Kullanıcı mesaj:Ibra~28/Protein-ligand-yerlestirme-taslak
Protein-Ligang Yerleştirmesi
Protein-Ligand yerleştirme, bir moleküler modelleme tekniğidir. Protein-Ligand yerleştirilmesindeki amaç pozisyon ve yönlendirme tahmini yapmaktadır [1] ligand (küçük molekül) bağlı reseptör veya enzim protein. İlaç araştırma amaçlı çeşitli yerleştirme teknikleri kullanılır ve daha da önemlisi muhtemel ilaç aday kimyasallarını büyük veritabanlarından sanal görüntüleme olarak seçmek için kullanabilir.
Çeşitli protein-Ligand yerleştirme yazılım uygulamaları kullanılabilir, örneğin AutoDock, rDock (ücretsiz ve açık kaynak) veya EADock. Ayrıca web server olarak (Molecular Docking Server, SwissDock küçük moleküllerin protein ile etkişiminlerinde geometri ve enerji hesaplamaları yapan siteleridir.
Protein Esnekliği[kaynağı değiştir]
Hesaplamalı kapasite, bilgisayar destekli ilaç tasarımında daha sofistite ve yoğun hesaplama gerektiren yöntemlerin kullanımını münkün kılarak son on yılda önemli ölçüde artmıştır.[1] Ancak, yerleştirme metodolojilerinde resoptör esnekliği hala zorlu bir bir konudur. Bu zorluğun temel nedeni ise serbestlik aşamasında meydana gelen çok sayıda hesaplamadır ve göz önünde tutulmalıdır. Ancak, bu ihmal kötü yerleştirme sonuçlara yol açarak gerçeklikten uzaklaştırır.[2]
Ayrıca Bakınız[kaynağı değiştir]
Dış Bağlantılar[kaynağı değiştir]
Yerleştirme yazılımı genel dağıtımı
- AutoDock and MGLTools on Debian
Genel ligand-protein bağlanma veritabanı
- Kapsamlı ligand-protein etkileşim veritabanı (İngilizce) BioLiP
Kaynakça[kaynağı değiştir]
- ^ a b http://www.intechopen.com/books/protein-engineering-technology-and-application/protein-protein-and-protein-ligand-docking
- ^ Cerqueira NM, Fernandes PA, Eriksson LA, Ramos MJ (July 2009). "MADAMM: A multistaged docking with an automated molecular modeling protocol". Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. 74 (1): 192–206. doi:10.1002/prot.22146. PMID 18618708.
- Bu makale Wikipedia Protein-Ligand docking İngilizce makalesinden (23 Ekim 2015) alınarak türkçeleştirilmiştir.
Katogori:Moleküler Modelleme Katagori:Hesaplamalı Kimya Katagori:Kimya İnformatik