Fenerbahçe (futbol takımı) 1916-17 sezonu, Fenerbahçe'nin tarihindeki 11. sezonudur. Bu sezonda Fenerbahçe, İstanbul Ligi'nde (Cuma Ligi) mücadele etti ve üçüncü oldu.
Fenerbahçe'nin özel maçlarda karşılaştığı Alman ve Avusturya ordu karmaları, Osmanlı Devleti'nin I. Dünya Savaşı (1914-1918) sırasında müttefiki olan bu iki ülkenin başkent İstanbul'daki destek birliklerinin mensuplarından oluşmaktaydı.