1. FC Union Berlin, 1966 yılında Berlin'in Köpenick bölgesinde kurulan bir futbol takımıdır. Kulüp her ne kadar 1966 yılında kurulsa da, takım 1906 yılında kurulan FC Olympia Oberschöneweide takımının devamı olarak kabul edilmektedir.
Bugünkü takımın öncü kulüplerinin ilki olan FC Olympia Oberschöneweide, 17 Haziran 1906 tarihinde üç küçük, yerel takımın birleşmesi ile Berlin'in mahallerinden biri olan Oberschöneweide'de kurulmuştur. İlk zamanları takım oyuncularının hepsinin öğrenci olması münasebetiyle, kuruluşunda bir ay sonra BTuFC Helgoland 1897 takımın genç takımı olarak onların bünyesine dahil oldular. Helgoland takımının yaşadığı sportif başarısızlıklar neticesinde bu takımdan ayrılarak 1905 yılının şampiyon takımı olan BTuFC Union 1892 takımı ile birlikteliğe gidildi. Burada bu takımın dördüncü takımı olarak sahalara çıkan futbolcular 1907-1908 sezonunda Berlin Futbol Birliği'nin en alt liginde şampiyon olarak ilk başarılarına imza attılar. 1909 yılında ana kulüpten ayrılan takım, artık kendi ayakları üzerine durmayı düşünmekteydi. İyi niyet göstergesi ve bir teşekkür olarak oyuncular bağlı bulundukları son kulübün ismini alarak takımın adını Union Oberschönweide ( daha sonra SC = Sportclub ön ek olarak eklenecek ) olarak değiştirirler ve aynı zamanda son ayrıldıkları kulübün renklerini de alarak beyaz-mavi formalarla oynamaya başlarlar.
Bundan sonraki dönemlerde de sık sık birleşmelere ve isim değişikliklerine giden takım son olarak 20 Ocak 1966 bugünkü adını alır.
Bu tarihten itibaren Doğu Almanya Liglerinde boy gösteren takım inişli çıkışlı bir grafik gösterse de, kendine genelde 2. Lig'e denk gelen DDR-Liga (Doğu Almanya Ligi) yer bulmuş ve birkaç kere çıkmayı başardığı DDR-Oberliga'da (Doğu Almanya Üst Ligi) tutunamamıştır. Özellikle 1980'li yıllarda asansör takım imajından kurtulamamıştır. Her iki Almanya'nın birleşmesi sonucunda kendine Bölgesel Liglerde yer bulan takım tüm yaşadığı olumsuzluklara maddi sıkıntıları da ekleyince özellikle 1990 yılların ortalarından itibaren iflasın eşiğinden birkaç kez dönmüş, oynadığı liglerden ekonomik durumun kötülüğünden dolayı lisans verilmemesinden dolayı mecburi küme düşmeleri ile karşı karşıya kalmıştır. Ancak 90'lı yılların sonunda tekrar maddi sıkıntılardan arınmış bir şekilde liglere başlayan Union Berlin 98/99 sezonunda Amatör kümeden bir üst lige çıkmayı son maçta kaçırmıştır. Bir sonraki sezon gösterilen başarı ile birinci olarak 3. Lige yükselen takım, bu başarısı nedeniyle Almanya Kupası'na (DFB-Pokal) katılmayı hak kazandı. Bu kupada gösterdiği üstün başarı neticesinde yarı finalde Borussia Mönchengladbach'ı penaltılarla 6-4 yenerek tarihi bir başarı göstererek finale yükseldi. Her ne kadar finalde Schalke 04'e 2-0 yenilsede, rakibinin Şampiyonlar Ligi vizesi alması nedeniyle Almanya'yı tarihinde ilk defa UEFA Kupası'nda temsil etme başarısı göstermiştir. Burada ilk turda fin takımı Haka Valkeokoski 1-1 ve 3-0'lık sonuçlarla saf dışı bırakılsa da, bir sonraki turda Bulgar temsilcisi Litex karşısında 0-2 ve 0-0 sonuçlarla elenmiştir. Bu dönemden sonra yaşanan ufak iniş ve çıkışların neticesinde takım 2008-09 sezonunda 3. Lig'i şampiyon bitirerek 2. Lig'e yükselmeye hak kazanmıştır. 10 sezon süren 2. Lig maceralarının ardından kırmızı beyazlılar 2018-2019 sezonunda ligi 3. sırada tamamlayarak play-off mücadelesinde o sezon Bundesliga’yı 16. tamamlayan Stuttgart ile karşılaşmış, 2-2 ve 0-0 sonuçlarla Bundesliga’ya çıkmayı başarmıştır. 2022-23 sezonunda ise UEFA Avrupa Ligi’nde mücadele etme hakkı kazanmış ve son 16 turuna kadar yükselmeyi başarmıştır.
