Fenerbahçe Voleybol Takımı 1998-99 sezonunda Türkiye Erkekler Voleybol Ligi'nde mücadele etti. Normal sezonu sekizinci sırada bitiren takım play-off çeyrek finalinde Netaş'a elendi. Türkiye Kupası'nda ise Erdemirspor'a elendi.
Turnuvada, Sökespor şampiyon, Arçelik ikinci, Ziraat Bankası üçüncü, Fenerbahçe dördüncü ve SSK beşinci oldu.
Olimpizm Kupası
Türkiye Milli Olimpiyat Komitesi'nin 90. yılı kuruluş etkinlikleri çerçevesinde düzenlenen Olimpizm Kupası'nda yeni sayı ve set kuralları (setleri 25 sayıya ulaşanların kazanması) Türkiye'de ilk kez uygulandı. Turnuvada Fenerbahçe ikinci oldu.
Son iki sırada yeralan Beşiktaş ve Petrolofisi küme düştüler.
Play-off
Tarih
Yer
Tur
Rakip
Sonuç
Setler
08-05-1999
İstanbul
Birinci Tur
Marmara Koleji
3-0
25-20, 25-21, 25-21
10-05-1999
İstanbul
Birinci Tur
Marmara Koleji
3-0
15-05-1999
İstanbul
Çeyrek final
Netaş
0-3
16-05-1999
İstanbul
Çeyrek final
Netaş
2-3
Normal sezonu ilk dört sırada bitiren takımlar doğrudan çeyrek finale kalırken, beşincilik ve on ikincilik arasında yeralan takımlar birinci turda karşılaştılar. Klasmanda sekizinci sırada yeralan Fenerbahçe dokuzuncu Marmara Koleji ile eşleşti. İki takım da normal sezonda birbirlerine karşı birer galibiyet aldıkları için seri 1-1 başladı. Sarı-lacivertliler iki maçı da kazanarak seride 3-1'lik üstünlük sağladı ve çeyrek finalde normal sezonun lideri Netaş ile karşılaştı. Seriye 1-0 geride başlayan Fenerbahçe iki maçta da yenilerek 3-0 ile elendi.