Üç sarmallı DNA

Vikipedi, özgür ansiklopedi
Atla: kullan, ara
DNA üçlü sarmalının şematik yapısı.
DNA üçlü sarmalında baz üçlüleri

Üç iplikli DNA veya üç sarmallı DNA, üç oligonükleotitin birbiri etrafına sarılarak üçlü sarmal oluşturduğu bir DNA yapısıdır. Bu yapıda ipliklerden biri, B-biçimli DNA ile Hoogsteen veya ters Hoogsteen hidrojen bağları kurar. Bu bağ, ikili sarmalın büyük oluğunda oluşur.

Örneğin, bir T nükleobazı, Watson-Crick baz eşleşmesi ile oluşmuş bir A-T baz çiftindeki A ile Hoogsteen hidrojen bağları kurarak bir AxT çifti oluşturur (x bir Hoogsteen baz çiftine karşılık gelir). N-3 pozisyonunda protonlaşmış bir sitozin (C+ olarak temsil edilir) bir G-C çiftindeki G ile bağ kurarak bir GxC+ çifti oluşturur. Bu Hoogsteen eşleşmeleri ile oluşan DNA üçlü sarmalları iki homopirimidin ve bir homopürin iplikten oluşur, homopirimdin olan üçüncü sarmal, homopürin olan iplikle aynı doğrultudadır. (Homopürin ve homopirimidin, sadece pürin veya pirimidinlerden oluşan DNA iplikleri demektir.)[1]

Homopürin olan bir üçüncü iplik ayrıca homopürin-homopirimidin ikiliye ters Hoogsteen bağlarıyla da bağlanabilir. Bu yapıda olan üçlülerde, A bazı bir T-A çiftine, G'da bir C-G çiftine bağlanır. Üçüncü iplikteki bazlar ters dönmek zorunda oldukları için, homopürin olan üçüncü iplik, orijinal ikili sarmaldaki homopürin ipliğin tersi doğrultusundadır (yani antiparaleldir).[1]

Üç iplikcikli DNA ilk defa 1957'de betimlenmiştir. O zaman E. coli rekombinaz enzimi RecA'nın bir reaksiyon ara ürünü olduğu görülmüştü.[2] Üçlü DNA'nın bu süreçteki rolü bilinmemektedir.

DNA ikili sarmallarına bağlanarak üçlü yapılar oluşturacak oligonükleotitler kullanmanın laboratuvarda mutasyonlara ve rekombinmasyona neden olduğu, ayrıca transkripsiyonu engelleyebildiği bulunmuştur.[3][4] Bu yöntemin biyoteknoloji ve tedavide kullanılması beklenmektedir.[5]

Kaynakça[değiştir | kaynağı değiştir]

  1. ^ a b Frank-Kamenetskii MD, Mirkin SM (1995). "Triplex DNA structures". Annu. Rev. Biochem. 64: 65–95. doi:10.1146/annurev.bi.64.070195.000433. PMID 7574496. 
  2. ^ FELSENFELD G, RICH A (December 1957). "Studies on the formation of two- and three-stranded polyribonucleotides". Biochim. Biophys. Acta 26 (3): 457–68. PMID 13499402. 
  3. ^ Seidman MM, Glazer PM (August 2003). "The potential for gene repair via triple helix formation". J. Clin. Invest. 112 (4): 487–94. doi:10.1172/JCI19552. PMC =pmcentrez 171401. PMID 12925687. http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=171401. 
  4. ^ Chan PP, Glazer PM (April 1997). "Triplex DNA: fundamentals, advances, and potential applications for gene therapy". J. Mol. Med. 75 (4): 267–82. PMID 9151213. 
  5. ^ Jain A, Wang G, Vasquez KM (August 2008). "DNA triple helices: biological consequences and therapeutic potential". Biochimie 90 (8): 1117–30. doi:10.1016/j.biochi.2008.02.011. PMC =pmcentrez 2586808. PMID 18331847. http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=2586808.