
|-
| Middle East||C/Z
|-
| Middle East||D/G/M9/E
|-
| Middle East||F
|-
| Middle East||H*
|-
| Middle East||H13a1
|-
| Middle East||H14a
|-
| Middle East||H20
|-
| Middle East||H2a1
|-
| Middle East||H4
|-
| Middle East||H6b
|-
| Middle East||H8
|-
| Middle East||HV1
|-
| Middle East||I1
|-
| Middle East||J / J1c / J2
|-
| Middle East||J1a'b'e
|-
| Middle East||J1b1a1
|-
| Middle East||J1b2a
|-
| Middle East||J1d / J2b
|-
| Middle East||J1d1
|-
| Middle East||J2a
|-
| Middle East||J2a2a1
|-
| Middle East||K*
|-
| Middle East||K1a*
|-
| Middle East||K1b1*
|-
| Middle East||N1a*
|-
| Middle East||N1b
|-
| Middle East||N1c
|-
| Middle East||N2
|-
| Middle East||N9
|-
| Middle East||R*
|-
| Middle East||R0a
|-
| Middle East||T
|-
| Middle East||T1*
|-
| Middle East||T1a
|-
| Middle East||T2
|-
| Middle East||T2c
|-
| Middle East||T2i
|-
| Middle East||U1*
|-
| Middle East||U2*
|-
| Middle East||U2e
|-
| Middle East||U3*
|-
| Middle East||U4
|-
| Middle East||U4a*
|-
| Middle East||U7
|-
| Middle East||U8*
|-
| Middle East||U9a
|-
| Middle East||X
|-
| Middle East||X1a
|-
| Middle East||X2b1
|-
| North Africa||L3e5
|-
| North Africa||M1
|-
| North Africa||M1a1
|-
| North Africa||U6a
|-
| North Africa||U6a1'2'3
|-
| North Africa||U6b'c'd
|-
| East Africa||L0*
|-
| East Africa||L0a1
|-
| East Africa||L0a1b
|-
| East Africa||L0a2*
|-
| East Africa||L3c/L4/M
|-
| East Africa||L3d1a1
|-
| East Africa||L3d1d
|-
| East Africa||L3e1*
|-
| East Africa||L3f*
|-
| East Africa||L3h1b*
|-
| East Africa||L3i*
|-
| East Africa||L3x*
|-
| East Africa||L4a'b*
|-
| East Africa||L5*
|-
| East Africa||L6
|-
| East Africa||N* / M* / L3*
|-
| West Africa||L1b*
|-
| West Africa||L1b3
|-
| West Africa||L1c*
|-
| West Africa||L1c2
|-
| West Africa||L2*
|-
| West Africa||L2a
|-
| West Africa||L2a1*
|-
| West Africa||L2a1a2'3'4
|-
| West Africa||L2a1b
|-
| West Africa||L2a1b'f
|-
| West Africa||L2a1c1'2
|-
| West Africa||L2a1(16189)
|-
| West Africa||L2a2
|-
| West Africa||L2b*
|-
| West Africa||L2c1'2
|-
| West Africa||L2d
|-
| West Africa||L2e
|-
| West Africa||L3b
|-
| West Africa||L3b1a3
|-
| West Africa||L3b(16124!)
|-
| West Africa||L3b2a
|-
| West Africa||L3d*
|-
| West Africa||L3e2'3'4
|-
| West Africa||L3f1b*
|-
|}-->


== Kaynakça ==
== Kaynakça ==

Sayfanın 12.22, 21 Haziran 2015 tarihindeki hâli

Haplogrup (Şablon:Dil-el, haploûs, "onefold, tekli, saf"), benzer haplotip gruplarının tümünde ortak atadan gelen aynı tek nükleotid polimorfizmi (SNP) mutasyonuna sahip gen serilerinin oluşturduğu grup. Bir haplogrup benzer haplotiplerden oluşur ve bu sayede bir haplogrubu haplotiplerinden tahmin etmek mümkündür. SNP testi bir haplogrubu doğrular. Haplogruplar harflerle adlandırılır. örneğin R1b1 çeşitli sayı ve harf kombinasyonlarından oluşur. Y kromozomu ve mitokondriyal DNA haplogrupları farklı haplogrupları temsil eder. Haplogrupların oluşumları binlerce yıl öncesine dayanmaktadır.[1]

İnsan genetiğinde, Y kromozomu (Y-DNA) haplogrupları ve mitokondriyal DNA (mtDNA) haplogruplarının her ikiside farklı haplogrupları tanımlamak için kullanılır. Y kromozomu sadece erkekte bulunduğundan bu kromozomun haplogrupları babadan oğula düzenli bir şekilde geçerken, X kromozomu hem dişide hem erkekte de bulunduğundan mitokondriyal DNA halpogrupları anneden yavruya aktarılır. Böylece ne Y-DNA ne de mtDNA genetik içeriği mutasyonlar dışında değişmez.

Haplogrup oluşumu

Mitokondri, ökaryotik yapıdaki hücrelerin sitoplazmasında bulunan bir organeldir. Bunların temel amacı hücreye enerji sağlamaktır. Mitokondri yapısında dairesel yapıda DNA molekülleri içerir. Buna mitokodonriyal DNA ismi verilir. Bir insanın DNA'sının ezici çoğunluğunu hücrenin çekirdeğinde bulunan kromozomlar oluştururken, mitokondri sadece bir istisnadır.

Birey kendi sitoplazmasını ve sitoplazma içerisinde bulunan organelleri yumurta hücresinden alır; spermin sahip olduğu mitokondri oosit içinde eridiğinden mtDNA anneden yavruya direkt aktarılır. Mitokondri üzerinde herhangi bir mutasyon meydana geldiğinde bu mutasyon anne soyundan gelmiş olur.

İnsan Y kromozomu erkeğe özgü bir eşey kromozomu olup; bir Y kromozomu bireyin tüm morfolojik özelliklerini oluşturacaktır. Y kromozomları hücre çekirdeğinde yer alan ve X kromozomu ile eşleştirilmiş olmasına rağmen, sadece Y kromozomunun uç noktası X kromozomu ile homolog olup; Y kromozomunun kalan %95'i ile homolog değildir. Bu nedenle Y kromozomu ve içinde ortaya çıkan mutasyonlar direkt babadan oğla geçer. Örneğin yapışık parmaklılık, kıllı kulak ve balık pulluluk Y kromozomunun homolog olmayan kısmından taşınan hastalıklardır. Y kromozomu mtDNA ile aynı özgü özellikleri paylaşırlar.

Diğer kromozomlar, kadınlardaki X kromozomu ve otozomlar, mayoz bölünme sırasında (krossing over sonucu gen değişimi) kendi genetik metaryellerini paylaşır. Bu şekilde genetik metaryal her nesilde daha da karışır, bu nedenle herhangi bir yeni mutasyon evebeynlerden çocuklara rastgele geçer.

Kaynakça

  1. ^ The International Society of Genetic Genealogy see Haplogroup definition in DNA--NEWBIE GLOSSARY [1]

Dış bağlantılar

Genel

Haberler

DNA haplogrupları

Y-Chromosome - *http://www.scs.uiuc.edu/~mcdonald/WorldHaplogroupsMaps.pdf

Y kromozomu DNA haplogrupları

Mitokondriyal DNA haplogrupları

Yazılım

"https://tr.wikipedia.org/w/index.php?title=Haplogrup&oldid=15705217" sayfasından alınmıştır