Lynn Margulis (5 Mart 1938 - 22 Kasım 2011) Amerikalı biyolog, taksonomist, bakteriyolog ve kuramcıdır. Aynı zamanda toplum tarafından bilim yazarı ve eğitimci olarak tanınır. En önemli savunusu yaşamın tarihinde iki ya da daha fazla soyun ortak yaşam (simbiyoz) ile bir araya geldiğini anlatan "evrimde ortak yaşam" fikridir. Margulis, ökayotların atalarının prokaryotların simbiyozuna dayandığını öne süren endosimbiyoz kuramını geliştirmiştir. Ayrıca İngiliz kimyager James Lovelock ile birlikte Gaia Hipotezi'ni geliştirmişlerdir. Hipotez, Dünya'nın kendi kendini düzenleyen tekli bir sistem olduğunu önermektedir.
